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万見
- PDB-3v66: HUMAN SQUALENE SYNTHASE IN COMPLEX WITH 2-(1-{2-[(4R,6S)-8-chloro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v66
タイトルHUMAN SQUALENE SYNTHASE IN COMPLEX WITH 2-(1-{2-[(4R,6S)-8-chloro-6-(2,3-dimethoxyphenyl)-4H,6H-pyrrolo[1,2-a][4,1]benzoxazepin-4-yl]acetyl}-4-piperidinyl)acetic acid
要素Squalene synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / terpenoid synthase fold / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / OXIDOREDUCTASE / STEROID BIOSYNTHESIS / STEROL BIOSYNTHESIS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


squalene synthase / farnesyl-diphosphate farnesyltransferase activity / farnesyl diphosphate metabolic process / squalene synthase activity / Cholesterol biosynthesis / farnesyltranstransferase activity / steroid biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) ...squalene synthase / farnesyl-diphosphate farnesyltransferase activity / farnesyl diphosphate metabolic process / squalene synthase activity / Cholesterol biosynthesis / farnesyltranstransferase activity / steroid biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / PPARA activates gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Squalene synthase-like / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, eukaryotic-type / Squalene and phytoene synthases signature 2. / Squalene/phytoene synthase, conserved site / Squalene and phytoene synthases signature 1. / Squalene/phytoene synthase / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, head-to-head / Squalene/phytoene synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Squalene synthase-like / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, eukaryotic-type / Squalene and phytoene synthases signature 2. / Squalene/phytoene synthase, conserved site / Squalene and phytoene synthases signature 1. / Squalene/phytoene synthase / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, head-to-head / Squalene/phytoene synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D3A / PHOSPHATE ION / Squalene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Suzuki, M. / Ohtsuka, M. / Ohki, H. / Haginoya, N. / Itoh, M. / Sugita, K. / Usui, H. / Ichikawa, M. / Higashihashi, N.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of novel tricyclic compounds as squalene synthase inhibitors
著者: Ichikawa, M. / Ohtsuka, M. / Ohki, H. / Haginoya, N. / Itoh, M. / Sugita, K. / Usui, H. / Suzuki, M. / Terayama, K. / Kanda, A.
履歴
登録2011年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Squalene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8013
ポリマ－39,1671
非ポリマー6342
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.438, 60.144, 85.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

HOH

21A-603-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Squalene synthase / SQS / SS / FPP:FPP farnesyltransferase / Farnesyl-diphosphate farnesyltransferase


分子量: 39166.699 Da / 分子数: 1 / 断片: soluble domain, UNP residues 31-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDFT1 / プラスミド: pA-426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P37268, squalene synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-D3A / (1-{[(4R,6S)-8-chloro-6-(2,3-dimethoxyphenyl)-4H,6H-pyrrolo[1,2-a][4,1]benzoxazepin-4-yl]acetyl}piperidin-4-yl)acetic acid / 2-(1-{2-[(4R,6S)-8-chloro-6-(2,3-dimethoxyphenyl)-4H,6H-pyrrolo[1,2-a][4,1]benzoxazepin-4-yl]acetyl}-4-piperidinyl)acet ic acid


分子量: 539.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31ClN2O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: CO-CRYSTALLIZED USING SEEDING METHOD., pH 5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: confocal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 35196 / Num. obs: 35196 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.42 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.32 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3377 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q30

3q30


解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 2.323 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: rigid body refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22383 1771 5 %RANDOM
Rwork0.19739 ---
obs0.19872 33401 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 21.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å2-0.55 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2662 0 43 337 3042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222769
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9693754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5155334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95123.984128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53615475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9041518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21981
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.051.51737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5692.52707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51221196
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2831047
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.863 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 162 -
Rwork0.234 3122 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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