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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ux4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the urea channel from the human gastric pathogen Helicobacter pylori | ||||||
要素 | Acid-activated urea channel | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.26 Å | ||||||
データ登録者 | McNulty, R. / Luecke, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: Structure of the proton-gated urea channel from the gastric pathogen Helicobacter pylori. 著者: Strugatsky, D. / McNulty, R. / Munson, K. / Chen, C.K. / Soltis, S.M. / Sachs, G. / Luecke, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ux4.cif.gz | 249.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ux4.ent.gz | 204.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ux4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ux4_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ux4_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3ux4_validation.xml.gz | 30.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ux4_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/3ux4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/3ux4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22533.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / 遺伝子: jhp_0066, ureI / プラスミド: PET100D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P56874 #2: 化合物 | ChemComp-XP4 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: Drop: 1.57 mg/mL UreI protein, 0.04 M NaCl, 1 mM TlCl, 0.01 M CaCl2, 7% PEG400, 0.05% decylmaltoside, 2.25% octylglucoside, 0.8 mg/mL E. coli polar lipids, 0.035 M MES, pH5.3, reservoir: 20% ...詳細: Drop: 1.57 mg/mL UreI protein, 0.04 M NaCl, 1 mM TlCl, 0.01 M CaCl2, 7% PEG400, 0.05% decylmaltoside, 2.25% octylglucoside, 0.8 mg/mL E. coli polar lipids, 0.035 M MES, pH5.3, reservoir: 20% PEG400, 0.1 M MES, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.256→92.746 Å / Num. all: 17274 / Num. obs: 17263 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.256→3.43 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.26→39.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 129.408 / SU ML: 0.853 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 164.174 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.26→39.35 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.26→3.344 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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