PDB-3v0a: 2.7 angstrom crystal structure of BoNT/Ai in complex with NTNHA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v0a

タイトル

2.7 angstrom crystal structure of BoNT/Ai in complex with NTNHA

要素

BoNT/A
Llama antibody F12
NTNH

キーワード

TOXIN / Botulinum neurotoxin / Neurotoxin associated protein / Progenitor toxin complex / VHH bound interlocked complex / NTNHA

機能・相同性

機能・相同性情報

bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.703 Å

データ登録者

Gu, S. / Rumpel, S. / Zhou, J. / Strotmeier, J. / Bigalke, H. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Rummel, A. / Jin, R.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Botulinum neurotoxin is shielded by NTNHA in an interlocked complex.
著者: Gu, S. / Rumpel, S. / Zhou, J. / Strotmeier, J. / Bigalke, H. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Rummel, A. / Jin, R.

履歴

登録	2011年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v0a.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v0a.ent.gz	874.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3v0a_validation.pdf.gz	489.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v0a_full_validation.pdf.gz	534.5 KB	表示
XML形式データ	3v0a_validation.xml.gz	102.2 KB	表示
CIF形式データ	3v0a_validation.cif.gz	132.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3v0bC 3v0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rgl-d 4266 6koq-d 3ecs-d 2o5j-2 4xtk-d 1de4-2 6xjd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BoNT/A

B: NTNH

C: Llama antibody F12

ヘテロ分子

307 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.080, 156.080, 324.603
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	BoNT/A / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT 分子量: 149449.828 Da / 分子数: 1 / 変異: E224Q,R363A,Y366F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: bont/a, boNT/A, bonta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4, UniProt: P0DPI1*PLUS
#2: タンパク質	NTNH / Type A progenitor toxin nontoxic-nonHA 分子量: 138450.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: ant, ntnh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45914

