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万見
- PDB-3ueb: Crystal structure of TON_0450 from Thermococcus onnurineus NA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ueb
タイトルCrystal structure of TON_0450 from Thermococcus onnurineus NA1
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha and beta protein (a+b)
機能・相同性MTH677-like / Protein of unknown function DUF3194 / MTH677-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3194) / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Kang, H.A. / Ku, B. / Doung, M. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an Euryarchaeota-specific protein, TON_0450 from Thermococcus onnurineus NA1
著者: Kang, H.A. / Ku, B. / Doung, M. / Oh, B.H.
履歴
登録2011年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9596
ポリマ－76,9596
非ポリマー00
水3,369187
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6532
ポリマ－25,6532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6532
ポリマ－25,6532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
3
E: Putative uncharacterized protein
F: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6532
ポリマ－25,6532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.059, 108.059, 127.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein


分子量: 12826.491 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 株: NA1 / 遺伝子: TON_0450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YTZ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1M Bis-Tris (PH5.3), 22% PEG 3350, 0.22M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→49.75 Å / Num. all: 99450 / Num. obs: 73191 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.98→49.75 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 --
Rwork0.2065 --
obs-52717 99.9 %
溶媒の処理Bsol: 35.0738 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 30.7135 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.883 Å20 Å20 Å2
2--0.883 Å20 Å2
3----1.767 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4979 0 0 187 5166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.194
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2952
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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