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- PDB-3v2h: The crystal structure of D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v2h
タイトルThe crystal structure of D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti
要素D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
3-hydroxybutyrate dehydrogenase / : / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...3-hydroxybutyrate dehydrogenase / : / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, Z. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Zhang, Z. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti
著者: Zhang, Z. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase
B: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8262
ポリマ－60,8262
非ポリマー00
水61334
1
A: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase
B: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase

A: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase
B: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,6524
ポリマ－121,6524
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area30170 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
3
A: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase

A: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8262
ポリマ－60,8262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18000 Å2
手法PISA
4
B: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase

B: D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8262
ポリマ－60,8262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.166, 89.166, 140.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase / BDH / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-HBDH


分子量: 30413.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: bdhA, RB1136, SMb21010 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O86034, 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH5.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 13005 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 55.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1268 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WMB

1wmb


解像度: 3→44.583 Å / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2865 559 4.81 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
obs0.229 11613 97.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.611 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5317 Å2-0 Å20 Å2
2---3.5317 Å2-0 Å2
3---7.0633 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→44.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3383 0 0 34 3417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7334670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7141206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.30190.29881430.23392595X-RAY DIFFRACTION95
3.3019-3.77950.27021240.20662731X-RAY DIFFRACTION98
3.7795-4.76090.2871360.1972772X-RAY DIFFRACTION98
4.7609-44.58790.2891560.25592956X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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