PDB-3uug: Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein ChvE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uug

タイトル

Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein ChvE

要素

Multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / periplasmic binding protein / SUGAR-BINDING PROTEIN / sugar / periplasmic

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hu, X. / Zhao, J. / Binns, A. / Degrado, W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Agrobacterium tumefaciens recognizes its host environment using ChvE to bind diverse plant sugars as virulence signals.
著者: Hu, X. / Zhao, J. / Degrado, W.F. / Binns, A.N.

履歴

登録	2011年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3uug.ent.gz	231.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3uug_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uug_full_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示
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関連構造データ

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類似構造データ	4wwh-2 4wwh-1 6spa-3 3urm-1 3km2-8 4ys6-d 4b3e-1 2c9u-d 3kh3-4 1uxl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE

B: Multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE

ヘテロ分子

72.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	130.488, 130.488, 63.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質

Multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE

分子量: 35868.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / 遺伝子: AGR_C_4267, Atu2348, chvE / プラスミド: pJZ01 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25548

#2: 糖

ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpAb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 31% PEG4000, 0.2M Magnesium chloride, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 58954 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 1186 / R_sym value: 0.543 / % possible all: 62.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→45.477 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.08 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1935	2864	5.07 %	random
R_work	0.1561	-	-	-
obs	0.158	56517	90.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.903 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8717 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8717 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7434 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5024	0	26	755	5805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.859	7110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.385	1936
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	929

