タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日 詳細: The optics consist in a vertical collimating mirror, a double-crystal Si(111) monochromator followed by a toroidal bendable focussing mirror.
放射
モノクロメーター: a double-crystal Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
解像度: 3.01→3.12 Å / 冗長度: 6.67 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 12 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
MAR345dtb
データ収集
PHASER
位相決定
REFMAC
5.5.0109
精密化
AUTOMAR
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Z-type DNA Dinucleotide step built using InsightII 解像度: 3.01→15.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 16.392 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.563 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: THE DNA OLIGONUCLEOTIDE HAS SIX BASE PAIRS (D(CACGCG).D(CGCGTG)) AND FORMS THE Z-TYPE DOUBLE HELICAL STRUCTURE. THE STRUCTURE HAS STATISTICAL DIS-ORDER AND COMPRISES OF A DINUCLEOTIDE STEP IN ...詳細: THE DNA OLIGONUCLEOTIDE HAS SIX BASE PAIRS (D(CACGCG).D(CGCGTG)) AND FORMS THE Z-TYPE DOUBLE HELICAL STRUCTURE. THE STRUCTURE HAS STATISTICAL DIS-ORDER AND COMPRISES OF A DINUCLEOTIDE STEP IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE DINUCLEOTIDE STEP COULD STAND FOR EITHER CPG/CPG OR CPA/TPG. DUE TO DISORDER, THE DINUCLEOTIDE STEP WAS CONSTRUCTED AS TPG/TPG WHERE THE C5 METHYL GROUP OF THYMINE WAS ASSIGNED OCCUPANCY OF 1/6 AND N2 OF GUANINE WAS ASSIGNED OCCUPANCY OF 5/6.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23283
10
6.9 %
RANDOM
Rwork
0.19618
-
-
-
obs
0.19924
135
98.64 %
-
all
-
145
-
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 23.785 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-0.06 Å2
-0.03 Å2
0 Å2
2-
-
-0.06 Å2
0 Å2
3-
-
-
0.09 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 3.01→15.15 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
0
81
0
1
82
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.021
0.021
89
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
3.939
3
134
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.181
0.2
15
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.01
0.02
44
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
2.307
3
89
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
3.726
4.5
134
LS精密化 シェル
解像度: 3.013→3.088 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20