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万見
- PDB-3ulm: X-ray Diffraction Studies of Ring Crystals obtained for d(CACGCG)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ulm
タイトルX-ray Diffraction Studies of Ring Crystals obtained for d(CACGCG).d(CGCGTG): Stage (ii) Hexagonal plates with spots
要素6-mer DNA
キーワードDNA / Z-type DNA double helix
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Mandal, P.K. / Venkadesh, S. / Gautham, N.
引用ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 2012
タイトル: Ring crystals of oligonucleotides: Growth stages and X-ray diffraction studies
著者: Mandal, P.K. / Chandrasekaran, A.R. / Madhanagopal, B.R. / Venkadesh, S. / Gautham, N.
履歴
登録2011年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-mer DNA
B: 6-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4442
ポリマ－2,4442
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)17.489, 17.489, 41.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖 6-mer DNA


分子量: 1221.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized by M/s Microsynth
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE ACTUAL DNA SEQUENCE FOR THE THIS STUDY IS D(CACGCG).(CGCGTG)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1mM DNA, 75mM sodium cacodylate trihydrate buffer (pH 7.0), 0.5mM cobalt hexammine chloride, 0.75mM spermine, equilibrated against 50% methyl pentane diol (MPD) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日
詳細: The optics consist in a vertical collimating mirror, a double-crystal Si(111) monochromator followed by a toroidal bendable focussing mirror.
放射モノクロメーター: a double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 147 / Num. obs: 147 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.0947 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 3.01→3.12 Å / 冗長度: 6.67 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 12 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Z-type DNA Dinucleotide step built using InsightII

解像度: 3.01→15.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 16.392 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.563 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE DNA OLIGONUCLEOTIDE HAS SIX BASE PAIRS (D(CACGCG).D(CGCGTG)) AND FORMS THE Z-TYPE DOUBLE HELICAL STRUCTURE. THE STRUCTURE HAS STATISTICAL DIS-ORDER AND COMPRISES OF A DINUCLEOTIDE STEP IN ...詳細: THE DNA OLIGONUCLEOTIDE HAS SIX BASE PAIRS (D(CACGCG).D(CGCGTG)) AND FORMS THE Z-TYPE DOUBLE HELICAL STRUCTURE. THE STRUCTURE HAS STATISTICAL DIS-ORDER AND COMPRISES OF A DINUCLEOTIDE STEP IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE DINUCLEOTIDE STEP COULD STAND FOR EITHER CPG/CPG OR CPA/TPG. DUE TO DISORDER, THE DINUCLEOTIDE STEP WAS CONSTRUCTED AS TPG/TPG WHERE THE C5 METHYL GROUP OF THYMINE WAS ASSIGNED OCCUPANCY OF 1/6 AND N2 OF GUANINE WAS ASSIGNED OCCUPANCY OF 5/6.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23283 10 6.9 %RANDOM
Rwork0.19618 ---
obs0.19924 135 98.64 %-
all-145 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.785 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→15.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 81 0 1 82
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.02189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.9393134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.307389
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7264.5134
LS精密化 シェル解像度: 3.013→3.088 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.384 8 -
obs-8 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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