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7501-1.8127	0.3044	156	0.2482	3317	X-RAY DIFFRACTION	56
1.8127-1.8853	0.2642	250	0.2086	4401	X-RAY DIFFRACTION	75
1.8853-1.9711	0.2365	263	0.1811	5272	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9711-2.075	0.2096	309	0.1631	5597	X-RAY DIFFRACTION	95
2.075-2.205	0.1966	310	0.1551	5669	X-RAY DIFFRACTION	97
2.205-2.3752	0.1948	288	0.1499	5832	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3752-2.6143	0.203	334	0.1543	5785	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6143-2.9925	0.2024	324	0.1651	5856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9925-3.7699	0.1842	299	0.1458	5935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7699-45.492	0.1554	331	0.1331	5989	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4328	0.3866	-0.9229	1.4209	-0.2775	1.0981	0.3114	0.5391	-0.4264	-0.3732	0.322	0.0249	0.2208	0.0313	-0.4154	0.2117	-0.0096	-0.0307	0.178	-0.0152	0.0841	-69.5688	13.2411	-17.8901
2	0.8866	-0.0736	0.0389	0.1829	-0.186	0.197	0.0028	-0.0416	-0.293	0.0533	-0.0185	-0.0816	0.1496	0.0818	-0.03	0.1025	0.0091	-0.0065	0.0289	0	0.0974	-65.1883	8.2937	-1.1737
3	0.9192	0.208	0.8395	1.2227	-0.1701	3.0376	0.0048	0.2836	-0.3115	-0.2649	0.1454	0.4348	0.1254	-0.4831	-0.118	0.1637	-0.0377	-0.0424	0.1504	-0.009	0.1785	-75.009	9.1117	-13.8393
4	1.19	0.466	0.1767	0.639	0.5097	1.644	0.1141	0.2375	-0.2358	-0.1072	0.1264	-0.2963	0.0278	0.2803	-0.2354	0.0816	0.007	0.0012	0.1156	-0.0499	0.1428	-55.7543	11.9303	-9.7815
5	1.6098	-0.3239	1.637	1.6653	-1.6332	2.7339	0.0963	0.4172	0.0126	-0.2479	0.1106	0.2237	0.3507	0.4479	-0.1548	0.1469	-0.0053	-0.0216	0.1728	-0.0045	0.0889	-64.1237	16.8804	-17.8333
6	1.0692	0.994	-0.3136	1.4866	0.2212	1.0476	0.0113	0.1703	0.0481	-0.1074	0.1818	-0.0794	-0.236	0.0808	-0.1397	0.0885	-0.013	0.0284	0.0741	-0.0066	0.0726	-57.7156	22.7763	-11.1357
7	0.4541	0.0813	0.1153	0.6709	-0.3695	0.7854	0.0577	-0.0021	0.0358	0.1461	0.0305	-0.0366	-0.1801	-0.0542	-0.0695	0.1487	0.0103	0.0084	0.0462	-0.0011	0.0676	-67.5004	22.3086	7.1694
8	1.0295	-0.1744	0.2154	0.5709	-0.2838	0.1579	-0.4002	-0.1796	0.0481	0.2167	-0.035	0.4499	0.0008	-0.5759	0.4057	0.6275	0.074	0.0021	0.4273	-0.1219	0.1684	-72.6138	22.4407	34.7993
9	0.0299	-0.1838	-0.05	0.6129	0.0319	1.0177	0.0586	-0.1006	0.0299	0.2851	-0.0285	-0.3202	-0.2524	0.1607	0.0746	0.2446	-0.032	-0.0554	0.0917	-0.0073	0.1113	-61.391	22.3617	16.3812
10	0.8825	0.1704	0.0054	0.6584	-1.1327	2.4579	0.0201	0.0666	0.2307	0.6448	-0.0507	-0.2489	-0.7727	-0.0406	0.1807	0.5955	-0.0644	-0.1589	0.1119	-0.0232	0.1465	-61.3111	25.916	29.2759
11	0.7807	-0.2465	0.728	1.0769	0.1826	2.2203	0.0108	0.0122	0.0502	0.4047	0.0157	-0.4903	-0.1186	0.6357	0.0062	0.2324	-0.0438	-0.1377	0.1418	-0.0099	0.2104	-52.4601	15.1851	19.035
12	1.123	-0.8906	-0.1348	0.8098	0.0356	0.0679	-0.0671	-0.1365	0.0542	0.3639	0.1608	-0.2444	0.038	0.2756	-0.0374	0.2754	-0.0168	-0.0853	0.1098	-0.0011	0.0964	-59.8934	11.902	23.3639
13	0.9582	0.7706	-0.2564	1.7952	0.4901	2.5858	0.0131	-0.0474	-0.274	0.5669	0.2289	-0.5553	0.9879	0.1801	-0.1486	0.5297	-0.0023	-0.193	0.0564	0.0252	0.1368	-60.0153	4.0192	30.0244
14	0.4262	-0.1889	0.2134	0.7038	-0.7089	0.7322	0.0642	-0.0401	-0.1154	0.2059	0.009	0.0337	0.0632	0.0748	-0.0711	0.153	-0.0054	-0.0094	0.0552	0.0173	0.0698	-69.8026	7.8342	15.3209
15	0.0461	-0.3173	0.3007	2.0418	-2.0504	4.2764	0.0422	0.0794	0.0082	-0.026	0.1167	0.4098	-0.2856	-0.3706	-0.1106	0.0886	0.0176	-0.0227	0.0947	0.0049	0.1167	-76.0794	17.2636	-6.6602
