[日本語] English
万見
- PDB-3v4k: First-In-Class Small Molecule Inhibitors of the Single-strand DNA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4k
タイトルFirst-In-Class Small Molecule Inhibitors of the Single-strand DNA Cytosine Deaminase APOBEC3G
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
キーワードHYDROLASE / APOBEC3G / ANTIVIRAL DEFENSE / HOST-VIRUS INTERACTION / METAL-BINDING / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / : / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of viral process ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / : / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of viral process / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / retrotransposon silencing / negative regulation of viral genome replication / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / positive regulation of defense response to virus by host / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like C-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Shandilya, S.M.D. / Ali, A. / Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: First-In-Class Small Molecule Inhibitors of the Single-Strand DNA Cytosine Deaminase APOBEC3G.
著者: Li, M. / Shandilya, S.M. / Carpenter, M.A. / Rathore, A. / Brown, W.L. / Perkins, A.L. / Harki, D.A. / Solberg, J. / Hook, D.J. / Pandey, K.K. / Parniak, M.A. / Johnson, J.R. / Krogan, N.J. / ...著者: Li, M. / Shandilya, S.M. / Carpenter, M.A. / Rathore, A. / Brown, W.L. / Perkins, A.L. / Harki, D.A. / Solberg, J. / Hook, D.J. / Pandey, K.K. / Parniak, M.A. / Johnson, J.R. / Krogan, N.J. / Somasundaran, M. / Ali, A. / Schiffer, C.A. / Harris, R.S.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,65110
ポリマ－47,2692
非ポリマー3818
水8,881493
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子

A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,30120
ポリマ－94,5394
非ポリマー76216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
4
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子

A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,30120
ポリマ－94,5394
非ポリマー76216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.190, 72.170, 96.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / APOBEC-related cytidine deaminase / APOBEC-related protein / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP- ...APOBEC-related cytidine deaminase / APOBEC-related protein / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15


分子量: 23634.676 Da / 分子数: 2 / 断片: C-Terminal Domain / 変異: L234K, C243A, F310K, C356A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3G, MDS019 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus (RIL)
参照: UniProt: Q9HC16, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 10% PEG 4000, 0.1M Magnesium Chloride, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GM/CA monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→55.75 Å / Num. obs: 121903 / % possible obs: 67.4 % / Biso Wilson estimate: 18.631 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Num. measured obsNum. unique obs% possible allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obs
1.13-1.156813973
1.15-1.194428195115.12.3710.51
1.19-1.227955304924.21.7040.72
1.22-1.2611825423234.61.3710.96
1.26-1.316269562247.71.1811.12
1.3-1.3522537760766.20.9481.42
1.35-1.4305871002790.60.7391.87
1.4-1.4530287987892.60.5232.57
1.45-1.5229119951092.90.3573.75
1.52-1.5927977917793.50.2465.13
1.59-1.6826641877894.20.1667.08
1.68-1.7825269834394.30.1268.8
1.78-1.923881791094.80.08512.04
1.9-2.0522215737595.30.0615.77
2.05-2.25205886829950.04819.46
2.25-2.5218750619995.30.04122.2
2.52-2.9116603547194.70.03724.86
2.91-3.56139194586930.03227.9
3.56-5.039899335286.70.02929.12
5.034589161071.60.03328.63

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.75 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å40.2 Å
Translation2.5 Å40.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.6.0081精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IR2

