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- PDB-3u86: Crystal structure of human menin in complex with JunD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u86
タイトルCrystal structure of human menin in complex with JunD
要素
  • Menin
  • Transcription factor jun-D
キーワードTRANSCRIPTION / menin / MEN1 / MLL / JunD / LEDGF / TPR / epigenetics / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor AP-1 complex / Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / NGF-stimulated transcription / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / response to steroid hormone / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex ...transcription factor AP-1 complex / Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / NGF-stimulated transcription / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / response to steroid hormone / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell cycle / negative regulation of osteoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / positive regulation of osteoblast differentiation / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to calcium ion / transcription coregulator binding / response to gamma radiation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phosphoprotein binding / Post-translational protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / sequence-specific double-stranded DNA binding / MAPK cascade / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / gene expression / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Menin / Menin / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. ...Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Menin / Menin / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Menin / Transcription factor JunD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.843 Å
データ登録者Huang, J. / Wan, B. / Lei, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: The same pocket in menin binds both MLL and JUND but has opposite effects on transcription.
著者: Huang, J. / Gurung, B. / Wan, B. / Matkar, S. / Veniaminova, N.A. / Wan, K. / Merchant, J.L. / Hua, X. / Lei, M.
履歴
登録2011年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entry_details ...entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Menin
B: Transcription factor jun-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5882
ポリマ－62,5882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.647, 140.647, 93.106
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Menin


分子量: 61061.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00255
#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor jun-D


分子量: 1526.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JUND / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17535*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.3 M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98019 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98019 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.843→100 Å / Num. obs: 21430 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.215 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.85-2.959.50.44616470.771175.1
2.95-3.07100.3618710.867184.1
3.07-3.2110.20.26820670.936193.4
3.21-3.3811.30.2121821.051198.4
3.38-3.5912.20.16422151.16199.7
3.59-3.8712.60.12422331.3371100
3.87-4.2612.60.09722451.3521100
4.26-4.8712.50.08422661.5151100
4.87-6.1412.30.07522921.3621100
6.14-100110.06324121.387198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.843→33.984 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7372 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 2148 10.06 %
Rwork0.2168 --
obs0.2195 21352 94.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.962 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 176.87 Å2 / Biso mean: 95.4543 Å2 / Biso min: 62.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--37.5594 Å2-0 Å20 Å2
2---37.5594 Å2-0 Å2
3---75.1188 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.843→33.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3902 0 0 0 3902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0325424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7221462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.843-2.90960.2942980.29721002110074
2.9096-2.98230.32331200.27891006112677
2.9823-3.06290.34581320.30811141127387
3.0629-3.15290.36441460.29131211135792
3.1529-3.25460.30211540.26421253140796
3.2546-3.37080.31271650.25091308147399
3.3708-3.50570.32261420.23071311145399
3.5057-3.6650.26321420.215213431485100
3.665-3.8580.20211540.204413421496100
3.858-4.09940.23051430.197213411484100
4.0994-4.41520.23991440.188913591503100
4.4152-4.85840.20441470.183113641511100
4.8584-5.55880.21091610.203413541515100
5.5588-6.99350.23021540.22613911545100
6.9935-33.98680.21321460.20081478162499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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