PDB-3v46: Crystal Structure of Yeast Cdc73 C-Terminal Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v46

タイトル

Crystal Structure of Yeast Cdc73 C-Terminal Domain

要素

Cell division control protein 73

キーワード

TRANSCRIPTION / Ras-like fold / non-GTP binding / Protein Interaction Surface / Transcription Elongation Factor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / negative regulation of DNA recombination / mRNA 3'-end processing / RNA polymerase II complex binding / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.549 Å

データ登録者

Amrich, C.G. / VanDemark, A.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Cdc73 subunit of Paf1 complex contains C-terminal Ras-like domain that promotes association of Paf1 complex with chromatin.
著者: Amrich, C.G. / Davis, C.P. / Rogal, W.P. / Shirra, M.K. / Heroux, A. / Gardner, R.G. / Arndt, K.M. / VanDemark, A.P.

履歴

登録	2011年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v46.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v46.ent.gz	102.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v46_validation.pdf.gz	419.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v46_full_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示
XML形式データ	3v46_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	3v46_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6rt7-1 6sz7-2 6t10-1 6szl-2 6szn-2 6ynk-2 6yno-2 6t0o-2 1d8f-1 6ym6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell division control protein 73

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.324, 53.324, 130.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-545- HOH

#1: タンパク質	Cell division control protein 73 / RNA polymerase-associated protein CDC73 分子量: 20065.814 Da / 分子数: 1 / 断片: C-Terminal Domain residues 230-393 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC73, YLR418C / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus / 参照: UniProt: Q06697
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Cell division control protein 73 / RNA polymerase-associated protein CDC73

分子量: 20065.814 Da / 分子数: 1 / 断片: C-Terminal Domain residues 230-393 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC73, YLR418C / プラスミド: pET151 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus / 参照: UniProt: Q06697

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: PEG 8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	0.979
シンクロトロン	NSLS	X25	2	1.1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2010年2月22日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2010年2月22日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double silicon(111) crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	Double silicon(111) crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	1.1	1

Reflection

冗長度: 12.3 % / Av σ(I) over netI: 58.1 / 数: 230812 / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 0.87 / D res high: 1.78 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18777 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.83	50	99.9	1	0.04	1.328	11.4
3.04	3.83	99.9	1	0.056	1.489	12.3
2.66	3.04	100	1	0.061	0.986	12.7
2.42	2.66	100	1	0.078	0.869	12.8
2.24	2.42	100	1	0.099	0.789	12.9
2.11	2.24	100	1	0.124	0.752	12.9
2	2.11	100	1	0.166	0.64	13.1
1.92	2	100	1	0.248	0.63	13
1.84	1.92	100	1	0.372	0.565	12.5
1.78	1.84	99.2	1	0.522	0.504	9.4

反射

解像度: 1.549→50 Å / Num. all: 28216 / Num. obs: 28111 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Χ²: 2.038 / Net I/σ(I): 17.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.549-1.58	6.9	0.38	2587	1.205	1,2	97.8
1.58-1.61	7	0.33	2580	1.19	1,2	98.7
1.61-1.64	7	0.269	2615	1.188	1,2	99.2
1.64-1.67	7	0.229	2585	1.271	1,2	99.1
1.67-1.71	7	0.201	2594	1.3	1,2	99.3
1.71-1.75	7.1	0.173	2582	1.385	1,2	99.3
1.75-1.79	7.1	0.14	2631	1.444	1,2	99.3
1.79-1.84	7.1	0.122	2642	1.59	1,2	99.6
1.84-1.89	7.1	0.101	2585	1.735	1,2	99.9
1.89-1.95	7.2	0.088	2621	1.886	1,2	99.7
1.95-2.02	7.2	0.077	2600	1.983	1,2	99.8
2.02-2.1	7.3	0.068	2642	2.159	1,2	100
2.1-2.2	7.3	0.062	2615	2.253	1,2	100
2.2-2.32	7.4	0.058	2661	2.348	1,2	100
2.32-2.46	7.4	0.056	2596	2.436	1,2	100
2.46-2.65	7.4	0.055	2653	2.746	1,2	100
2.65-2.92	7.3	0.056	2625	3.163	1,2	100
2.92-3.34	7.2	0.052	2645	3.342	1,2	100
3.34-4.21	6.9	0.045	2641	3.072	1,2	99.8
4.21-50	6.8	0.043	2516	2.883	1,2	93.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	8.148	37.59	103.016	SE	25.03	1.18
2	8.859	37.527	101.212	SE	27.74	0.15
3	10.913	39.783	103.949	SE	21.17	0.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

解像度: 1.549→37.706 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8784 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 18.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	1414	5.03 %
R_work	0.1725	26697	-
obs	0.1744	28111	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.378 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.97 Å² / B_iso mean: 31.8662 Å² / B_iso min: 11.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.5233 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5233 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.0467 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.549→37.706 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1357	0	0	145	1502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1411
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	1917
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	200
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	246
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.943	531

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.549-1.6045	0.2364	138	0.154	2610	2748	99
1.6045-1.6687	0.1834	120	0.1326	2624	2744	99
1.6687-1.7447	0.199	128	0.1272	2605	2733	100
1.7447-1.8367	0.1903	136	0.1275	2652	2788	100
1.8367-1.9517	0.167	153	0.1308	2602	2755	100
1.9517-2.1024	0.1789	146	0.1408	2642	2788	100
2.1024-2.314	0.1896	149	0.1459	2662	2811	100
2.314-2.6487	0.2102	143	0.1676	2680	2823	100
2.6487-3.3368	0.2327	166	0.1805	2713	2879	100
3.3368-37.7169	0.2166	135	0.1992	2907	3042	100

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