PDB-3u9e: The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u9e

タイトル

The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl transferase (from Listeria monocytogenes EGD-e) in complex with CoA.

要素

possible phosphate acetyl/butaryl transferase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / THE CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl transferase (from Listeria monocytogenes EGD-e) in complex with CoA.
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3u9e.ent.gz	191.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3u9e_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u9e_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3u9e_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	3u9e_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u9e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tngS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jgt-d 6jga-d 6jgg-d 6jg1-d 6p5w-d 6f57-2 6jfx-d 4om8-1 3tng-1 6jg7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP05684

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: possible phosphate acetyl/butaryl transferase

B: possible phosphate acetyl/butaryl transferase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.739, 76.727, 80.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Experimentally unknown. It is predicted that the chains A and B form a dimer.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	possible phosphate acetyl/butaryl transferase / Lmo1369 protein 分子量: 31270.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: lmo1369 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) MAGIC / 参照: UniProt: Q8Y7B7

-
非ポリマー , 5種, 178分子

#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% W/V PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→39 Å / Num. obs: 61592 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1607 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TNG

3tng

解像度: 2.04→38.842 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2423	3137	5.09 %	random
R_work	0.1879	-	-	-
all	0.1908	61592	-	-
obs	0.1908	61592	95.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.518 Å² / k_sol: 0.318 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0419 Å²	0 Å²	-5.7382 Å²
2-	-	7.0133 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.0552 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→38.842 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4297	0	221	158	4676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4583
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	6221
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.569	1678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	757
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0398-2.0716	0.3158	141	0.2783	2279	X-RAY DIFFRACTION	81
2.0716-2.1056	0.3257	137	0.2568	2539	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1056-2.1419	0.2633	137	0.2388	2623	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1419-2.1809	0.2676	145	0.2514	2673	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1809-2.2228	0.3157	131	0.2324	2647	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2228-2.2682	0.2947	150	0.2408	2741	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2682-2.3175	0.2917	134	0.2325	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3175-2.3714	0.2901	145	0.2289	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3714-2.4307	0.306	160	0.2186	2727	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4307-2.4964	0.2726	153	0.2117	2682	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4964-2.5698	0.2413	154	0.1895	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5698-2.6528	0.22	132	0.1925	2693	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6528-2.7475	0.2775	142	0.1804	2746	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7475-2.8575	0.2929	145	0.1878	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8575-2.9875	0.2117	136	0.1831	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9875-3.145	0.2565	131	0.1763	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
3.145-3.3419	0.2499	149	0.1817	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3419-3.5998	0.2684	155	0.1617	2639	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5998-3.9617	0.1991	155	0.1522	2628	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9617-4.5342	0.1826	130	0.145	2553	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5342-5.7097	0.1814	146	0.1616	2576	X-RAY DIFFRACTION	93
5.7097-38.8495	0.2554	129	0.2069	2563	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1612	-2.1239	2.9264	2.099	-2.9639	4.5459	-0.0236	0.0888	0.3115	-0.1522	-0.7269	-0.559	-0.6787	2.3697	0.5792	0.4795	-0.0972	-0.0211	0.5734	0.0799	0.3565	11.2571	7.2313	26.4964
2	4.9383	1.2952	-0.4882	4.6853	-2.0529	3.9152	-0.0385	0.1436	-0.4682	-0.5829	-0.1883	-0.3099	0.4591	0.4609	0.2549	0.3534	0.0951	0.0293	0.3364	-0.0294	0.2146	11.2101	-10.0495	38.3393
3	1.9267	-0.7389	1.7789	2.311	-1.2184	3.8449	0.0398	-0.2069	-0.1077	0.1661	0.0599	0.2178	0.1188	-0.2539	-0.1357	0.2937	-0.0186	0.0353	0.2919	-0.0053	0.1862	-2.7435	-7.6059	42.4366
4	1.0987	-0.2283	0.8615	1.747	-0.872	3.2114	-0.0693	-0.0305	-0.0306	0.1648	0.0759	0.114	-0.1944	-0.0338	0.0065	0.1969	0.0105	0.0141	0.2122	-0.0389	0.2223	-6.8325	4.6351	23.1956
5	4.7094	0.7641	2.4421	3.981	1.7612	5.7041	-0.2456	0.0154	-0.0345	-0.1314	-0.0795	0.6386	-0.307	-0.3055	0.328	0.2071	0.0453	0.0025	0.239	0.0538	0.2797	-16.9515	9.002	15.6222
6	1.3763	-0.0266	1.1842	0.8378	-0.1372	4.7274	0.0516	-0.01	0.0768	0.0589	-0.0615	-0.0187	-0.2229	0.1839	-0.0241	0.202	-0.0128	0.0093	0.1802	-0.0182	0.2147	-3.2544	3.2868	19.4087
7	1.3964	-0.8072	2.5891	0.7566	-1.3465	4.5938	-0.0882	0.5957	0.1482	0.1017	-0.085	-0.3639	-0.1457	1.1962	0.2151	0.2795	0.0153	-0.0198	0.4479	-0.019	0.3324	-2.1498	-6.3047	-12.4953
8	2.7448	-0.8723	0.5051	2.3418	-0.7939	4.3594	-0.0381	0.3214	0.158	-0.1285	-0.004	-0.1881	-0.4228	0.3093	0.1228	0.2973	-0.0262	-0.0344	0.2123	-0.0039	0.1822	-13.6878	3.7169	-21.2821
9	1.1845	-0.9935	0.8447	1.6134	-0.7653	3.618	0.0877	0.1036	-0.1211	-0.0975	0.0238	0.1635	0.1199	-0.1508	-0.1076	0.1598	-0.0223	0.0163	0.1456	-0.0193	0.1747	-16.4876	-7.5761	-7.0716
10	1.1793	0.1261	0.2491	2.0655	-0.0922	4.3881	-0.0164	0.0048	-0.1729	0.1585	0.0424	0.1519	0.5255	-0.1622	-0.0311	0.2164	-0.0344	-0.0123	0.1293	0.0049	0.2414	-14.8523	-16.9427	7.9612
11	2.3279	0.0382	-1.2314	4.4229	-0.5162	3.7432	0.0389	-0.0949	-0.1545	0.2229	0.1292	-0.3912	0.9017	0.3723	-0.0984	0.4169	0.1163	-0.0418	0.2087	0.0319	0.2939	-3.509	-20.2075	12.8638
12	1.6951	0.2708	0.3671	1.2674	0.746	3.6416	-0.0685	0.0651	-0.0273	0.0164	0.1356	-0.0025	0.297	0.304	0.0043	0.1756	0.0511	0.0021	0.1847	-0.0011	0.224	-7.821	-7.505	3.0923
13	0.386	-0.3453	0.0282	2.6096	3.1553	4.7897	0.1713	0.2703	-0.1962	-0.0484	-0.0992	-0.154	0.4088	0.584	-0.0783	0.2	0.0777	-0.0015	0.3779	0.0258	0.2139	-6.0333	-6.9218	-11.8723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:16)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 17:55)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 56:114)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 115:159)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 160:192)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 193:287)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 1:25)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 26:80)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 81:132)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 133:192)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 193:215)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 216:271)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 272:288)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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