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- PDB-3ux4: Crystal structure of the urea channel from the human gastric path... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ux4
タイトルCrystal structure of the urea channel from the human gastric pathogen Helicobacter pylori
要素Acid-activated urea channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
AmiS/UreI transporter / AmiS/UreI transporter / AmiS/UreI transporter superfamily / AmiS/UreI family transporter / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Acid-activated urea channel
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.26 Å
データ登録者McNulty, R. / Luecke, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the proton-gated urea channel from the gastric pathogen Helicobacter pylori.
著者: Strugatsky, D. / McNulty, R. / Munson, K. / Chen, C.K. / Soltis, S.M. / Sachs, G. / Luecke, H.
履歴
登録2011年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid-activated urea channel
B: Acid-activated urea channel
C: Acid-activated urea channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,92612
ポリマ－67,6003
非ポリマー5,3269
水00
1
A: Acid-activated urea channel
B: Acid-activated urea channel
C: Acid-activated urea channel
ヘテロ分子

A: Acid-activated urea channel
B: Acid-activated urea channel
C: Acid-activated urea channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,85224
ポリマ－135,2006
非ポリマー10,65218
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area30100 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area45500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.904, 122.904, 141.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
12
13
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.750551, -0.250299, 0.611574), (-0.248946, 0.750203, 0.612554), (-0.612126, -0.612002, 0.500754)0.04967, 0.00615, 0.09779
3given(0.750076, -0.24924, -0.612589), (-0.252691, 0.747985, -0.613731), (0.611174, 0.615141, 0.498065)0.0195, 0.02353, -0.14983
4given(0.251723, -0.749851, -0.611848), (-0.751382, 0.247033, -0.611882), (0.609967, 0.613757, -0.501241)0.1257, 0.17316, -0.13262

-
要素

#1: タンパク質 Acid-activated urea channel / Urease accessory protein UreI


分子量: 22533.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / 遺伝子: jhp_0066, ureI / プラスミド: PET100D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P56874
#2: 化合物
ChemComp-XP4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 591.777 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H60O8P / コメント: DMPA, リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: Drop: 1.57 mg/mL UreI protein, 0.04 M NaCl, 1 mM TlCl, 0.01 M CaCl2, 7% PEG400, 0.05% decylmaltoside, 2.25% octylglucoside, 0.8 mg/mL E. coli polar lipids, 0.035 M MES, pH5.3, reservoir: 20% ...詳細: Drop: 1.57 mg/mL UreI protein, 0.04 M NaCl, 1 mM TlCl, 0.01 M CaCl2, 7% PEG400, 0.05% decylmaltoside, 2.25% octylglucoside, 0.8 mg/mL E. coli polar lipids, 0.035 M MES, pH5.3, reservoir: 20% PEG400, 0.1 M MES, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.256→92.746 Å / Num. all: 17274 / Num. obs: 17263 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 3.256→3.43 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 3.26→39.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 129.408 / SU ML: 0.853 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29949 872 5.1 %RANDOM
Rwork0.23929 ---
obs0.24233 16314 98.18 %-
all-17190 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 164.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2---0.63 Å2-0 Å2
3---1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.26→39.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 0 198 0 4482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.024629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.9656312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7425534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29622.941153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.63715636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.295153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.15934629
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded54482
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11240X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL46.90.71
21240X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL47.680.71
31240X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL49.680.71
LS精密化 シェル解像度: 3.26→3.344 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 58 -
Rwork0.408 1032 -
obs--96.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32910.7317-0.32293.3348-0.14313.09140.0336-0.04650.2874-0.1332-0.0524-0.4537-1.0276-0.22110.01870.58020.1001-0.02780.2415-0.04531.18320.48433.484-0.939
22.5172-2.18562.3158.58390.93083.6069-0.22650.04841.1433-0.57280.0051-2.1432-0.81440.07950.22150.7811-0.18170.2960.08270.08091.63318.99436.632.384
31.42950.3782-1.43013.79781.18692.59330.1172-0.42190.72030.90670.36750.227-0.14680.1618-0.48470.83370.3188-0.14870.6958-0.3920.4654-7.40125.62420.25
43.0871-5.1854-0.783811.8569-0.75122.3724-0.1669-0.83111.20391.71360.8069-1.038-0.95160.1852-0.641.24410.14750.06640.9856-0.87951.0429-3.80823.83629.041
52.1181-0.22441.95941.4078-1.07362.73870.07470.33540.7384-0.7942-0.31080.32790.04140.28490.23611.16290.37250.04350.68470.26770.5194-8.59924.43-21.226
64.0619-4.5232.31137.3248-2.66191.43160.19741.23970.5292-0.7531-0.56180.9693-0.02440.54630.36441.29940.097-0.15760.88530.61481.3598-0.98226.685-26.73
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2A147 - 195
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4B147 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6C147 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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