PDB-3u7v: The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u7v

タイトル

The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter crescentus CB15.

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / TIM barrel / Glyco_hydro_42 / Carbohydrate transport and metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Caulobacter crescentus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter crescentus CB15.
著者: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u7v.cif.gz	217.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u7v.ent.gz	171.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u7v_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u7v_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	3u7v_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	3u7v_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7ly3-d 4dy7-d 1v4j-2 1vg6-3 1v4i-2 6umx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc100071

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

61.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
245 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.306, 148.306, 53.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

詳細

likely the tetramer formed in the crystal x,y,z , y,-x,z , -y,x,z , -x,-y,z

#1: タンパク質	Beta-galactosidase 分子量: 61114.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア) 株: NA1000 / 遺伝子: CCNA_00830, LacA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic 参照: UniProt: B8H1H2, UniProt: A0A0H3C5N2*PLUS, beta-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.17 Amonium sulfate, 0.085 sodium citrate: HCl pH 5.6, 25.5% PEG 4K, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月11日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97912 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.8 % / Av σ(I) over netI: 21.84 / 数: 422096 / R_merge(I) obs: 0.116 / Χ²: 1.21 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 54354 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.88	50	99.5	1	0.09	2.503	7.2
3.88	4.88	100	1	0.084	2.074	7.3
3.39	3.88	100	1	0.092	2.222	7.5
3.08	3.39	99.9	1	0.102	2.178	7.7
2.86	3.08	100	1	0.109	1.841	7.8
2.69	2.86	100	1	0.114	1.6	7.8
2.55	2.69	100	1	0.118	1.427	7.9
2.44	2.55	100	1	0.125	1.255	7.9
2.35	2.44	100	1	0.137	1.165	7.9
2.27	2.35	100	1	0.144	1.078	7.9
2.2	2.27	100	1	0.152	0.944	7.9
2.13	2.2	100	1	0.162	0.909	7.9
2.08	2.13	100	1	0.176	0.842	7.9
2.03	2.08	100	1	0.189	0.757	7.9
1.98	2.03	100	1	0.212	0.688	7.9
1.94	1.98	100	1	0.24	0.624	7.9
1.9	1.94	100	1	0.284	0.576	7.9
1.86	1.9	100	1	0.305	0.555	7.8
1.83	1.86	100	1	0.357	0.533	7.9
1.8	1.83	100	1	0.398	0.51	7.8

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 54354 / Num. obs: 54354 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Χ²: 1.205 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	7.8	0.398	2725	0.51	1	100
1.83-1.86	7.9	0.357	2690	0.533	1	100
1.86-1.9	7.8	0.305	2686	0.555	1	100
1.9-1.94	7.9	0.284	2713	0.576	1	100
1.94-1.98	7.9	0.24	2694	0.624	1	100
1.98-2.03	7.9	0.212	2662	0.688	1	100
2.03-2.08	7.9	0.189	2743	0.757	1	100
2.08-2.13	7.9	0.176	2697	0.842	1	100
2.13-2.2	7.9	0.162	2685	0.909	1	100
2.2-2.27	7.9	0.152	2700	0.944	1	100
2.27-2.35	7.9	0.144	2736	1.078	1	100
2.35-2.44	7.9	0.137	2713	1.165	1	100
2.44-2.55	7.9	0.125	2702	1.255	1	100
2.55-2.69	7.9	0.118	2726	1.427	1	100
2.69-2.86	7.8	0.114	2710	1.6	1	100
2.86-3.08	7.8	0.109	2717	1.841	1	100
3.08-3.39	7.7	0.102	2736	2.178	1	99.9
3.39-3.88	7.5	0.092	2742	2.222	1	100
3.88-4.88	7.3	0.084	2764	2.074	1	100
4.88-50	7.2	0.09	2813	2.503	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.259 / FOM acentric: 0.274 / FOM centric: 0 / 反射: 39779 / Reflection acentric: 37631 / Reflection centric: 2148

Phasing MAD set

R cullis acentric: 1.3 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 37631 / Reflection centric: 2148

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.5-50	1.24	0.4	0.3	127	46
7.14-12.5	1.22	0.4	0.3	631	112
5-7.14	1.3	0.3	0.3	1547	174
3.85-5	0.94	0.3	0.3	2839	242
3.13-3.85	1.05	0.3	0.3	4580	298
2.63-3.13	1.45	0.2	0.2	6654	363
2.27-2.63	1.52	0.2	0.1	9166	427
2-2.27	1.5	0.1	0.1	12087	486

