PDB-3ugv: Crystal structure of an enolase from alpha pretobacterium bal199 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ugv

タイトル

Crystal structure of an enolase from alpha pretobacterium bal199 (EFI TARGET EFI-501650) with bound MG

要素

Enolase

キーワード

LYASE / Enolase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

alpha proteobacterium BAL199 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an enolase from alpha pretobacterium bal199 (EFI TARGET EFI-501650) with bound MG
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, ...

履歴

登録	2011年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ugv.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ugv.ent.gz	905.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ugv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ugv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ugv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mdrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cyj-1 3jva-d 3eez-1 3uxl-1 2p8b-1 2p8c-1 3fv9-d 3jzu-d 3bjs-1 2muc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501650

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Enolase

B: Enolase

C: Enolase

D: Enolase

E: Enolase

F: Enolase

G: Enolase

H: Enolase

ヘテロ分子

344 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.711, 152.984, 173.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enolase 分子量: 42937.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) alpha proteobacterium BAL199 (バクテリア) 遺伝子: BAL199_22462 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8TYI5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2); Reservoir (200 mM MgAcetate, 100 mM NaCac pH 6.5, 30% MPD); Cryoprotection (Reservoir), VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2); Reservoir (200 mM MgAcetate, 100 mM NaCac pH 6.5, 30% MPD); Cryoprotection (Reservoir), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.31 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2); Reservoir (200 mM MgAcetate, 100 mM NaCac pH 6.5, 30% MPD); Cryoprotection (Reservoir), VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→173.535 Å / Num. all: 175465 / Num. obs: 175465 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.3-2.42	3.7	0.481	1.6	92528	25126	0.481	96.6
2.42-2.57	3.9	0.355	2.1	92390	23794	0.355	96.7
2.57-2.75	4.2	0.255	3	93576	22488	0.255	97.2
2.75-2.97	4.4	0.164	4.7	92595	21170	0.164	97.9
2.97-3.25	4.5	0.108	7.1	88715	19555	0.108	98.1
3.25-3.64	4.6	0.071	10.4	81502	17756	0.071	98.3
3.64-4.2	4.6	0.049	14	71893	15762	0.049	98.5
4.2-5.14	4.6	0.039	17.2	61063	13415	0.039	98.7
5.14-7.27	4.5	0.036	18.7	47699	10513	0.036	98.9
7.27-152.984	4.2	0.024	25.3	24837	5886	0.024	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MDR

1mdr

解像度: 2.3→114.642 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8616 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2077	8248	4.97 %	RANDOM
R_work	0.1605	-	-	-
all	0.1628	166037	-	-
obs	0.1628	166037	92.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.086 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.43 Å² / B_iso mean: 36.7372 Å² / B_iso min: 5.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7403 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.8742 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.6145 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→114.642 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22354	0	21	866	23241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	23048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	31539
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	3443
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.667	8334

