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- PDB-3ung: Structure of the Cmr2 subunit of the CRISPR RNA silencing complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ung
タイトルStructure of the Cmr2 subunit of the CRISPR RNA silencing complex
要素Cmr2dHD
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Ferredoxin Fold / nucleotide-binding / Polymerase / Cmr complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D2 domain, helical bundle / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D4 domain, six-helix bundle / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / : / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, first helical domain / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, Zn-binding domain / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster ...CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D2 domain, helical bundle / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D4 domain, six-helix bundle / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / : / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, first helical domain / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, Zn-binding domain / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CRISPR system Cmr subunit Cmr2
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Cocozaki, A.I. / Ramia, N.F. / Shao, Y. / Hale, C.R. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Li, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of the Cmr2 Subunit of the CRISPR-Cas RNA Silencing Complex.
著者: Cocozaki, A.I. / Ramia, N.F. / Shao, Y. / Hale, C.R. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Li, H.
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Other
改定 1.22015年2月4日Group: Other
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cmr2dHD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7195
ポリマ－80,1461
非ポリマー5734
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.167, 85.070, 140.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cmr2dHD


分子量: 80146.406 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 215-871 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1129 / プラスミド: pET200D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8U1S6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M CaCl2, 28% PEG 400, 0.1M HEPES Sodium, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 35291 / Num. obs: 35291 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 51.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→29.614 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 1778 5.69 %
Rwork0.203 --
obs0.2064 31257 79.94 %
all-35291 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.553 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.3341 Å20 Å2-0 Å2
2--6.4372 Å20 Å2
3----16.7713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→29.614 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4469 0 30 35 4534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2556196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3651732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088691
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.37210.3364480.3068966X-RAY DIFFRACTION34
2.3721-2.44180.3621810.27481333X-RAY DIFFRACTION47
2.4418-2.52060.38451050.27251678X-RAY DIFFRACTION60
2.5206-2.61060.33671220.26581961X-RAY DIFFRACTION71
2.6106-2.71510.31561420.27422157X-RAY DIFFRACTION77
2.7151-2.83860.37671380.26482286X-RAY DIFFRACTION82
2.8386-2.98810.36951420.27712405X-RAY DIFFRACTION85
2.9881-3.17510.30011530.25132588X-RAY DIFFRACTION92
3.1751-3.41990.26361640.23622703X-RAY DIFFRACTION95
3.4199-3.76350.24221660.18842750X-RAY DIFFRACTION97
3.7635-4.30660.22091670.1612835X-RAY DIFFRACTION98
4.3066-5.42050.20771720.14732861X-RAY DIFFRACTION100
5.4205-29.61610.27311780.21192956X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.082 Å / Origin y: 16.8858 Å / Origin z: 12.6916 Å
111213212223313233
T0.1132 Å2-0.0199 Å2-0.0157 Å2-0.1726 Å20.0586 Å2--0.1655 Å2
L2.0864 °20.2359 °2-0.9673 °2-1.2901 °20.5792 °2--2.2229 °2
S-0.0415 Å °-0.1536 Å °-0.0851 Å °0.0604 Å °-0.0582 Å °-0.2432 Å °0.0658 Å °0.134 Å °-0.1035 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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