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- PDB-3ugp: Crystal structure of RNA-polymerase sigma subunit domain 2 comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ugp
タイトルCrystal structure of RNA-polymerase sigma subunit domain 2 complexed with -10 promoter element ssDNA oligo (TATAAT)
要素
  • 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / bacterial promoter opening / G-quartet / G-quadruplex / DNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.697 Å
データ登録者Feklistov, A. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural basis for promoter-10 element recognition by the bacterial RNA polymerase sigma subunit.
著者: Feklistov, A. / Darst, S.A.
履歴
登録2011年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor
B: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0908
ポリマ－34,8953
非ポリマー1955
水70339
1
A: RNA polymerase sigma factor
B: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5845
ポリマ－31,4672
非ポリマー1173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
2
C: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,02612
ポリマ－13,7134
非ポリマー3138
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area3240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.001, 86.001, 105.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-12-

K

21B-13-

K

31B-14-

K

41C-12-

K

51C-13-

K

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 28038.398 Da / 分子数: 1 / 断片: domain 2 (UNP residues 92-332) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EZJ8
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3428.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% PEG8000, 20% PEG300, 10% glycerol, 0.15% mellitic acid, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.697→30 Å / Num. obs: 11450 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 31.63
反射 シェル解像度: 2.697→2.8 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 6.77 / Rsym value: 0.52 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)モデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.5_2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KU2

1ku2


解像度: 2.697→29.22 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 546 4.78 %
Rwork0.196 --
obs0.198 11419 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.45 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.7219 Å2-0 Å20 Å2
2---9.7219 Å2-0 Å2
3---19.4438 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.697→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1449 318 5 39 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4252571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.707743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004276
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.697-2.96790.29951380.22612639X-RAY DIFFRACTION99
2.9679-3.39680.25321280.20832654X-RAY DIFFRACTION99
3.3968-4.27750.2111400.16932712X-RAY DIFFRACTION100
4.2775-29.22610.21991400.18912868X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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