[日本語] English
万見
- PDB-3v3m: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV) 3CL Prot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v3m
タイトルSevere Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV) 3CL Protease in Complex with N-[(1R)-2-(tert-butylamino)-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-N-(4-tert-butylphenyl)furan-2-carboxamide inhibitor.
要素3C-like proteinase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Chymotrypsin like fold / viral polypeptide protease / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / host cell Golgi apparatus / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Trypsin-like serine proteases / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Thrombin, subunit H / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0EN / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Jacobs, J. / Grum-Tokars, V. / Zhou, Y. / Turlington, M. / Saldanha, S.A. / Chase, P. / Eggler, A. / Dawson, E.S. / Baez-Santos, Y.M. / Tomar, S. ...Jacobs, J. / Grum-Tokars, V. / Zhou, Y. / Turlington, M. / Saldanha, S.A. / Chase, P. / Eggler, A. / Dawson, E.S. / Baez-Santos, Y.M. / Tomar, S. / Mielech, A.M. / Baker, S.C. / Lindsley, C.W. / Hodder, P. / Mesecar, A. / Stauffer, S.R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery, Synthesis, And Structure-Based Optimization of a Series of N-(tert-Butyl)-2-(N-arylamido)-2-(pyridin-3-yl) Acetamides (ML188) as Potent Noncovalent Small Molecule Inhibitors ...タイトル: Discovery, Synthesis, And Structure-Based Optimization of a Series of N-(tert-Butyl)-2-(N-arylamido)-2-(pyridin-3-yl) Acetamides (ML188) as Potent Noncovalent Small Molecule Inhibitors of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV) 3CL Protease.
著者: Jacobs, J. / Grum-Tokars, V. / Zhou, Y. / Turlington, M. / Saldanha, S.A. / Chase, P. / Eggler, A. / Dawson, E.S. / Baez-Santos, Y.M. / Tomar, S. / Mielech, A.M. / Baker, S.C. / Lindsley, C.W. ...著者: Jacobs, J. / Grum-Tokars, V. / Zhou, Y. / Turlington, M. / Saldanha, S.A. / Chase, P. / Eggler, A. / Dawson, E.S. / Baez-Santos, Y.M. / Tomar, S. / Mielech, A.M. / Baker, S.C. / Lindsley, C.W. / Hodder, P. / Mesecar, A. / Stauffer, S.R.
履歴
登録2011年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4664
ポリマ－33,8771
非ポリマー5903
水5,765320
1
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子

A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9338
ポリマ－67,7532
非ポリマー1,1806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.733, 82.668, 53.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase


分子量: 33876.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: 1a / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P0C6U8, ubiquitinyl hydrolase 1, SARS coronavirus main proteinase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-0EN / N-[(1R)-2-(tert-butylamino)-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-N-(4-tert-butylphenyl)furan-2-carboxamide / ML-188


