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- PDB-3ugg: Crystal structure of a 6-SST/6-SFT from Pachysandra terminalis in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ugg
タイトルCrystal structure of a 6-SST/6-SFT from Pachysandra terminalis in complex with 1-kestose
要素Sucrose:(Sucrose/fructan) 6-fructosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / fructosyltransferase / glycoside hydrolase family 32
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / vacuole / transferase activity / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-fructofuranosidase, N-terminal domain / Beta-fructofuranosidase, N-terminal domain / : / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Exo-inulinase; domain 1 / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 ...Beta-fructofuranosidase, N-terminal domain / Beta-fructofuranosidase, N-terminal domain / : / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Exo-inulinase; domain 1 / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-kestose / beta-fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pachysandra terminalis (キチジソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lammens, W. / Rabijns, A. / Van Laere, A. / Strelkov, S.V. / Van den Ende, W.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of 6-SST/6-SFT from Pachysandra terminalis, a plant fructan biosynthesizing enzyme in complex with its acceptor substrate 6-kestose.
著者: Lammens, W. / Le Roy, K. / Yuan, S. / Vergauwen, R. / Rabijns, A. / Van Laere, A. / Strelkov, S.V. / Van den Ende, W.
履歴
登録2011年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_source / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sucrose:(Sucrose/fructan) 6-fructosyltransferase
B: Sucrose:(Sucrose/fructan) 6-fructosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,85816
ポリマ－122,4312
非ポリマー6,42714
水57632
1
A: Sucrose:(Sucrose/fructan) 6-fructosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3288
ポリマ－61,2161
非ポリマー3,1127
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sucrose:(Sucrose/fructan) 6-fructosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5318
ポリマ－61,2161
非ポリマー3,3157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.420, 123.800, 146.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 9999
2114B1 - 9999

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sucrose:(Sucrose/fructan) 6-fructosyltransferase


分子量: 61215.652 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 110-655 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pachysandra terminalis (キチジソウ) / 参照: UniProt: E3PQS3

-
糖 , 5種, 10分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / 1-kestose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: 1-kestose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][ha122h-2b_2-5]/1-2-2/a1-b2_b1-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 36分子

#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE DISCREPANCIES ARISE FROM AN INCORRECT DEPOSITED SEQUENCE OF THE UNP ENTRY E3PQS3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M citrate, 0.7M ammonium sulfate, 1M Li-sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月23日
放射モノクロメーター: Fixed exit double crystal Si [111], horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→32.287 Å / Num. all: 36335 / Num. obs: 36295 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.41 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.9-3.0670.4461.63673452430.446100
3.06-3.247.10.3342.23497249320.334100
3.24-3.477.10.22433335246680.224100
3.47-3.747.30.1654.33162943550.165100
3.74-4.17.30.1285.42948540280.128100
4.1-4.597.30.0937.72688136690.093100
4.59-5.297.30.0818.72361532350.081100
5.29-6.487.20.1046.92005927760.104100
6.48-9.177.10.0759.71550221950.075100
9.17-32.626.20.0639.3765912340.06396.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.11 Å28.19 Å
Translation3.11 Å28.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→28.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / WRfactor Rfree: 0.2126 / WRfactor Rwork: 0.1738 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.866 / SU B: 26.827 / SU ML: 0.242 / SU R Cruickshank DPI: 0.2915 / SU Rfree: 0.3483 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 1810 5 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
all0.1975 36264 --
obs0.1975 36264 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.67 Å2 / Biso mean: 17.6789 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8328 0 426 32 8786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0229029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1361.99812350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86951042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.94924.084382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.929151352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.751536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2431.55214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.48228426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.78933815
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4754.53924
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4198 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.230.5
MEDIUM THERMAL0.182
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 126 -
Rwork0.273 2480 -
all-2606 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23770.3213-0.00471.10960.30020.8270.0256-0.0247-0.00150.0447-0.05130.05410.0272-0.08780.02560.00660.004-0.00040.0442-0.00330.014239.906-10.111-4.324
21.34210.1276-0.16640.35570.06570.5781-0.0099-0.0253-0.0352-0.02940.009-0.0029-0.02220.02980.00090.035-0.0051-0.00020.00310.00330.010749.961-21.913-47.196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 545
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 545

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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