PDB-3u3r: Crystal structure of D249G mutated Human SULT1A1 bound to PAP and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u3r

タイトル

Crystal structure of D249G mutated Human SULT1A1 bound to PAP and P-NITROPHENOL

要素

Sulfotransferase 1A1

キーワード

TRANSFERASE / Arylsulfotransferase / PAP / P-NITROPHENOL / Xenobiotics

機能・相同性

機能・相同性情報

flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Guttman, C. / Berger, I. / Aharoni, A. / Zarivach, R.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: The molecular basis for the broad substrate specificity of human sulfotransferase 1A1.
著者: Berger, I. / Guttman, C. / Amar, D. / Zarivach, R. / Aharoni, A.

履歴

登録	2011年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u3r.cif.gz	138.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u3r.ent.gz	108.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u3jC 3u3kC 3u3mC 3u3oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c1v-d 4gra-1 1wbg-d 1hgt-d 3qvu-2 3u3k-1 1thr-d 2c1c-2 2zff-d 4yes-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.380, 80.270, 123.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Sulfotransferase 1A1 / ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol ...ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1 / P-PST 1 / ST1A3 / Thermostable phenol sulfotransferase / Ts-PST 分子量: 36333.629 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-295 / 変異: D249G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens 遺伝子: hSULT1A1 D249G mutation, OK/SW-cl.88, STP, STP1, SULT1A1 プラスミド: pET32tr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50225, aryl sulfotransferase
#2: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃
#3: 化合物	ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE ...THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE CRYSTALLIZED SEQUENCE HAS REFERENCE CODE GENBANK: AAI10888.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Magnesium chloride, BIS-TRIS, Polyethylene glycol 3.350, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.36→61.58 Å / Num. all: 14032 / Num. obs: 14032 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 17.1 % / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 21.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.36-2.49	17.7	0.348	2	38362	2163	0.348	100
2.49-2.64	17.6	0.26	2.7	36021	2042	0.26	100
2.64-2.82	17.7	0.179	3.8	25878	1464	0.179	75.2
2.82-3.05	17.5	0.133	5.1	31760	1817	0.133	100
3.05-3.34	17.3	0.098	6.4	29045	1675	0.098	100
3.34-3.73	16.6	0.097	6.2	18135	1095	0.097	72.2
3.73-4.31	16.2	0.085	7	18849	1166	0.085	85.8
4.31-5.28	15.6	0.069	8.1	18099	1161	0.069	100
5.28-7.46	16.9	0.05	11.7	15376	908	0.05	100
7.46-53.754	15	0.044	12.1	8122	541	0.044	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.15	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.36→61.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / WR_factor R_free: 0.2129 / WR_factor R_work: 0.1669 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8683 / SU B: 12.37 / SU ML: 0.14 / SU R Cruickshank DPI: 0.3669 / SU R_free: 0.2326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	708	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1676	-	-	-
obs	0.1701	14001	92.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.44 Å² / B_iso mean: 31.0541 Å² / B_iso min: 6.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→61.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2347	0	47	100	2494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.846	1.978	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.456	5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.407	23.451	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.531	15	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.594	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.022	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.933	1.5	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.686	2	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.95	3	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.427	4.5	1024

LS精密化シェル

解像度: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	51	-
R_work	0.189	1037	-
all	-	1088	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.957	-0.3668	0.0957	1.0476	0.1803	2.8723	-0.0665	0.2128	-0.3869	0.0156	0.0083	0.0391	0.2311	0.0191	0.0581	0.0852	-0.0325	0.0027	0.0585	-0.0157	0.0715	15.3647	-23.9615	6.4048
2	27.4556	-1.7382	-8.6304	0.1114	0.5458	2.7144	0.3111	-1.8727	1.6506	-0.0313	0.1704	-0.0774	-0.0647	0.5856	-0.4815	0.4199	-0.2516	0.0229	0.6275	0.1278	0.9651	-3.7762	-28.0694	17.9164
3	2.5157	-0.0954	0.5233	0.6491	0.0252	1.592	-0.0354	-0.0819	-0.1681	0.0809	0.0139	0.077	0.084	-0.0714	0.0215	0.0633	-0.0025	0.0104	0.0528	0.0028	0.0244	17.3611	-19.9764	14.9411
4	14.655	1.2058	1.6536	7.3173	2.2235	6.71	0.2584	-0.23	1.1192	-0.3368	0.0518	-0.7285	-1.0592	0.6665	-0.3103	0.369	-0.0962	-0.0254	0.1683	-0.097	0.2904	23.5066	-5.4345	19.6969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	285 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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