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	15.5346	0.003	0.65	0.09	2.163
2	14.8544	0.881	0.655	0.286	2.302
3	19.1011	0.234	0.192	0.321	2.117
4	15.5111	0.667	0.012	0.004	1.989
5	8.575	0.29	0.55	0.495	1.779
6	15.8081	0.688	0.881	0.037	1.978
7	27.0516	0.044	0.704	0.131	2.027
8	15.0751	0.271	0.05	0.116	1.786
9	14.7617	0.809	0.862	0.131	1.795
10	8.6164	0.771	0.157	0.293	1.671
11	17.147	0.708	0.153	0.268	1.787
12	12.3481	0.542	0.162	0.445	1.783
13	15.1181	0.739	0.181	0.384	1.814
14	30.7869	0.981	0.245	0.505	1.759
15	30.7577	0.176	0.004	0.208	1.282
16	44.715	0.249	0.194	0.369	0.637
17	53.636	0.841	0.664	0.301	0.571
18	29.882	0.415	0.639	0.005	0.432
19	25.721	0.788	0.873	0.129	0.362
20	44.095	0.223	0.075	0.016	0.496
21	24.054	0.237	0.564	0.077	0.264
22	50.661	0.26	0.03	0.134	0.46
23	24.987	0.363	0.049	0.088	0.272

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.5-50	0.25	0.34	173	127	46
7.14-12.5	0.277	0.326	743	631	112
5-7.14	0.337	0.375	1721	1547	174
3.85-5	0.285	0.31	3081	2839	242
3.13-3.85	0.27	0.287	4878	4580	298
2.63-3.13	0.312	0.329	7017	6654	363
2.27-2.63	0.273	0.286	9593	9166	427
2-2.27	0.196	0.204	12573	12087	486

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 54349

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.68-100	66.9	0.756	524
6.48-8.68	64.6	0.906	708
5.4-6.48	62.1	0.918	865
4.72-5.4	63	0.937	1015
4.25-4.72	59.7	0.951	1141
3.9-4.25	63	0.941	1239
3.62-3.9	61	0.936	1352
3.39-3.62	64.3	0.942	1429
3.21-3.39	65.8	0.928	1545
3.05-3.21	61.9	0.928	1607
2.91-3.05	62.1	0.919	1682
2.79-2.91	62.8	0.923	1751
2.68-2.79	62.4	0.927	1849
2.58-2.68	65.1	0.929	1876
2.5-2.58	64.9	0.917	1994
2.42-2.5	64.5	0.925	2030
2.35-2.42	65.5	0.92	2077
2.28-2.35	64.6	0.915	2171
2.22-2.28	67.5	0.92	2208
2.17-2.22	69	0.918	2251
2.12-2.17	71	0.914	2365
2.07-2.12	71.3	0.913	2325
2.02-2.07	72.2	0.917	2468
1.98-2.02	79.9	0.903	2477
1.94-1.98	89.3	0.902	2536
1.9-1.94	90.8	0.87	2580
1.87-1.9	88.4	0.838	2620
1.84-1.87	90.5	0.764	2658
1.8-1.84	88.9	0.567	3006

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→36.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.2147 / WR_factor R_work: 0.1823 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9067 / SU B: 4.319 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.1226 / SU R_free: 0.1158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.116
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2147	2764	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1838	-	-	-
all	0.1854	54352	-	-
obs	0.1854	54352	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.46 Å² / B_iso mean: 18.6393 Å² / B_iso min: 10.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4015	0	8	427	4450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.945	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	3	6817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.412	5	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.27	23.85	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.555	15	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.671	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	891

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	191	-
R_work	0.171	3628	-
all	-	3819	-
obs	-	-	99.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4223	0.2119	-0.0173	0.4096	0.016	0.1268	0.0037	-0.0114	0.0431	0.0184	-0.0104	-0.0032	-0.0092	0.0074	0.0067	0.027	0.0039	-0.0089	0.0139	-0.0024	0.0094	-1.4351	41.9511	13.6766
2	0.7832	0.3888	0.0217	0.517	-0.0201	0.142	-0.0199	0.0077	0.055	0.026	0.008	0.1057	0.0382	-0.038	0.012	0.0391	-0.0062	0.0005	0.0302	-0.0081	0.0326	-29.068	24.0893	13.0444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 460
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	461 - 549

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)