3ir2


解像度: 1.38→55.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.725 / SU ML: 0.039 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 4581 5 %RANDOM
Rwork0.1826 ---
obs0.1842 91307 92.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.69 Å2 / Biso mean: 21.7522 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→55.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2966 0 8 493 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.914300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88235106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4515398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91722.716162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.03915474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5661524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02742
LS精密化 シェル解像度: 1.378→1.414 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 336 -
Rwork0.294 6277 -
all-6613 -
obs--91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.3877-5.57655.56914.8165-4.05417.81070.03490.8959-0.9307-0.04140.0013-0.35610.58480.4492-0.03610.11070.0456-0.00990.0936-0.11080.1781-12.6321-36.808-9.5063
22.0090.58570.13631.55410.18231.05210.0180.0471-0.0711-0.0457-0.01370.06850.0565-0.059-0.00440.0835-0.00180.00130.0595-0.0080.0568-26.6118-33.7957-5.0239
311.74833.47225.45081.52690.80624.5924-0.00540.1847-0.1218-0.06430.0711-0.00540.10110.2449-0.06570.09150.0317-0.00390.0667-0.01230.0756-13.9192-36.87022.7103
412.79590.9531.27553.74060.7715.7768-0.1291-0.50050.90510.04780.0340.1039-0.59990.3190.09510.1174-0.0121-0.00750.12130.00140.0831.3772-26.741115.1622
58.4685-0.0579-0.40747.16472.71548.85760.0580.43540.2362-0.32950.107-0.1709-0.36190.3501-0.1650.0849-0.0102-0.03070.11690.04930.0663-0.9664-27.47619.9556
623.333310.32077.00458.92515.092411.7470.0316-0.15120.26350.04530.1577-0.33650.0141.037-0.18940.10680.05090.02440.1466-0.01680.114-7.396-37.73442.4022
71.83856.7892-1.405227.8027-4.89451.1111-0.12980.094-0.0619-0.47150.07570.04450.1079-0.09520.05410.11820.0142-0.01530.0422-0.03070.1312-20.4488-50.09511.5783
85.1721-0.98092.55176.5296-2.99329.54320.4792-0.59420.27460.3224-0.13960.44640.2456-0.7398-0.33960.1102-0.07730.00110.1208-0.04080.1365-26.0746-57.87795.5458
95.7348-0.43792.54.50920.33534.1402-0.0655-0.209-0.10170.10690.0264-0.06130.0538-0.03350.03910.09370.015-0.00940.04340.01390.0686-17.0554-44.34189.0295
107.71825.47924.72034.36543.12143.0210.14080.3634-0.4413-0.10330.1609-0.13290.17750.3111-0.30170.12740.0471-0.04980.1082-0.03520.1286-4.0873-41.76113.2251
116.9781-3.84556.61713.1611-5.550410.1075-0.0347-0.2881-0.1450.09230.1120.07560.0487-0.2078-0.07720.1445-0.00580.01490.09370.01320.0554-1.1223-33.774820.2315
122.65960.0811.59780.223-0.31151.5556-0.0168-0.00160.01960.0196-0.0437-0.0286-0.02850.10380.06050.09060.0189-0.01850.0804-0.01740.0664-17.1337-32.64226.8044
139.71431.06915.42260.8883-0.12023.74570.1863-0.2791-0.36820.0875-0.0808-0.07870.0937-0.0469-0.10550.12630.02380.03340.0930.05590.0667-19.0415-39.761618.02
148.2688-4.37799.62914.8444-6.175311.8229-0.0553-0.3494-0.05610.254-0.0147-0.0766-0.1356-0.27090.070.0821-0.0013-0.00340.11780.01010.0682-11.834-31.904815.5685
151.70940.2425-0.22060.203-0.08580.71170.002-0.1811-0.10050.02820.03470.05280.109-0.1903-0.03670.0897-0.00990.00980.10690.03240.0523-29.2844-34.189711.4916
160.7701-0.30151.8322.3902-3.84959.59560.0347-0.16650.04870.1763-0.0992-0.061-0.19080.13050.06450.11240.0017-0.01140.1506-0.03410.0511-19.5622-28.002915.0484
174.2098-0.9532-0.96052.06770.83092.2542-0.01840.0650.0387-0.04010.0037-0.20110.03130.160.01470.0716-0.0035-0.00180.05390.00390.0646-12.7921-26.876-3.9115
1810.2711-3.0801-3.81863.82370.71993.52960.08960.5443-0.0094-0.2666-0.1103-0.09530.04960.04180.02060.0971-0.0116-0.00590.08950.00460.0566-17.7678-24.7105-10.2351
192.01160.7434-1.71390.6707-2.0977.5015-0.0083-0.13370.09380.07420.09670.1128-0.2507-0.1536-0.08840.08570.02710.03890.09180.03720.1447-28.1484-21.43171.8912
208.6701-0.52172.83711.0598-1.947210.30780.0313-0.20780.38590.43030.08370.2002-0.5222-0.1685-0.11510.07520.0280.04340.0882-0.00810.0584-29.4609-24.214212.9256
2113.8967-4.2448-0.20566.88231.89419.5987-0.04870.22650.47720.0425-0.00150.4032-0.523-0.43620.05020.11090.0096-0.03150.04830.03650.0952-20.85411.5319-7.3877
222.2970.60761.44393.3783-2.64693.80030.08820.1448-0.0928-0.0894-0.0935-0.11420.13430.1830.00530.08890.0039-0.00440.0756-0.01040.0522-10.8705-4.3187-3.5258
