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- PDB-3usv: Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3usv
タイトルStructure of the precursor of a thermostable variant of papain at 3.8 A resolution from a crystal soaked at pH 4
要素Papain
キーワードHYDROLASE / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


papain / serpin family protein binding / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Carica papaya (パパイア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Roy, S. / Choudhury, D. / Biswas, S. / Dattagupta, J.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic analysis of pro-papain variant elucidates the structural basis of the step-wise activation mechanism of the zymogen
著者: Roy, S. / Choudhury, D. / Biswas, S. / Dattagupta, J.K.
履歴
登録2011年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Papain
C: Papain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1352
ポリマ－82,1352
非ポリマー00
水00
1
A: Papain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0681
ポリマ－41,0681
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Papain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0681
ポリマ－41,0681
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.853, 75.970, 109.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Papain / Papaya proteinase I / PPI


分子量: 41067.570 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-345 / 変異: C132A, V139S, G143S, K281R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00784, papain

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: CS37 of Hampton Research, soaked overnight in NaOAc buffer pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月23日 / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. all: 7008 / Num. obs: 6069 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 1.4
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / % possible all: 88.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TNX

3tnx


解像度: 3.8→29.6 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.408 562 RANDOM
Rwork0.358 --
obs0.358 5245 -
all-5807 -
溶媒の処理Bsol: 4294.29 Å2
原子変位パラメータBiso max: 60.1 Å2 / Biso mean: 44.4991 Å2 / Biso min: 0.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--42.167 Å20 Å2-3.633 Å2
2---8.797 Å20 Å2
3---50.964 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3020 0 0 0 3020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.044
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 91 -
Rwork0.407 --
obs-742 73.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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