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.319	244	0.2496	4578	4822	81
2.3261-2.3535	0.3238	241	0.25	4632	4873	82
2.3535-2.3822	0.3103	247	0.2426	4697	4944	83
2.3822-2.4124	0.3055	251	0.2238	4803	5054	85
2.4124-2.4441	0.2945	244	0.2258	4795	5039	85
2.4441-2.4776	0.285	248	0.2182	4863	5111	85
2.4776-2.513	0.2604	234	0.2153	5000	5234	88
2.513-2.5505	0.2811	250	0.2086	4918	5168	87
2.5505-2.5904	0.2752	269	0.2	5073	5342	89
2.5904-2.6328	0.2691	240	0.201	5069	5309	89
2.6328-2.6782	0.2614	239	0.1946	5081	5320	90
2.6782-2.7269	0.2727	270	0.1972	5175	5445	91
2.7269-2.7794	0.2564	271	0.186	5227	5498	92
2.7794-2.8361	0.253	282	0.1808	5257	5539	93
2.8361-2.8978	0.2298	244	0.1815	5328	5572	93
2.8978-2.9652	0.2489	300	0.1773	5383	5683	95
2.9652-3.0394	0.211	276	0.174	5405	5681	95
3.0394-3.1216	0.2402	294	0.1744	5430	5724	96
3.1216-3.2134	0.2132	271	0.1707	5497	5768	96
3.2134-3.3172	0.2196	278	0.1637	5488	5766	96
3.3172-3.4357	0.194	300	0.163	5475	5775	97
3.4357-3.5733	0.1929	314	0.1562	5544	5858	98
3.5733-3.7359	0.1907	320	0.1421	5581	5901	98
3.7359-3.9329	0.1583	280	0.1317	5597	5877	98
3.9329-4.1793	0.1571	301	0.1235	5599	5900	98
4.1793-4.502	0.163	286	0.1177	5677	5963	98
4.502-4.9551	0.1532	306	0.1109	5631	5937	98
4.9551-5.6721	0.1766	311	0.1307	5696	6007	98
5.6721-7.1461	0.1877	328	0.1369	5709	6037	98
7.1461-114.7848	0.1648	309	0.1514	5581	5890	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0179	0.007	0.0012	0.0051	-0.0009	0.0046	0.0088	-0.0257	0.016	0.0023	-0.0024	0.0325	-0.0157	-0.0425	-0.0023	0.0782	0.0829	-0.0002	0.2072	-0.0198	0.2251	90.1683	106.3253	116.8793
2	0.0194	0.0132	-0.0143	0.0163	-0.0058	0.0163	0.0171	0.0733	0.0101	-0.045	0.0252	0.0519	0.0212	-0.082	0.0607	0.0418	-0.0208	-0.0809	0.1418	0.0607	0.0461	98.4862	91.3875	100.548
3	0.0001	-0	0.0007	0.0104	-0.0142	0.0208	-0.0135	-0.0008	0.0221	-0.0108	0.0003	0.0216	-0.0157	-0.0184	-0.0122	0.0688	0.0714	-0.0318	0.1136	0.034	0.1303	94.5798	109.8356	101.4492
4	0.0507	0.0365	-0.0017	0.0385	-0.0069	0.0017	-0.0006	0.0076	0.0123	0.024	-0.0031	0.0578	0.0429	-0.0412	-0.0088	0.2529	-0.2386	0.0287	0.2885	0.0149	0.2831	78.2791	50.8878	121.2141
5	0.0208	0.0084	0.0026	0.0275	-0.0063	0.0057	-0.0011	0.0337	-0.0519	-0.056	0.032	0.0362	0.0445	-0.0347	0.0261	0.1782	-0.1672	-0.053	0.216	-0.0445	0.1455	91.5284	58.4443	103.1355
6	0.007	0.0019	0.0062	0.0006	0.0016	0.0054	-0.0042	0.0097	0.0079	-0.0018	-0.0023	0.0137	0.0058	-0.0066	-0.0026	0.1761	-0.1654	-0.0311	0.2586	-0.0063	0.223	72.0038	55.2141	109.1644
7	0.0133	0.0079	0.0024	0.0934	-0.0193	0.0111	-0.0122	-0.0093	-0.0083	-0.0019	0.0031	0.0267	0.0113	0.0117	-0.0013	0.559	0.1418	0.0909	0.3789	0.0459	0.4633	137.574	35.714	102.4518
8	0.0882	-0.0053	-0.0345	0.0103	-0.0071	0.0467	-0.0758	0.0455	-0.1737	-0.0511	-0.0055	0.0267	0.1859	0.0486	-0.0557	0.3774	0.0246	0.0415	0.0665	-0.0616	0.1904	125.5296	44.0166	102.4465
9	0.0119	0.0185	0.0009	0.0496	-0.0155	0.0307	0.0006	-0.0156	-0.0136	0.013	-0.0192	-0.069	-0.0115	0.0228	0.0151	0.2178	-0.0639	-0.056	0.2359	0.0341	0.2791	145.9842	97.2665	97.412
10	0.0373	-0.0272	-0.0329	0.1847	-0.0192	0.0953	-0.0327	0.0624	0.039	-0.0661	0.0041	-0.1112	-0.0551	0.0557	0.0082	0.0622	-0.0151	0.0047	0.1104	0.0048	0.0687	137.3735	85.3918	97.7827
