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万見
- PDB-3uxm: Structure Guided Development of Novel Thymidine Mimetics targetin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uxm
タイトルStructure Guided Development of Novel Thymidine Mimetics targeting Pseudomonas aeruginosa Thymidylate Kinase: from Hit to Lead Generation
要素Thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Thymidylate kinase / thymidine triphosphate / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-deoxy-5'-fluorothymidine / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Choi, J.Y. / Plummer, M.S. / Starr, J. / Desbonnet, C.R. / Soutter, H.H. / Chang, J. / Miller, J.R. / Dillman, K. / Miller, A.A. / Roush, W.R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure guided development of novel thymidine mimetics targeting Pseudomonas aeruginosa thymidylate kinase: from hit to lead generation.
著者: Choi, J.Y. / Plummer, M.S. / Starr, J. / Desbonnet, C.R. / Soutter, H. / Chang, J. / Miller, J.R. / Dillman, K. / Miller, A.A. / Roush, W.R.
履歴
登録2011年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
C: Thymidylate kinase
D: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,67112
ポリマ－92,5974
非ポリマー1,0748
水6,792377
1
A: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4424
ポリマ－23,1491
非ポリマー2933
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3932
ポリマ－23,1491
非ポリマー2441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4424
ポリマ－23,1491
非ポリマー2933
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3932
ポリマ－23,1491
非ポリマー2441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Thymidylate kinase
ヘテロ分子

B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8366
ポリマ－46,2992
非ポリマー5374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
6
C: Thymidylate kinase
D: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8366
ポリマ－46,2992
非ポリマー5374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.877, 41.544, 117.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-374-

HOH

21D-373-

HOH

31D-375-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 23149.273 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA2962, tmk / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9HZN8, dTMP kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase domain / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / 参照: dTMP kinase
#3: 化合物
ChemComp-0DN / 5'-deoxy-5'-fluorothymidine


分子量: 244.220 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase domain / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13FN2O4 / 参照: dTMP kinase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 断片: Kinase domain / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O / 参照: dTMP kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The protein was mixed 1:1 with a reservoir solution containing 30% PEG 4000, 0.2M MgCl2, and 0.1 M Tris pH 7.5 - 8.5 and incubated at 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→24.6 Å / Num. all: 51360 / Num. obs: 177972 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.2 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique all: 4746 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→24.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.95 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23575 2620 5.1 %RANDOM
Rwork0.17506 ---
all0.17817 51360 --
obs0.17817 48710 97.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.164 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å2-0.19 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6224 0 72 377 6673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226421
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.622.0128707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg21.0925801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32122.39318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.706151041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5471593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.23009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.24392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9061.54123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.71726365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.49132529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2374.52342
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 139 -
Rwork0.211 3132 -
obs--84.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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