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- PDB-3u4d: Crystal structure of YwfH, NADPH dependent reductase involved in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u4d
タイトルCrystal structure of YwfH, NADPH dependent reductase involved in Bacilysin biosynthesis
要素Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH binding motif / Rossmann fold / SDR superfamily / Bacilysin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / antibiotic biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADPH-dependent reductase BacG
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rajavel, M. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the role of Bacillus subtilis YwfH (BacG) in tetrahydrotyrosine synthesis
著者: Rajavel, M. / Perinbam, K. / Gopal, B.
履歴
登録2011年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4661
ポリマ－30,4661
非ポリマー00
水28816
1
A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9312
ポリマ－60,9312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.006, 69.006, 207.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH


分子量: 30465.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU37680, ipa-86r, ywfH / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P39644
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 1.4M Tri-sodium citrate dihydrate, pH 7.5, Microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→28.71 Å / Num. all: 8750 / Num. obs: 8551 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 331 / % possible all: 79.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U4C

3u4c


解像度: 2.7→28.71 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.7695 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.69 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2741 396 4.76 %Random
Rwork0.2169 ---
all0.22 8750 --
obs0.2196 8320 95.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.888 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 294.11 Å2 / Biso mean: 81.7782 Å2 / Biso min: 29.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.555 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.555 Å20 Å2
3----7.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 0 16 1794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2542449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.089668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007324
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6988-3.08890.36911230.2428241591
3.0889-3.89020.25781320.1963267098
3.8902-28.71120.26151410.2208283998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.13372.9399-0.34064.8337-4.09467.1034-0.9421-2.1673-1.66920.1399-1.1418-0.92510.554-0.01691.90450.38220.02090.1931.06720.0210.917646.3894-21.111419.5907
21.04231.43450.5123.8492-0.17051.4953-0.0560.69730.0577-0.3510.3747-0.2881-0.28660.2647-0.29330.08790.03780.19250.4144-0.00240.084934.9576-16.127912.9677
30.72911.8335-0.07274.88851.00654.93180.51590.42050.5137-0.2443-0.1508-0.07940.0479-0.3496-0.36580.1760.02050.12150.4286-0.08330.232828.0011-25.730918.239
42.09271.69620.87083.5365-1.50932.7925-0.12410.24950.17710.1483-0.03380.1289-0.20580.12490.20820.28840.0842-0.00580.3833-0.06360.291925.6583-24.605722.7977
55.7888-0.4877-0.00143.5973-0.91792.3060.1544-1.0344-0.1768-0.565-0.6973-0.43460.3570.09110.46760.68370.03660.06541.23970.56881.185416.279-4.449530.6496
63.25131.06810.54353.11660.30951.76740.24980.4711-0.34310.562-0.0004-0.1793-0.40260.0431-0.33550.49760.13450.11190.473-0.02240.396933.4365-19.305230.8167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain 'A' and (resseq 2:7)A2 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2Chain 'A' and (resseq 8:106)A8 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3Chain 'A' and (resseq 107:151)A107 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4Chain 'A' and (resseq 152:191)A152 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5Chain 'A' and (resseq 192:223)A192 - 223
6X-RAY DIFFRACTION6Chain 'A' and (resseq 224:255)A224 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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