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- PDB-3u97: 1.1 Angstrom-resolution crystal structure of the Brucella abortus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u97
タイトル1.1 Angstrom-resolution crystal structure of the Brucella abortus ribonuclease toxin, BrnT
要素Ribonuclease toxin BrnT
キーワードHYDROLASE / RNAse Sa/RelE small ribonuclease fold / ribonuclease / BrnA
機能・相同性Ribonuclease toxin, BrnT, of type II toxin-antitoxin system / Ribonuclease toxin, BrnT, of type II toxin-antitoxin system / Ribonuclease toxin BrnT superfamily / Ribonuclease toxin, BrnT, of type II toxin-antitoxin system / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / BrnT family toxin
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.102 Å
データ登録者Heaton, B. / Herrou, J. / Crosson, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Molecular Structure and Function of the Novel BrnT/BrnA Toxin-Antitoxin System of Brucella abortus.
著者: Heaton, B.E. / Herrou, J. / Blackwell, A.E. / Wysocki, V.H. / Crosson, S.
履歴
登録2011年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease toxin BrnT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1551
ポリマ－13,1551
非ポリマー00
水1,54986
1
A: Ribonuclease toxin BrnT

A: Ribonuclease toxin BrnT

A: Ribonuclease toxin BrnT

A: Ribonuclease toxin BrnT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6194
ポリマ－52,6194
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.420, 74.420, 29.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-126-

HOH

21A-134-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease toxin BrnT


分子量: 13154.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 9-941 / 遺伝子: BruAb1_0981 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Rosetta(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: Q57DF0, EC: 3.1.27.1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.06 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris buffer, 8% PEG 6000, 150 mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→22.121 Å / Num. all: 33026 / Num. obs: 31054 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.1→1.1291 Å / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.102→22 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 12.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1577 1906 6.14 %random
Rwork0.1396 ---
all0.1407 33026 --
obs0.1407 31054 94.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.932 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8669 Å2-0 Å20 Å2
2---0.8669 Å2-0 Å2
3---1.7339 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.102→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数606 0 0 86 692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.674943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.105273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.121108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.102-1.12910.30491060.31721595X-RAY DIFFRACTION72
1.1291-1.15960.29811170.23641865X-RAY DIFFRACTION85
1.1596-1.19370.20451260.18881965X-RAY DIFFRACTION89
1.1937-1.23230.18221360.14912050X-RAY DIFFRACTION93
1.2323-1.27630.15381350.13332029X-RAY DIFFRACTION94
1.2763-1.32740.1511380.11072090X-RAY DIFFRACTION95
1.3274-1.38780.12441330.10682086X-RAY DIFFRACTION95
1.3878-1.46090.13221380.10622171X-RAY DIFFRACTION97
1.4609-1.55250.13821450.09962160X-RAY DIFFRACTION98
1.5525-1.67230.121390.10392173X-RAY DIFFRACTION99
1.6723-1.84050.12211460.10852204X-RAY DIFFRACTION99
1.8405-2.10660.13451480.11872242X-RAY DIFFRACTION100
2.1066-2.65340.15431440.1282232X-RAY DIFFRACTION100
2.6534-22.12530.17611550.16882286X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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