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- PDB-3ut3: A novel PAI-I inhibitor and its structural mechanism -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ut3
タイトルA novel PAI-I inhibitor and its structural mechanism
要素Plasminogen activator inhibitor 1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / serpin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / replicative senescence / ECM proteoglycans / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / platelet alpha granule lumen / negative regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-negative bacterium / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EMJ / Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Lin, Z.H. / Hong, Z.B. / Shi, X.L. / Hu, L.H. / Andreasen, P.A. / Huang, M.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A novel PAI-I inhibitor and its structural mechanism
著者: Lin, Z.H. / Hong, Z.B. / Shi, X.L. / Hu, L.H. / Andreasen, P.A. / Huang, M.D.
履歴
登録2011年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen activator inhibitor 1
B: Plasminogen activator inhibitor 1
C: Plasminogen activator inhibitor 1
D: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,5325
ポリマ－169,2384
非ポリマー2941
水00
1
A: Plasminogen activator inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3091
ポリマ－42,3091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6042
ポリマ－42,3091
非ポリマー2941
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Plasminogen activator inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3091
ポリマ－42,3091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Plasminogen activator inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3091
ポリマ－42,3091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.252, 74.953, 103.775
Angle α, β, γ (deg.)90.89, 93.33, 115.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Plasminogen activator inhibitor 1 / PAI / PAI-1 / Endothelial plasminogen activator inhibitor / Serpin E1


分子量: 42309.492 Da / 分子数: 4 / 変異: N150H, K154T, Q319L, M354I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINE1, PAI1, PLANH1 / プラスミド: pT7-PL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05121
#2: 化合物 ChemComp-EMJ / 2,5-dihydroxy-3-undecylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / エンベリン


分子量: 294.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1
詳細: ammonium sulfate, pH 6.1, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.42→103.49 Å / Num. obs: 64869 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.42→2.49 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1DVM and 1B3K

1dvm

1b3k


解像度: 2.42→58.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.353 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24485 3288 5.1 %RANDOM
Rwork0.20247 ---
obs0.20461 61573 96.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0.63 Å20.18 Å2
2---1.63 Å2-0.17 Å2
3---2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→58.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11617 0 21 0 11638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01911920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6921.95516160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87326304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90151447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94323.846546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.367152039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7881570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022820
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.422→2.485 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 230 -
Rwork0.318 4545 -
obs--96.54 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6EMB.paramEMB.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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