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- PDB-3ulq: Crystal Structure of the Anti-Activator RapF Complexed with the R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ulq
タイトルCrystal Structure of the Anti-Activator RapF Complexed with the Response Regulator ComA DNA Binding Domain
要素
  • Response regulator aspartate phosphatase F
  • Transcriptional regulatory protein ComA
キーワードGENE REGULATION/TRANSCRIPTION ACTIVATOR / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT / RESPONSE REGULATOR HELIX-TURN-HELX DNA BINDING / 3-HELIX BUNDLE / HYDROLASE-TRANSCRIPTION ACTIVATOR complex / GENE REGULATION-TRANSCRIPTION ACTIVATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
response regulator aspartate phosphatase H, N terminal / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain ...response regulator aspartate phosphatase H, N terminal / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcriptional regulatory protein ComA / Regulatory protein RapF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Baker, M.D. / Neiditch, M.B.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of response regulator inhibition by a bacterial anti-activator protein.
著者: Baker, M.D. / Neiditch, M.B.
履歴
登録2011年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator aspartate phosphatase F
B: Transcriptional regulatory protein ComA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8063
ポリマ－55,7512
非ポリマー551
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.304, 81.437, 78.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Response regulator aspartate phosphatase F


分子量: 45777.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rapF, ywhJ, BSU37460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P71002, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Transcriptional regulatory protein ComA / Competence protein A


分子量: 9974.232 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA Binding Domain, UNP residues 146-214 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: comA, comA1, comAA, BSU31680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14204
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6% [w/v] PEG 8,000, 240 mM calcium acetate, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, and 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 33622 / Observed criterion σ(I): 3.28
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q15

3q15


解像度: 2.3→19.762 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 1686 5.08 %
Rwork0.1888 --
obs0.1906 33197 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.937 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7364 Å2-0 Å20 Å2
2---2.1235 Å2-0 Å2
3---2.8599 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3641 0 1 90 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0335005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4211413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003640
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36760.311280.2542609X-RAY DIFFRACTION100
2.3676-2.44390.29631380.24152619X-RAY DIFFRACTION100
2.4439-2.53110.25841160.23982619X-RAY DIFFRACTION100
2.5311-2.63220.2841380.22012617X-RAY DIFFRACTION100
2.6322-2.75170.25871390.22862602X-RAY DIFFRACTION100
2.7517-2.89640.26611660.23362606X-RAY DIFFRACTION100
2.8964-3.07720.26761210.22242613X-RAY DIFFRACTION100
3.0772-3.31380.30981480.2112643X-RAY DIFFRACTION100
3.3138-3.64540.2171290.20052652X-RAY DIFFRACTION100
3.6454-4.16850.21141610.17082642X-RAY DIFFRACTION100
4.1685-5.23570.16931450.1442697X-RAY DIFFRACTION100
5.2357-19.7630.20381570.17662592X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.822.0031-0.32646.5588-0.88552.83060.1247-0.35940.0880.295-0.23240.344-0.1386-0.0274-0.00050.3347-0.03840.03170.39220.00540.340530.1409-4.80519.1091
22.65580.25051.9241.96131.1081.7852-0.0381-0.2523-0.25040.19470.11450.01060.1582-0.15370.00030.3901-0.08180.00290.45270.07670.374245.1516-2.408517.023
32.4985-0.3221.61321.74041.5192.762-0.19940.15810.1461-0.08190.29270.1125-0.8495-0.14380.00050.5238-0.06490.02360.45230.04910.428352.16679.528922.5069
41.22720.952-0.7581.77890.47741.4712-0.235-0.2290.5339-0.13180.26280.2817-0.9906-0.17040.00020.73630.05980.010.3989-0.02820.483352.896519.346432.2885
51.80190.6769-1.54271.6560.02261.54830.2863-0.26360.2297-0.30110.23440.546-0.47670.1241-0.00030.70220.13270.03050.6566-0.12190.632546.783222.203543.6955
60.91860.029-0.41322.1136-0.73370.99060.0038-0.289-0.2630.1634-0.14811.1381-0.0956-0.89220.00010.56330.15330.08660.7352-0.09550.795538.317418.219352.5816
70.50670.16740.05150.95560.16080.0413-0.16380.0978-0.65090.4009-0.19261.17710.3668-0.6136-0.00040.67250.08860.16180.7699-0.07050.900239.07263.972755.0864
82.77240.30920.19411.999-0.44950.6509-0.2148-0.2192-0.09970.2733-0.05320.5337-0.4696-0.26550.00040.6740.13850.07760.63350.04780.485451.51821.730457.3592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:72)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 94:133)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 137:173)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 178:215)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 218:254)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 258:295)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 298:330)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 333:368)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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