-
抗体 , 1種, 1分子 C

#3: 抗体	Llama antibody F12 分子量: 16163.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 320分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 12% PEG MME2000, 16% pentaerythritol propoxylate(5/4 PO/OH), 0.1 M ammonium sulfate and 50mM MES, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.8 Å / Num. all: 109722 / Num. obs: 109570 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 13.6 / Observed criterion σ(I): 13.6 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.127
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.703→49.357 Å / SU ML: 0.79 / Isotropic thermal model: RANDOM / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2239	5474	5 %	RANDOM
R_work	0.1759	-	-	-
all	0.1783	109722	-	-
obs	0.1783	109570	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.598 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.0759 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.0759 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-14.1518 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.703→49.357 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20719	0	150	294	21163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	21300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	28873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.34	7867
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	3150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7034-2.7342	0.3144	151	0.2899	3264	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7342-2.7663	0.3488	182	0.2839	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7663-2.8001	0.3516	172	0.2789	3441	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8001-2.8355	0.3241	193	0.2628	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8355-2.8728	0.3332	180	0.265	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8728-2.9122	0.3063	188	0.2586	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9122-2.9538	0.3176	191	0.2583	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9538-2.9978	0.327	199	0.2449	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9978-3.0447	0.2928	176	0.2271	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0447-3.0946	0.2681	185	0.2321	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0946-3.1479	0.2952	183	0.2276	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1479-3.2052	0.2699	179	0.2215	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2052-3.2668	0.251	199	0.2103	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2668-3.3335	0.3016	186	0.2064	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3335-3.4059	0.2536	187	0.2022	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4059-3.4851	0.2462	188	0.1924	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4851-3.5723	0.2468	189	0.1829	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5723-3.6688	0.2249	166	0.1769	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6688-3.7768	0.2093	193	0.1655	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7768-3.8986	0.1977	175	0.1533	3469	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8986-4.0379	0.193	181	0.1403	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0379-4.1995	0.1834	177	0.1291	3498	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1995-4.3905	0.1727	180	0.125	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3905-4.6218	0.1456	186	0.117	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6218-4.9111	0.1564	179	0.1193	3525	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9111-5.2899	0.1882	183	0.135	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2899-5.8215	0.1927	157	0.1644	3584	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8215-6.6622	0.2324	178	0.1818	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6622-8.3869	0.1939	188	0.1549	3628	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3869-49.365	0.1918	203	0.1701	3739	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9512	1.4961	0.0849	2.8822	-0.4817	1.3067	-0.1629	0.3073	0.1921	-0.476	0.0125	-0.2574	-0.1845	0.5464	0.1172	0.3766	-0.2022	0.0433	0.664	0.0271	0.3043	110.5507	85.689	7.2829
2	0.9971	0.1742	0.2563	1.2053	-0.2029	1.0782	-0.0214	0.0016	0.2039	0.1393	-0.0387	-0.1403	-0.233	0.3561	0.0428	0.2611	-0.1698	0.0356	0.5247	-0.0612	0.2437	109.0065	81.8933	24.7236
3	0.8924	0.5299	0.7818	0.7191	0.0258	2.1076	0.1999	-0.1099	-0.0645	0.0262	-0.0779	-0.2559	-0.1332	0.3318	0.0003	0.2159	-0.0856	0.0082	0.5681	-0.0663	0.2499	112.2602	59.5294	29.6051
4	0.4812	0.1863	0.3768	1.2531	0.049	0.7336	0.0782	0.0122	0.0263	0.0086	-0.0167	-0.1087	0.0521	0.2242	-0.0622	0.2119	-0.0036	0.0569	0.4891	-0.0258	0.2121	100.5755	55.367	18.8927
5	0.2514	0.3762	1.0496	0.7637	1.22	3.3282	0.0234	0.0294	0.0117	0.075	0.0805	-0.04	0.0464	0.3455	-0.1154	0.1795	-0.0313	0.023	0.377	-0.028	0.1906	99.853	54.7675	37.4286
6	0.3274	0.2575	0.3806	0.4054	0.1389	1.0604	-0.04	-0.0346	0.0801	-0.0079	0.0635	0.1699	-0.0676	-0.2004	-0.0215	0.1678	0.013	0.0456	0.3953	0.0588	0.2711	60.4862	65.741	31.2473
7	3.4819	1.0347	3.1108	2.8727	-1.7423	6.3719	0.268	-0.0952	0.1032	0.168	-0.2311	0.3012	0.2982	-0.3378	-0.0761	0.3381	0.0956	0.1473	0.4563	-0.042	0.3025	49.6489	69.1267	54.3207
8	2.3499	0.1414	-1.0886	0.7061	-0.0215	1.932	0.1	0.2154	-0.0021	0.0712	0.0498	0.1485	-0.0263	-0.3379	-0.1352	0.2677	-0.0592	0.021	0.1615	0.0705	0.1616	43.8283	29.9779	57.9552
9	0.7545	0.1775	0.3657	1.2112	0.0935	1.0005	-0.0017	0.053	-0.0422	-0.0193	0.0507	0.0861	0.0678	-0.0933	-0.0279	0.0722	0.004	0.0907	0.2557	0.04	0.0719	64.732	42.0892	42.9586
10	1.4704	-0.4382	-0.2346	2.9572	-1.3419	2.0655	0.1081	-0.0977	0.4443	0.2431	0.0714	-0.0894	-0.5326	-0.0615	-0.109	0.289	-0.0385	0.0385	0.2733	-0.0808	0.2643	81.7459	79.2819	52.0714
11	3.4614	0.8307	0.721	2.5378	-1.2823	1.0563	0.6705	-0.081	1.26	-0.0963	-0.3288	-0.2365	-1.6622	0.6041	-0.3504	1.2109	-0.5854	0.2416	0.9966	0.3747	1.3841	123.1994	114.3455	-9.2465
12	3.7567	-2.3058	0.091	2.8063	-1.8498	2.3129	0.377	1.3682	0.387	-0.6255	-0.7225	-0.0145	0.4782	-0.0006	0.2734	1.0203	-0.1895	0.2971	1.5943	-0.0955	1.2732	127.1676	98.1285	-28.3743
13	2.6754	-0.1009	-0.1261	0.6763	1.5937	5.8649	0.34	-0.0349	0.5817	-0.4545	-0.3403	-0.6351	-0.8533	0.9549	-0.166	1.057	-0.6254	0.2244	1.1345	0.1413	0.8508	127.9415	106.5982	-7.6077
14	4.6137	-1.1719	-2.3666	2.5944	-0.4706	8.7869	0.3345	0.8795	-0.019	-0.7526	-0.553	0.0102	-0.0778	-0.7323	0.2458	1.188	-0.2297	-0.0723	1.3596	0.0551	0.6559	116.4608	100.2188	-15.4438
15	6.1327	3.2448	3.3459	3.5902	1.0458	2.3699	-0.5226	0.715	-0.132	-0.5508	0.0669	0.0135	0.4385	-0.456	0.4016	0.577	-0.4053	0.18	1.6187	0.0827	0.619	123.4584	95.9437	-5.9815
16	2.7239	-0.5278	1.526	1.9718	0.0408	0.9155	-0.0322	0.6951	-0.3987	-1.0017	0.0051	-0.6335	-0.3704	1.2758	0.0537	1.0678	-0.2153	0.3103	1.3577	-0.1456	1.1647	124.2706	89.6305	-14.4307
17	3.6072	1.7616	-0.6376	3.0153	-1.5103	0.7803	0.033	0.198	0.1342	-0.1395	-0.3504	-0.8523	-0.6264	0.8081	0.2801	0.8971	-0.5524	0.2335	1.5822	0.1118	0.9018	133.8699	104.3682	-6.824
18	3.238	0.5857	-0.0152	2.6812	-1.7447	1.1784	-0.0974	0.8103	-0.0436	-0.4883	-0.0466	-0.817	-0.1514	0.903	0.1753	1.0783	-0.5381	0.4775	1.574	-0.04	0.8843	130.6044	100.5018	-14.2257
19	0.336	-0.1829	-0.817	0.4505	0.5162	2.246	0.0566	0.5848	-0.2266	-1.1709	-0.3329	-0.6871	-0.517	0.7709	0.1891	1.2369	-0.3007	0.1396	1.6952	0.096	0.6997	120.0965	97.9899	-15.8908
20	2.1524	0.5695	-1.0171	3.1843	1.2774	5.7369	0.8381	0.538	-0.0236	-0.9281	-0.3197	0.1916	-0.6519	0.4757	-0.5493	1.3102	-0.2632	-0.1677	1.3889	0.2103	0.5978	116.3865	105.4665	-13.7236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:99)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 100:412)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 413:495)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 496:628)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 629:825)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 826:1194)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 1195:1295)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 1:536)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 537:910)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 911:1194)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 0:7)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 8:16)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 17:33)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 34:44)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 45:59)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 60:67)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 68:76)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 77:83)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 84:101)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 102:118)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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