16	2.9445	0.0145	-0.1365	4.1341	1.1971	3.8852	0.0126	0.629	0.0284	-0.9124	-0.1682	0.514	-0.5183	-0.5096	0.0655	0.2372	0.0481	-0.0171	0.1685	0.0285	0.0941	-76.538	25.915	-10.4004
17	3.4009	1.9965	-1.126	2.4327	0.0807	0.8084	0.4431	0.1216	0.7945	0.3178	0.0121	0.3318	-0.2664	-0.1253	0.2515	0.1682	0.0164	0.0891	-0.0201	0.0074	0.1147	-66.1899	32.1456	1.2891
18	1.2245	0.9823	-0.6398	1.4019	-0.8674	0.4935	0.1737	-0.2999	0.3072	0.0094	-0.138	0.2501	-0.0815	0.0814	-0.0599	0.1605	0.029	0.0453	0.0734	0.0122	0.1276	-70.1736	27.5227	-0.6621
19	0.4575	-0.4422	-0.2788	0.6194	-0.1163	0.4439	0.0524	-0.028	-0.2137	0.1605	-0.004	0.1399	0.0629	-0.1216	-0.0469	0.1439	-0.0135	0.016	0.0738	0.0228	0.1238	-78.4712	6.5411	13.4033
20	2.7732	-0.8238	-0.3145	0.3685	0.43	3.2856	0.2173	-0.4938	-0.1354	0.4509	0.3683	0.0015	0.4963	0.0844	-0.4985	0.2149	0.0141	-0.0388	0.0715	0.004	0.3224	-75.9498	-4.9205	10.7973
21	0.8687	-0.4063	0.4254	1.8889	0.2259	0.4336	0.0599	0.2289	-0.2568	-0.4131	0.0231	0.1464	0.0273	0.0526	-0.0276	0.1745	0.0312	-0.0228	0.1281	0.0044	0.1431	-89.7964	11.7066	5.9461
22	1.8042	0.5572	-0.7211	1.629	-2.8781	5.4884	0.0567	-0.0746	-0.9282	-0.7428	0.0683	-0.0565	1.4174	0.3047	-0.0034	0.4521	0.098	-0.0521	0.1229	-0.0923	0.355	-89.7506	1.6843	0.4664
23	1.1675	-0.7076	0.6444	2.5511	-0.5734	0.4238	0.0758	0.2595	0.0519	-0.2295	-0.072	-0.2751	0.0907	0.1664	0.0056	0.203	0.0216	-0.0035	0.1812	0.0213	0.1723	-88.7476	19.2157	1.9031
24	2.5928	-2.1864	1.0788	2.956	-1.2295	0.569	0.3891	0.8703	-0.0285	-1.1266	-0.6813	-0.6434	0.2298	0.4202	0.2437	0.4248	0.0908	0.0324	0.3122	0.0084	0.1881	-91.4887	19.4979	-7.6949
25	0.7525	0.4934	0.8379	0.3765	0.5576	1.8432	0.1517	0.1023	-0.0717	0.0522	-0.0098	0.0531	0.2364	-0.022	-0.1459	0.1535	0.0307	-0.0444	0.1573	0.0087	0.1825	-97.0737	21.378	4.1975
26	2.8623	-1.0909	0.4934	2.7377	0.0314	0.1581	0.1926	0.7869	0.1416	-0.9645	-0.0935	0.4481	-0.5125	-0.0415	0.0006	0.368	0.0942	-0.1148	0.3113	0.0361	0.1827	-100.5885	24.0552	-6.1908
27	0.4622	-0.1582	0.0222	1.3219	-0.5578	0.3432	0.0792	0.1858	-0.2952	-0.1299	0.0274	0.6745	0.0019	-0.163	-0.1054	0.1826	0.0578	-0.0625	0.1682	-0.012	0.2873	-103.0663	16.656	5.038
28	0.7015	-0.6188	0.5471	1.489	-1.3707	2.4807	-0.1737	-0.5497	-0.6687	0.1986	0.6475	0.3745	0.2073	-0.8124	-0.4656	0.2687	0.1133	0.1066	0.3675	0.2275	0.3629	-104.6874	11.3456	29.154
29	0.3298	0.2553	0.2014	0.6328	0.1795	0.1235	0.0531	0.1542	0.0339	0.1299	0.2526	0.1666	-0.0258	-0.1245	-0.1718	0.6985	0.2841	0.4372	1.0864	0.4234	0.7264	-108.99	10.9388	43.4012
30	2.6236	0.0697	0.5809	0.5056	-0.423	0.7566	-0.2137	-0.7323	-0.0388	0.3825	0.1909	0.3027	-0.4485	-0.4903	-0.0592	0.3057	0.19	0.0909	0.368	0.0697	0.2349	-105.4048	21.0383	28.4169
31	2.0415	0.8766	-0.1501	2.3194	-0.349	3.35	-0.1439	-0.6326	0.1844	0.4634	-0.1276	0.6697	-0.4656	-0.7546	0.2365	0.414	0.2245	0.0998	0.462	-0.0236	0.3247	-104.399	27.0743	34.0736
32	0.5024	0.0748	0.3497	0.151	0.3631	0.7209	-0.337	-0.2279	0.3084	0.5038	0.0579	-0.1244	-0.3022	0.0572	0.2394	0.3732	0.0809	-0.0685	0.1512	0.004	0.2178	-92.7103	27.8808	28.1585
33	0.6721	0.177	-0.7597	0.1947	0.6159	5.2654	0.2876	-0.8899	0.4979	-0.2839	-1.8287	0.5161	1.3961	0.5326	1.2708	0.9454	0.1022	-0.1529	0.6264	-0.0866	0.1737	-95.2423	26.3709	45.063
34	1.6733	-1.0951	0.6004	1.8924	-1.0374	0.7571	-0.3875	-0.4118	-0.0382	0.5899	0.1634	-0.0651	-0.3238	-0.2302	0.0625	0.3954	0.1283	-0.0193	0.1778	0.0601	0.1406	-90.399	15.2042	33.5346
35	1.0334	-0.8474	0.3889	1.0918	-0.7358	0.9522	-0.0081	-0.0799	-0.3642	0.053	0.0994	0.3828	0.2174	-0.1284	-0.1844	0.181	0.0302	-0.0154	0.0849	0.0519	0.2392	-95.6273	6.0531	17.5234
