PDB-3v6p: Crystal structure of the DNA-binding domain of dHax3, a TAL effector

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v6p

タイトル

Crystal structure of the DNA-binding domain of dHax3, a TAL effector

要素

dHax3

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / 11 tandem repeats / Sequence specific DNA recognition protein

生物種

Xanthomonas (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.401 Å

データ登録者

Deng, D. / Yan, C.Y. / Pan, X.J. / Wang, J.W. / Shi, Y.G. / Yan, N.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Sequence-Specific Recognition of DNA by TAL Effectors
著者: Deng, D. / Yan, C.Y. / Pan, X.J. / Mahfouz, M. / Wang, J.W. / Zhu, J.K. / Shi, Y.G. / Yan, N.

履歴

登録	2011年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v6p.cif.gz	145.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v6p.ent.gz	115.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/3v6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/3v6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v6tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bvu-d 3q01-d 7bwv-d 3ss8-d 4jpo-1 5kcn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: dHax3

45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.762, 95.507, 153.207
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	dHax3 分子量: 45884.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8-12% PEG 3350(w/v), 0.1M sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRF	BL17U	1	0.97915
シンクロトロン	SSRF	BL17U	2	1.25501, 1.22959, 1.28105

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2011年9月15日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2011年6月25日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97915	1
2	1.25501	1
3	1.22959	1
4	1.28105	1

反射

解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 21790 / Num. obs: 20832 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 53.42 Å²

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.401→29.435 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.7586 / SU ML: 0.75 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2636	1043	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2111	-	-	-
all	0.2137	21790	-	-
obs	0.2137	20816	95.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.42 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.87 Å² / B_iso mean: 63.8633 Å² / B_iso min: 32.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.7565 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	20.2424 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.8384 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.401→29.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2700	0	0	49	2749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	3752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.536	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	499

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4014-2.528	0.3892	140	0.3071	2835	2975	97
2.528-2.6863	0.3792	155	0.275	2829	2984	98
2.6863-2.8935	0.3001	152	0.2714	2882	3034	98
2.8935-3.1844	0.3138	166	0.2549	2825	2991	97
3.1844-3.6445	0.2726	146	0.2395	2837	2983	97
3.6445-4.5888	0.2238	151	0.1804	2796	2947	94
4.5888-29.4373	0.2182	133	0.17	2769	2902	89

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -26.9012 Å / Origin y: 13.1417 Å / Origin z: 22.005 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4021 Å²	0.007 Å²	-0.0047 Å²	-	0.4152 Å²	0.022 Å²	-	-	0.3883 Å²
L	0.1558 °²	0.1355 °²	-0.0493 °²	-	0.2432 °²	-0.0987 °²	-	-	0.2063 °²
S	0.0255 Å °	-0.0399 Å °	-0.0349 Å °	0.0291 Å °	-0.0064 Å °	0.0019 Å °	0.0318 Å °	0.0088 Å °	-0.0219 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	303 - 675
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 49

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関連情報:EMDBヘッダ

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