[日本語] English
万見
- PDB-3uim: Structural basis for the impact of phosphorylation on plant recep... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uim
タイトルStructural basis for the impact of phosphorylation on plant receptor-like kinase BAK1 activation
要素BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
キーワードTRANSFERASE / kinase / protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor serine/threonine kinase binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / defense response / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...receptor serine/threonine kinase binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / defense response / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lou, Z.Y. / Yan, L.M. / Ma, Y.Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the impact of phosphorylation on the activation of plant receptor-like kinase BAK1
著者: Yan, L. / Ma, Y.Y. / Liu, D. / Wei, X. / Sun, Y. / Chen, X. / Zhao, H. / Zhou, J. / Wang, Z. / Shui, W. / Lou, Z.Y.
履歴
登録2011年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0212
ポリマ－37,5151
非ポリマー5061
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.110, 74.700, 71.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-60-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1 / plant receptor-like kinase BAK1 / AtBAK1 / BRI1-associated receptor kinase 1 / Protein ELONGATED / ...plant receptor-like kinase BAK1 / AtBAK1 / BRI1-associated receptor kinase 1 / Protein ELONGATED / Somatic embryogenesis receptor kinase 3 / AtSERK3 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 3


分子量: 37515.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q94F62, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, sodium citrate, ammonium sulfate, HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 29156 / Num. obs: 19638 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 49.75 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NRY

2nry


解像度: 2.2→37.35 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7457 / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 957 5.14 %random
Rwork0.2344 17653 --
obs0.2366 18610 98.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 85.126 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 198.67 Å2 / Biso mean: 83.408 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6109 Å20 Å23.228 Å2
2--23.8503 Å20 Å2
3----19.2394 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2366 0 31 111 2508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3843298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6051002
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.3160.37031170.31682452256996
2.316-2.46110.34331210.26652504262599
2.4611-2.6510.30051490.23252520266999
2.651-2.91770.29841520.25752525267799
2.9177-3.33970.29691510.258725482699100
3.3397-4.20680.24431280.218525732701100
4.2068-37.35540.2661390.22122531267097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98990.5131-0.6952.07630.65212.6833-0.0436-0.5465-0.19970.0748-0.0834-0.1247-0.09480.2165-0.0190.30250.0117-0.01130.40280.12030.38256.06579.5362-18.7091
20.011-0.071-0.1461-0.00510.1516-0.0035-0.0014-0.0399-0.05-0.3319-0.02570.0091-0.15920.2455-0.00540.46940.01160.02220.26480.01620.48858.41213.5213-18.8343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 272:573)A272 - 1000
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1:176)A1 - 176

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る