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万見
- PDB-3uj3: Crystal Structure of the synaptic tetramer of the G-Segment Inver... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uj3
タイトルCrystal Structure of the synaptic tetramer of the G-Segment Invertase (Gin)
要素DNA-invertase
キーワードRECOMBINATION / helix-turn-helix / site-specific recombinase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tropism switching / 合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA strand exchange activity / ligase activity / DNA integration / host cell cytoplasm / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain ...Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine recombinase gin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Ritacco, C.J. / Wang, J. / Kamtekar, S. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of an intermediate of rotating dimers within the synaptic tetramer of the G-segment invertase.
著者: Ritacco, C.J. / Kamtekar, S. / Wang, J. / Steitz, T.A.
履歴
登録2011年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年12月5日ID: 3PLO
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: DNA-invertase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7561
ポリマ－21,7561
非ポリマー00
水00
1
X: DNA-invertase

X: DNA-invertase

X: DNA-invertase

X: DNA-invertase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0254
ポリマ－87,0254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+5/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+5/31
Buried area5500 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.840, 116.840, 117.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 DNA-invertase


分子量: 21756.277 Da / 分子数: 1 / 変異: S9A, M114V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Mu (ファージ)
遺伝子: gin, 51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03015

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% Ammonium Sulfate, 20% Ethylene Glycol, 10 mM MgSO4, 100 mM MES 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.97918
シンクロトロンALS 8.2.221.0721
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2006年8月6日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2006年5月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
21.07211
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. all: 6206 / Num. obs: 6313 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 8.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: Gin Homology Model of subunit A of 1ZR4

1zr4


解像度: 3.51→46.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 79.291 / SU ML: 0.495 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28918 375 6 %RANDOM
Rwork0.2568 ---
obs0.25894 5824 97.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 146.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.08 Å2-6.54 Å2-0 Å2
2---13.08 Å2-0 Å2
3---19.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→46.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数984 0 0 0 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.019995
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9881.9741334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1075123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38822.12847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.31615194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2211514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.4083995
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded82.5215984
LS精密化 シェル解像度: 3.514→3.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 29 -
Rwork0.395 343 -
obs--97.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.804 Å / Origin y: 32.205 Å / Origin z: 91.436 Å
111213212223313233
T0.8392 Å20.2406 Å2-0.1177 Å2-1.0131 Å2-0.0096 Å2--0.2009 Å2
L3.0016 °2-0.1262 °2-1.0905 °2-5.6281 °23.5474 °2--8.2932 °2
S-0.0476 Å °0.0901 Å °-0.031 Å °0.1125 Å °-0.165 Å °0.4208 Å °0.1304 Å °-0.3548 Å °0.2125 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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