36	1.9454	0.1361	0.531	0.4195	0.5342	2.5234	0.3584	0.8475	-0.2243	-0.4608	0.1535	0.6435	0.456	-0.4435	-0.3578	0.4522	0.0523	-0.2587	0.3618	-0.098	0.5057	-104.8489	5.1676	-3.0495
37	0.2639	0.5967	0.2234	2.3345	-0.2409	1.4041	0.504	0.1172	-0.479	-0.2111	-0.1554	0.3283	0.3255	-0.2558	-0.4239	0.1498	0.0468	-0.0071	0.212	0.0942	0.5415	-112.4439	14.8616	10.0859
38	1.0325	0.1329	0.6876	0.8133	0.449	1.1103	0.257	0.0009	-0.5538	-0.089	0.0823	0.8969	0.3682	-0.0778	-0.3715	0.1988	0.0264	-0.0448	0.1608	0.0965	0.4759	-105.0653	10.4443	14.0649
39	4.8972	0.7259	-0.4579	0.3836	-1.025	3.435	0.077	-0.1189	-1.0549	0.4609	0.2379	0.4443	0.5544	-0.235	-0.1215	0.2862	0.0085	0.025	0.0725	0.1643	0.4191	-91.9299	-2.2216	25.7027
40	3.5516	-2.2964	0.8151	1.7006	-0.4541	0.3264	0.3387	-0.2274	-0.9762	-0.0952	-0.1207	0.4971	0.142	-0.1943	-0.2611	0.2189	0.014	-0.0111	0.1146	0.0602	0.2918	-83.2816	0.7731	22.376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:8)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 9:26)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 27:35)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 36:57)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 58:63)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 64:86)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 87:125)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 126:131)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 132:157)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 158:172)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 173:200)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 201:219)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 220:235)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 236:265)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 266:277)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 278:288)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 289:294)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 295:305)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 306:324)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 325:330)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 2:26)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 27:31)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 32:52)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 53:61)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 62:72)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 73:85)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 86:106)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 107:124)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 125:130)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 131:164)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 165:176)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 177:199)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 200:205)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 206:253)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 254:273)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 274:286)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 287:293)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 294:311)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 312:322)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 323:330)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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