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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ug4 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of alpha-L-arabinofuranosidase from Thermotoga maritima arabinose complex | |||||||||
要素 | Alpha-L-arabinofuranosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Tim Barrel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Im, D.-H. / Miyazaki, K. / Wakagi, T. / Fushinobu, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2012 タイトル: Crystal Structures of Glycoside Hydrolase Family 51 alpha-L-Arabinofuranosidase from Thermotoga maritima 著者: Im, D.-H. / Kimura, K.I. / Hayasaka, F. / Tanaka, T. / Noguchi, M. / Kobayashi, A. / Shoda, S. / Miyazaki, K. / Wakagi, T. / Fushinobu, S. #1: ジャーナル: EXTREMOPHILES / 年: 2005 タイトル: Hyperthermophilic alpha-L: -arabinofuranosidase from Thermotoga maritima MSB8: molecular cloning, gene expression, and characterization of the recombinant protein 著者: Miyazaki, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ug4.cif.gz | 613.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ug4.ent.gz | 506.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ug4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ug4_validation.pdf.gz | 533.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ug4_full_validation.pdf.gz | 577.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ug4_validation.xml.gz | 122 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ug4_validation.cif.gz | 174.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ug4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ug4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57405.832 Da / 分子数: 6 / 変異: R4G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM_0281 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus (DE3) 参照: UniProt: Q9WYB7, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase #2: 化合物 | ChemComp-TRS / #3: 糖 | ChemComp-AHR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1M sodium citrate, 0.1M Tris-HCl, 0.2M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 266183 / Num. obs: 266042 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 26536 / Rsym value: 0.631 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PZ3 解像度: 2.15→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.07 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.823 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.99 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3868 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.148→2.203 Å / Total num. of bins used: 20
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