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万見
- PDB-3upd: 2.9 Angstrom Crystal Structure of Ornithine Carbamoyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3upd
タイトル2.9 Angstrom Crystal Structure of Ornithine Carbamoyltransferase (ArgF) from Vibrio vulnificus
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Alpha and beta proteins (a/b) / ATC-like / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.9 Angstrom Crystal Structure of Ornithine Carbamoyltransferase (ArgF) from Vibrio vulnificus.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6421
ポリマ－39,6421
非ポリマー00
水84747
1
A: Ornithine carbamoyltransferase

A: Ornithine carbamoyltransferase

A: Ornithine carbamoyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9263
ポリマ－118,9263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area6510 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area40320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.963, 153.963, 153.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase / OTCase


分子量: 39641.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: argF, VV1_1466 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q8DCF5, ornithine carbamoyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 7.2mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3); Screen: Calssics II (C2), 1.1M Ammonium tartrate (pH 7.0); Cryo: 4.0M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 13533 / Num. obs: 13533 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 82.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 642 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DUV

1duv


解像度: 2.91→28.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 23.258 / SU ML: 0.191
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19452 669 4.9 %RANDOM
Rwork0.15799 ---
all0.15978 12861 --
obs0.15978 12861 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.788 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→28.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2698 0 0 47 2745
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.9383715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88534479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.8985344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.98125132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.73115475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6371511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8821.51709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1531.5711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73122728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74731044
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3764.5987
LS精密化 シェル解像度: 2.905→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 54 -
Rwork0.264 917 -
obs-917 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.888812.5791.957532.49485.962712.73420.3766-0.20650.82691.2944-0.44561.86380.67220.59380.06891.42720.2947-0.2260.9319-0.32021.388524.5251-0.323932.9364
20.87980.3111-0.1021.8405-0.39931.08140.01020.17870.0082-0.18980.03930.06260.024-0.1465-0.04950.04450.01370.00250.09870.00020.008221.0386-22.041630.7513
34.72951.0081-0.71790.88720.22833.1969-0.15220.6074-0.2804-0.51820.1581-0.13610.21110.0211-0.00590.4306-0.02830.06350.197-0.0440.025532.1102-18.03710.9466
41.0318-0.3516-0.30010.9763-0.39032.37510.03950.14920.0501-0.2206-0.1185-0.2249-0.06990.31450.0790.1266-0.02140.08740.09810.01070.071640.0707-13.825823.2839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-22 - -17
2X-RAY DIFFRACTION2A-5 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3A184 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4A250 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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