分子量: 433.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31N3O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 20,000, 0.05M MES 6.0, 1% MPD, 50mM KCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 54616 / Num. obs: 40307 / % possible obs: 73.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→32.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.63 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23572 1588 5.1 %RANDOM
Rwork0.18894 ---
obs0.19131 29718 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20.08 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→32.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2368 0 40 320 2728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9653437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1665325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32824.464112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29215408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3141512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.956→2.006 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 88 -
Rwork0.229 1900 -
obs--85.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.80350.0484-1.22914.50540.79141.60760.37510.15040.1418-0.1927-0.2717-0.2384-0.1357-0.0053-0.10340.15690.0158-0.0160.21940.03610.136-7.231-21.085-2.614
22.8432-1.3495-0.70021.2188-0.28391.961-0.39460.0527-0.29180.0883-0.0496-0.07350.31310.32230.44430.16330.06220.04920.12820.06970.222311.866-38.825-2.196
36.67190.9126-2.20174.4424-0.52592.6389-0.1446-0.1601-0.2565-0.0924-0.2572-0.15660.34750.43560.40180.18930.16870.08390.16660.10340.258520.569-39.478-7.524
422.4777-9.5288-11.640625.050426.325629.9671-0.4024-1.80460.7207-0.03050.2896-0.95460.06481.61450.11280.06890.08640.0140.74080.56690.703134.531-29.004-9.603
54.1292.7437-2.58275.3332-2.10061.7857-0.1567-0.4068-0.35760.0142-0.0119-0.10370.20310.35280.16870.15810.18940.07460.2460.12710.277428.553-43.82-7.957
69.20116.8715-9.1658.3062-8.24614.6688-0.2426-0.3812-0.88070.2274-0.1773-0.21570.39980.1560.420.22380.14560.12830.15110.12380.326120.823-49.586-6.347
77.12671.205-1.73191.465-1.14481.8182-0.03430.5848-0.9167-0.1729-0.20760.08340.4880.08660.24190.20180.05990.08510.1253-0.10560.264512.713-45.03-11.635
82.3489-1.7816-1.08652.3257-0.29922.35220.06230.4967-0.3025-0.0997-0.25830.1001-0.0548-0.14830.1960.13420.0020.00090.2794-0.02570.20387.67-29.693-11.306
91.04340.5545-1.73362.4526-1.93393.58480.05170.0166-0.14790.0322-0.12380.02610.01640.10970.0720.14640.0446-0.020.19460.03940.1589.237-25.546-5.897
1010.0637-0.65320.54127.2757-1.49784.24460.1021-0.2358-0.09420.161-0.0613-0.0272-0.19630.1747-0.04070.16170.0288-0.01440.21150.01410.14913.857-23.87-1.339
112.589-0.0174-1.05832.1689-0.5832.0341-0.01750.2526-0.2662-0.1457-0.11480.03130.13630.00750.13240.14980.07650.00950.19880.01080.172212.665-29.697-10.952
1211.124-4.4015-0.03885.3625-1.4742.66840.07520.0230.88620.0995-0.1682-0.827-0.20670.32940.0930.15790.03710.00660.15870.06280.164819.514-16.571-12.061
131.5253-0.0583-1.18582.2822-0.01451.02550.21140.280.21030.1043-0.09790.3236-0.0785-0.0744-0.11350.16050.15090.03060.25050.08540.1418-10.541-10.031-11.998
149.2321-0.275-0.87247.4619-2.7645.7510.23530.91750.4932-0.2516-0.2277-0.2928-0.35080.1439-0.00770.24990.18450.07880.28240.14170.1028-2.23-2.189-23.719
159.26521.0805-3.22367.95784.54585.21250.07730.60140.6141-0.0297-0.2111-0.3455-0.02290.04960.13380.20310.09620.00420.29350.31620.40034.479-5.918-17.985
163.88261.9894-0.56744.35290.35530.44430.09940.54390.2846-0.10390.03080.1917-0.1145-0.3592-0.13020.14990.1546-0.01070.35380.10610.0737-8.404-10.91-20.28
175.4416-10.49829.796550.5976-38.814732.3771-1.3152-0.90971.1332.46631.151.0027-0.9622-1.71470.16521.2299-0.0340.1150.3876-0.22360.721-4.6881.641-7.844
1810.9318-2.4366-2.2417.83863.447112.9570.4537-0.52941.04370.6403-0.2332-0.3749-0.330.5138-0.22050.26280.03740.07080.1711-0.00370.1164-5.048-8.507-3.803
1911.85895.2278-2.08212.9338-0.79941.6454-0.06110.7503-0.3154-0.04990.0187-0.17450.2539-0.31360.04240.17770.077-0.00720.28780.02060.1203-4.969-21.825-11.935
201.08850.67811.53848.51160.0584.24-0.15880.23910.14850.3293-0.06180.9065-0.342-0.66940.22050.15520.049-0.02230.5984-0.06230.1478-19.986-18.229-9.803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3A27 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4A48 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5A54 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6A72 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7A83 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8A102 - 118
9X-RAY DIFFRACTION9A119 - 135
10X-RAY DIFFRACTION10A136 - 142
11X-RAY DIFFRACTION11A143 - 187
12X-RAY DIFFRACTION12A188 - 200
13X-RAY DIFFRACTION13A201 - 222
14X-RAY DIFFRACTION14A223 - 235
15X-RAY DIFFRACTION15A236 - 242
16X-RAY DIFFRACTION16A243 - 272
17X-RAY DIFFRACTION17A273 - 278
18X-RAY DIFFRACTION18A279 - 288
19X-RAY DIFFRACTION19A289 - 299
20X-RAY DIFFRACTION20A300 - 306

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る