PDB-3uep: Crystal structure of YscQ-C from Yersinia pseudotuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uep

タイトル

Crystal structure of YscQ-C from Yersinia pseudotuberculosis

要素

YscQ-C, type III secretion protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / type III secretion protein / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Bzymek, K.P. / Ghosh, P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Two Translation Products of Yersinia yscQ Assemble To Form a Complex Essential to Type III Secretion.
著者: Bzymek, K.P. / Hamaoka, B.Y. / Ghosh, P.

履歴

登録	2011年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uep.cif.gz	82.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uep.ent.gz	64.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uep_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uep_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	3uep_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	3uep_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3uep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3uep	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1u0j-d 4kdi-2 5oqd-4 3dzf-3 1urw-d 4joi-2 3l19-4 5bmt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YscQ-C, type III secretion protein

B: YscQ-C, type III secretion protein

21.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.130, 114.130, 88.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	YscQ-C, type III secretion protein 分子量: 10702.135 Da / 分子数: 2 断片: C-terminal fragment from internal translation initiation site (UNP residues 220-307) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) 株: 126 / 遺伝子: pYV virulence plasmid, pYV0070, yscQ / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40296
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

YscQ-C, type III secretion protein

分子量: 10702.135 Da / 分子数: 2
断片: C-terminal fragment from internal translation initiation site (UNP residues 220-307)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
株: 126 / 遺伝子: pYV virulence plasmid, pYV0070, yscQ / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40296

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 100 mM Tris, 1.5 M ammonium sulfate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→34.42 Å / Num. all: 10671 / Num. obs: 10594 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.13 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 32.1
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 10.45 / Num. unique all: 730 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Se-Met YscQ-C (I248M)

解像度: 2.25→34.421 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2332	530	5 %	RANDOM
R_work	0.2018	-	-	-
obs	0.2035	10592	99.28 %	-
all	-	10592	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.276 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.9384 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.9384 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.8768 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.421 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1320	0	0	50	1370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1395
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.244	1906
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.614	540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	237
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	245

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2504-2.4768	0.3237	129	0.2662	2458	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4768-2.8351	0.2699	132	0.2545	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8351-3.5713	0.2527	133	0.2023	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5713-34.4246	0.1957	136	0.1756	2571	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5144	-0.7755	0.3916	6.2134	0.5727	1.14	-0.0428	0.4079	0.0133	-0.8236	-0.1983	-0.4155	0.0533	0.2021	0.2842	0.2798	-0.0066	0.0552	0.1677	0.0037	0.2029	-24.424	2.8481	-31.7818
2	3.846	-3.5164	-5.1043	3.3126	4.6384	6.7804	-0.9395	0.001	0.56	0.7742	1.411	0.4525	-0.318	-0.706	-0.4418	0.4516	0.0989	0.0282	0.5676	0.1386	0.3951	-14.3895	-22.8324	-23.9903
3	8.1845	0.2264	4.3117	2.6526	-1.2295	3.1737	0.3372	0.6919	0.1543	0.2897	-0.2745	-0.1229	0.2648	0.4517	-0.0609	0.2462	0.0151	0.0047	0.1414	-0.0699	0.1265	-14.2847	-29.2695	-31.7132
4	6.3115	4.6317	0.0781	5.3536	0.1063	8.0246	0.6275	-0.4568	1.3068	0.3166	-0.0121	1.3941	-1.2308	-0.8773	-0.5772	0.708	0.341	0.3724	0.905	0.4055	0.8671	-28.3988	-22.6391	-21.2309
5	2.7634	-0.2854	-0.1892	4.9725	1.6878	1.2598	0.0094	0.1762	-0.1433	-0.3045	0.1073	-0.8601	-0.1904	0.0545	-0.018	0.4512	0.2901	0.1224	-0.1429	-0.15	0.2423	-21.8617	-10.1759	-23.888
6	9.767	4.7551	-0.2504	3.9446	0.882	2.0985	-0.0154	-0.0185	-0.5114	0.364	-0.0563	-0.1304	-0.0095	-0.6485	0.1444	0.3626	0.0676	0.0096	0.3836	-0.0135	0.2731	-28.7871	-11.6773	-22.9854
7	8.5884	2.1729	3.4999	8.9368	4.9985	3.8395	-0.205	0.2268	-0.2864	0.2695	-0.3502	0.7685	-0.1888	-0.7266	0.5774	0.2519	-0.013	0.0898	0.36	0.0096	0.2413	-32.7704	-10.551	-23.1023
8	3.2105	0.8012	0.367	5.132	-4.5673	4.5061	-0.2323	0.1217	-0.4942	0.5801	-0.0589	-1.2518	-0.4443	0.0039	-0.1543	0.3975	-0.099	0.0482	0.2146	-0.0502	0.3001	-17.581	7.5585	-29.2128
9	2.3874	0.3593	-0.6738	7.0247	-0.7757	6.9411	-0.2524	-0.8635	0.0872	0.8499	-0.082	-0.3419	0.0098	0.6376	0.3062	0.2574	0.0001	-0.0913	0.318	-0.073	0.1699	-1.9222	-26.2945	-23.4033
10	4.7701	-1.6658	-2.103	5.7421	0.2134	4.7203	0.1205	0.2583	-0.1083	-0.0121	-0.0741	0.5214	-0.1267	-0.0994	-0.0255	0.2073	0.0589	-0.0099	0.1627	0.0311	0.2112	-29.1825	-6.881	-29.0515
11	7.6251	-1.5397	-1.6406	8.0461	-1.5711	5.3484	0.12	-0.0657	0.2752	0.3379	0.059	0.7709	0.0643	-0.2254	-0.1755	0.2791	0.0814	0.0948	0.0906	-0.0188	0.1573	-21.9205	-22.9238	-33.4898
12	7.5653	1.8103	5.1388	1.426	1.758	5.9884	-0.2884	0.2633	1.1551	-0.6787	-0.4224	0.2719	-0.4956	0.0353	0.4813	0.1512	-0.0201	-0.1463	0.1543	0.0538	0.4163	-0.5837	-18.8594	-29.0892

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 229:244)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 245:250)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 251:265)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 266:271)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 272:279)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 280:290)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 291:301)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 302:313)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 229:239)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 240:271)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 272:301)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 302:313)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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