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万見
- PDB-3uwx: Crystal structure of UvrA-UvrB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uwx
タイトルCrystal structure of UvrA-UvrB complex
要素
  • Excinuclease ABC, A subunit
  • UvrABC system protein B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / UvrA / UvrB / nucleotide excision repair / DNA repair / ABC ATPase / ATP binding / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif ...UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
UvrABC system protein A / UvrABC system protein B / UvrABC system protein A / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus (バクテリア)
Geobacillus sp. Y412MC52 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.398 Å
データ登録者Pakotiprapha, D. / Jeruzalmi, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure and mechanism of the UvrA-UvrB DNA damage sensor.
著者: Pakotiprapha, D. / Samuels, M. / Shen, K. / Hu, J.H. / Jeruzalmi, D.
履歴
登録2011年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excinuclease ABC, A subunit
B: UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,4565
ポリマ－186,2592
非ポリマー1963
水00
1
A: Excinuclease ABC, A subunit
B: UvrABC system protein B
ヘテロ分子

A: Excinuclease ABC, A subunit
B: UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,91110
ポリマ－372,5194
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)216.823, 216.823, 116.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Excinuclease ABC, A subunit


分子量: 107987.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacillus (バクテリア) / 株: Y412MC52 / 遺伝子: GYMC52_3203, uvrA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: E8SW61, UniProt: A0A0E0TG05*PLUS
#2: タンパク質 UvrABC system protein B


分子量: 78272.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus sp. Y412MC52 (バクテリア)
株: Y412MC52 / 遺伝子: GYMC52_3204, uvrB / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: E8SW62, UniProt: A0A0E0TGM2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細THE SEQUENCE CORRESPONDS TO BACILLUS (GEOBACILLUS) STEAROTHERMOPHILUS STRAIN 10

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Na/K phosphate, PEG 1000, NaCl, trehalose, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.398→50 Å / Num. obs: 17635 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
4.4-4.566.70.96214720.987182.7
4.56-4.747.20.816301.033191.1
4.74-4.968.30.77317301.023196.8
4.96-5.229.10.7217751.026199.3
5.22-5.549.40.57118001.091199.7
5.54-5.979.60.47717981.063199.7
5.97-6.579.60.27418161.135199.6
6.57-7.529.40.14218241.178199.7
7.52-9.469.10.06518521.085199.4
9.46-508.60.03719381.18197.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.398→38.065 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6602 / SU ML: 1.74 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3486 899 5.11 %
Rwork0.2876 --
obs0.2906 17600 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 884.97 Å2 / Biso mean: 347.3082 Å2 / Biso min: 186.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--60.8938 Å20 Å2-0 Å2
2---60.8938 Å20 Å2
3---121.7875 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.398→38.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12190 0 3 0 12193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79316767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521888
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4244762
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.3984-4.67350.47241320.4452404253685
4.6735-5.03360.38321710.37022725289697
5.0336-5.53880.34021490.29352811296099
5.5388-6.33710.39851570.303628392996100
6.3371-7.9720.35241370.269229093046100
7.972-38.06630.31641530.25843013316699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.99631.1457-1.70085.20310.36512.43370.52070.0746-0.6875-0.5301-0.0676-1.6704-1.11860.021703.11010.2531-0.35892.98960.54653.668755.0731-19.37934.6749
25.3506-2.4044-0.30661.65950.68032.2770.3619-0.6129-0.58790.1895-0.81070.09570.2998-1.437104.0018-0.375-0.46573.5132-0.10123.054353.65045.103221.109
32.6717-1.82150.31552.1771-1.01844.27091.12070.20610.16990.405-0.87641.0554-0.0696-1.5432-03.6509-0.2684-0.20823.41450.05783.614227.7703-18.938721.9493
41.41432.31982.41281.64961.19740.69720.39010.4722-1.2475-0.119-0.354-0.96220.80210.020203.8789-0.0764-0.22883.45720.39763.392448.51412.6657-13.1575
51.0002-4.9031-4.80570.5345-0.92084.61963.0742.64157.90391.3918-0.7040.4595-2.8141-0.80752.67313.37-0.53330.23744.2854-1.1301-0.0036-7.6916-27.362840.4313
60.29441.0137-0.53360.5583-0.9281.8470.9743-1.06130.0085-4.4847-2.04273.0772-0.3987-0.1145-0.20644.345-0.0022-0.4254.1166-0.16424.667317.330719.812413.5254
75.4386-1.4050.65742.5140.00938.1448-0.84340.6617-1.0478-0.02410.4359-1.1793-0.4487-0.162603.393-0.14290.45442.77990.26963.5625-55.0649-58.387735.5387
80.726-0.3971.04450.2134-0.38621.3088-0.5932-1.1204-1.2791.2513-0.334-2.0597-0.3434-0.1023-03.7829-0.33980.51113.29680.07384.3948-27.5028-71.625520.8745
90.1003-0.16270.01030.36890.0620.03512.94990.3371-3.7523-3.0027-0.40853.59711.3942-7.78880.33523.1928-0.2096-0.20294.67431.47783.8211-36.5825-59.727712.5909
102.2607-2.97362.59141.9493-2.742.2509-0.59950.5537-0.92710.91250.1061.4996-0.6477-0.925203.7531-0.57940.60123.3487-0.63012.8253-25.6878-46.211440.4405
111.8932.4929-2.48723.53240.6723-1.9568-0.0731-0.02030.0927-0.91730.29160.7982-0.7581-1.20810.00024.12390.03350.04913.30850.05793.7054-73.3215-51.923313.8756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 1:87 or resseq 503:608)A1 - 87
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 1:87 or resseq 503:608)A503 - 608
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 609:686 or resseq 843:949)A609 - 686
4X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 609:686 or resseq 843:949)A843 - 949
5X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 88:117 or resseq 257:273 or resseq 412:502)A88 - 117
6X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 88:117 or resseq 257:273 or resseq 412:502)A257 - 273
7X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 88:117 or resseq 257:273 or resseq 412:502)A412 - 502
8X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 687:842A687 - 842
9X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 118:256A118 - 256
10X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 274:411A274 - 411
11X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 1:89 or resseq 116:150 or resseq 324:346 or resseq 379:411)B1 - 89
12X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 1:89 or resseq 116:150 or resseq 324:346 or resseq 379:411)B116 - 150
13X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 1:89 or resseq 116:150 or resseq 324:346 or resseq 379:411)B324 - 346
14X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 1:89 or resseq 116:150 or resseq 324:346 or resseq 379:411)B379 - 411
15X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 252:323 or resseq 347:378)B252 - 323
16X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 252:323 or resseq 347:378)B347 - 378
17X-RAY DIFFRACTION9chain B and resseq 90:115B90 - 115
18X-RAY DIFFRACTION10chain B and resseq 151:251B151 - 251
19X-RAY DIFFRACTION11chain B and resseq 412:595B412 - 595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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