234.9117-0.169-1.95063.65281.27063.58090.0714-0.04250.1516-0.1662-0.0343-0.0799-0.18620.1615-0.03710.0757-0.0190.00770.0940.00520.0369-3.96320.6634-2.7288
2411.45174.5213-8.9112.8349-2.88637.441-0.07730.0947-0.10810.0202-0.06440.02110.0784-0.28030.14170.07550.015-0.01650.1704-0.01170.0592-25.0087-0.32488.6088
2514.2551-3.3862.47447.2472-0.530511.61390.17030.009-0.8279-0.1432-0.12890.18960.50250.0292-0.04150.0834-0.03950.02920.1201-0.00130.0757-33.7925-8.647816.0618
269.14326.7387-3.3076.4826-4.69025.4162-0.0712-0.08240.54820.11360.45340.6551-0.0431-0.7935-0.38230.06290.03490.06770.22640.01980.1485-29.16332.62145.4187
271.66743.7163-0.800220.24630.99911.0312-0.06460.02480.0477-0.74230.1681-0.2509-0.10860.0137-0.10340.12560.0072-0.03370.01780.00920.1026-12.405917.87141.974
285.161911.0005-3.769324.7232-8.05512.75650.2588-0.845-0.082-0.8288-0.6973-0.3150.06690.60170.43850.3429-0.35890.0030.5862-0.08580.2411-9.00819.60336.9661
297.37680.7106-3.05931.166-0.93962.9333-0.0707-0.08220.20120.1210.08070.146-0.0718-0.2862-0.010.09630.0262-0.00670.0715-0.02950.0659-22.36429.294811.5009
308.2824-4.8886-1.31833.76673.958811.6932-0.2391-0.0837-0.17810.165-0.05480.16510.0185-0.5630.29390.098-0.0120.06670.1908-0.05270.0568-33.48312.32722.1264
311.36720.0044-0.41270.14310.19870.588-0.0012-0.0725-0.01230.0522-0.04120.0333-0.0056-0.13840.04240.07480.01240.00660.0843-0.00630.0492-16.786-0.305510.428
329.01010.6628-5.25221.6422-0.5876.08910.1717-0.29440.39730.0808-0.1140.0382-0.22540.0389-0.05770.09110.0135-0.0130.0858-0.04180.0509-16.23316.507119.8526
338.0954-5.4161-9.23826.64277.08410.87850.0264-0.25990.11340.32070.02180.01140.0970.1421-0.04810.068-0.02370.01770.195-0.06140.0411-22.1275-1.355317.5553
341.41660.14660.38120.30190.45991.81160.0051-0.08770.12970.01360.0243-0.0584-0.12030.1253-0.02930.0790.0037-0.00630.0562-0.01220.063-5.0521-0.214213.327
354.76110.27520.75718.51377.24718.59460.1041-0.27260.03980.2526-0.11960.06650.0946-0.0940.01560.081-0.00060.00780.09750.01150.0432-15.034-4.005920.4432
361.5497-0.16191.08180.4795-0.00581.2439-0.0045-0.1114-0.01940.00240.02020.1062-0.0135-0.1987-0.01570.0737-0.0062-0.00250.0625-0.00220.0511-20.472-9.14230.9008
376.70951.68161.38015.76463.18315.4476-0.00510.31320.3173-0.2834-0.11970.2938-0.1363-0.19960.12480.07380.0048-0.03970.08480.02160.0685-26.1205-5.167-9.9633
3810.2275-3.25466.05434.2311-2.15865.21050.0940.4332-0.1645-0.13270.06030.04010.00210.2081-0.15440.084-0.01370.00910.0725-0.02070.0552-13.2381-13.2509-4.4701
394.26980.38420.54933.29-0.570813.2332-0.02880.131-0.384-0.0417-0.0058-0.00920.3718-0.08250.03460.077-0.0033-0.01180.0379-0.01520.0856-6.9548-13.37645.9561
405.74630.9184-2.06365.92840.8727.2492-0.0626-0.1971-0.29310.3591-0.00480.02770.4561-0.10620.06740.08730.0078-0.02010.0592-0.00050.0641-5.121-10.452115.4037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A195 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2A201 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3A217 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4A225 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5A230 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6A238 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7A243 - 248
8X-RAY DIFFRACTION8A249 - 254
9X-RAY DIFFRACTION9A255 - 264
10X-RAY DIFFRACTION10A265 - 272
11X-RAY DIFFRACTION11A273 - 277
12X-RAY DIFFRACTION12A278 - 287
13X-RAY DIFFRACTION13A288 - 302
14X-RAY DIFFRACTION14A303 - 310
15X-RAY DIFFRACTION15A311 - 328
16X-RAY DIFFRACTION16A329 - 337
17X-RAY DIFFRACTION17A338 - 353
18X-RAY DIFFRACTION18A354 - 364
19X-RAY DIFFRACTION19A365 - 373
20X-RAY DIFFRACTION20A374 - 380
21X-RAY DIFFRACTION21B195 - 201
22X-RAY DIFFRACTION22B202 - 210
23X-RAY DIFFRACTION23B211 - 217
24X-RAY DIFFRACTION24B218 - 227
25X-RAY DIFFRACTION25B228 - 234
26X-RAY DIFFRACTION26B235 - 242
27X-RAY DIFFRACTION27B243 - 250
28X-RAY DIFFRACTION28B251 - 256
29X-RAY DIFFRACTION29B257 - 270
30X-RAY DIFFRACTION30B271 - 276
31X-RAY DIFFRACTION31B277 - 289
32X-RAY DIFFRACTION32B290 - 302
33X-RAY DIFFRACTION33B303 - 310
34X-RAY DIFFRACTION34B311 - 329
35X-RAY DIFFRACTION35B330 - 335
36X-RAY DIFFRACTION36B336 - 350
37X-RAY DIFFRACTION37B351 - 357
38X-RAY DIFFRACTION38B358 - 366
39X-RAY DIFFRACTION39B367 - 373
40X-RAY DIFFRACTION40B374 - 380

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る