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- PDB-3v4g: 1.60 Angstrom resolution crystal structure of an arginine repress... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4g
タイトル1.60 Angstrom resolution crystal structure of an arginine repressor from Vibrio vulnificus CMCP6
要素Arginine repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / arginine repressor / Vibrio vulnificus CMCP6 / virulence / type III secretion system / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSCRIPTION REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of arginine biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process / arginine binding / protein complex oligomerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Filippova, E. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.60 Angstrom resolution crystal structure of an arginine repressor from Vibrio vulnificus CMCP6
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Filippova, E. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9081
ポリマ－19,9081
非ポリマー00
水3,171176
1
A: Arginine repressor
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4466
ポリマ－119,4466
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_675x-y+1,-y+2,-z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z1
Buried area14430 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area34710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.308, 73.308, 118.597
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Arginine repressor


分子量: 19907.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: argR, VV0466 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic / 参照: UniProt: Q7MP98
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: protein: 7.3 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization: The Classics II Suite (A9: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 3 M NaCl). Cryo: 5M NaCl+50% sucrose, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: protein: 7.3 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization: The Classics II Suite (A9: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 3 M NaCl). Cryo: 5M NaCl+50% sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111)Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 25607 / Num. obs: 25607 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 38.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 6.25 / Num. unique all: 1242 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XXB and 1F9N

1xxb

1f9n


解像度: 1.6→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.098 / SU ML: 0.05 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19787 1300 5.1 %RANDOM
Rwork0.18164 ---
obs0.18246 24257 99.96 %-
all-24257 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 0 176 1294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.9781750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93632149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.5215175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.38625.45555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.8715249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.64157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6491.5816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1521.5331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24421336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0213468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4084.5414
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 87 -
Rwork0.218 1741 -
obs-1741 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0981-1.2691-0.51563.7801-0.03352.14830.01030.02-0.1823-0.1297-0.0971-0.06740.09170.070.08670.05880.01120.00710.00840.01760.074644.522833.63719.3195
22.5230.25230.32852.63830.12241.61260.01680.0764-0.0302-0.06540.01820.07610.1344-0.0291-0.0350.06820.00470.01560.0067-0.00290.028239.904538.6969.9707
31.6744-1.8126-0.51053.29261.2041.0708-0.0116-0.0192-0.0858-0.010.02350.1620.0285-0.0806-0.01180.0468-0.0129-0.0010.03310.0170.018929.975953.829815.2036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3A84 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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