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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uy8 | ||||||
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タイトル | Designed protein KE59 R5_11/5F | ||||||
要素 | Kemp eliminase KE59 R5_11/5F | ||||||
キーワード | LYASE / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Beta Barrel | ||||||
機能・相同性 | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å | ||||||
データ登録者 | Khersonsky, O. / Kiss, G. / Roethlisberger, D. / Dym, O. / Albeck, S. / Houk, K.N. / Baker, D. / Tawfik, D.S. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Bridging the gaps in design methodologies by evolutionary optimization of the stability and proficiency of designed Kemp eliminase KE59. 著者: Khersonsky, O. / Kiss, G. / Rothlisberger, D. / Dym, O. / Albeck, S. / Houk, K.N. / Baker, D. / Tawfik, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uy8.cif.gz | 108.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uy8.ent.gz | 83.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uy8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3uy8_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3uy8_full_validation.pdf.gz | 469.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3uy8_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3uy8_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/3uy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/3uy8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28374.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: 付加脱離酵素(リアーゼ) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350, 0.01 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日 / 詳細: Pt coated mirrors in Kirkpatrick-Baez (KB) geometry |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→43.98 Å / Num. all: 23939 / Num. obs: 23532 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 28.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 87.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3UYC 解像度: 2.41→43.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 9.189 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.421 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.41→43.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.41→2.47 Å / Total num. of bins used: 20
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