11	0.0012	0.0032	-0.0017	0.0071	-0.0047	0.0034	-0.024	0.0101	-0.0472	-0.0211	0.0053	-0.0066	0.0579	-0.016	0.001	0.4664	-0.1562	0.0537	0.1778	0.0161	0.3816	98.6289	33.514	126.0874
12	0.0389	0.0015	0.0302	0.1118	-0.0297	0.0371	-0.0006	-0.0816	-0.0646	0.0187	-0.0279	-0.0212	0.0504	0.0041	-0.0215	0.2267	0.0019	0.0461	0.1337	0.0972	0.1222	109.5771	51.9661	141.3185
13	0.0007	-0.0032	-0.0024	0.0186	0.0146	0.0124	-0.005	-0.0257	-0.0505	0.0114	-0.0084	0.0016	0.0429	-0.0106	-0.0126	0.3036	-0.0352	0.0304	0.0855	0.0815	0.2236	110.7363	37.6908	133.5808
14	0.0319	-0.029	-0.0257	0.042	0.0023	0.0663	-0.037	0.028	0.0007	-0.0245	0.0301	0.0808	-0.02	-0.1472	0.0025	0.1544	0.0192	-0.0351	0.336	0.0578	0.2979	76.5849	88.3021	127.8196
15	0.0594	-0.0033	-0.0647	0.0827	-0.0198	0.1496	-0.0223	-0.0042	0.0075	0.0782	0.0679	0.0953	-0.024	-0.0886	0.015	0.0715	-0.018	0.0364	0.1667	0.0428	0.0871	91.5005	80.6114	140.2482
16	0.0218	0.01	-0.0084	0.008	-0.0011	0.0051	0.0096	0.0127	0.0332	-0.0036	0.0097	0.0088	-0.0021	0.0046	-0.0029	0.1934	-0.0478	-0.0176	0.2018	0.0115	0.228	134.9765	111.7115	123.0168
17	0.1792	0.0367	-0.0182	0.0904	-0.0081	0.089	0.0472	-0.0083	0.0893	0.0576	0.0218	-0.0323	-0.027	0.1058	0.0049	0.0881	-0.0121	-0.0157	0.1008	-0.0346	0.0846	125.6096	101.3832	127.4432
18	0.0017	-0.0027	-0.0009	0.003	0.0014	0.0007	0.0144	0.0116	-0.0063	-0.006	0.0035	-0.011	0.0084	0.0115	-0.0024	0.2162	0.148	0.0288	0.2331	0.0245	0.2543	155.0483	52.7165	122.0352
19	0.048	-0.0266	0.0082	0.034	-0.0093	0.0361	-0.0217	-0.048	-0.0428	0.0363	0.0188	-0.0729	0.0781	0.0725	0.0048	0.0618	0.1472	-0.0472	0.105	0.0236	0.0899	145.2301	62.8204	125.4105

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 4:119)	A	4 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 120:316)	A	120 - 316
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 317:366)	A	317 - 366
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 4:139)	B	4 - 139
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 140:316)	B	140 - 316
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 317:366)	B	317 - 366
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 4:42)	C	4 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 43:366)	C	43 - 366
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resseq 4:42)	D	4 - 42
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resseq 43:366)	D	43 - 366
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resseq 4:119)	E	4 - 119
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resseq 120:267)	E	120 - 267
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resseq 268:366)	E	268 - 366
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resseq 4:119)	F	4 - 119
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resseq 120:367)	F	120 - 367
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'G' and (resseq 4:42)	G	4 - 42
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'G' and (resseq 43:366)	G	43 - 366
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resseq 4:42)	H	4 - 42
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resseq 43:366)	H	43 - 366

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)