PDB-3u3j: Crystal structure of hSULT1A1 bound to PAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u3j

タイトル

Crystal structure of hSULT1A1 bound to PAP

要素

Sulfotransferase 1A1

キーワード

TRANSFERASE / Arylsulfotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / ethanol catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Guttman, C. / Berger, I. / Aharoni, A. / Zarivach, R.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: The molecular basis for the broad substrate specificity of human sulfotransferase 1A1.
著者: Berger, I. / Guttman, C. / Amar, D. / Zarivach, R. / Aharoni, A.

履歴

登録	2011年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u3j.cif.gz	250.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u3j.ent.gz	202.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u3j_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u3j_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3u3j_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	3u3j_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u3kC 3u3mC 3u3oC 3u3rC 1ls6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u3k-2 3qvv-2 3qvv-1 2a3r-1 4fbe-2 3mmr-d 6mal-d 1ls6-d 4jvm-1 4fbe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sulfotransferase 1A1

B: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.097, 79.422, 121.807
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sulfotransferase 1A1 / ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol ...ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1 / P-PST 1 / ST1A3 / Thermostable phenol sulfotransferase / Ts-PST 分子量: 36278.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / 遺伝子: hSULT1A1, OK/SW-cl.88, STP, STP1, SULT1A1 / プラスミド: pET32tr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50225, aryl sulfotransferase
#2: 化合物	ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE ...THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE CRYSTALLIZED SEQUENCE HAS REFERENCE CODE GENBANK: AAI10888.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: Sodium chloride, HEPES, Polyethylene glycol 3,350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.937 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.937 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 19798 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	7	0.526	1	100
2.75-2.8	7	0.394	1	100
2.8-2.85	7	0.365	1	100
2.85-2.91	7	0.376	1	99.9
2.91-2.97	7	0.301	1	100
2.97-3.04	7	0.274	1	100
3.04-3.12	7.1	0.237	1	99.8
3.12-3.2	7	0.207	1	99.9
3.2-3.29	7	0.175	1	99.8
3.29-3.4	7	0.157	1	100
3.4-3.52	6.9	0.136	1	99.8
3.52-3.66	5.5	0.124	1	98.4
3.66-3.83	6	0.112	1	99.6
3.83-4.03	6.6	0.104	1	100
4.03-4.28	6.7	0.084	1	99.7
4.28-4.61	6.5	0.068	1	100
4.61-5.07	6.5	0.06	1	99.8
5.07-5.8	6.7	0.06	1	99.7
5.8-7.3	6.8	0.055	1	99.9
7.3-30	6.3	0.038	1	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1LS6

1ls6

解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 32.971 / SU ML: 0.323 / SU R Cruickshank DPI: 0.3134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29885	997	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21895	-	-	-
obs	0.22296	18547	98.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.174 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4686	0	54	22	4762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.506	1.972	6690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.903	3	8274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.177	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.102	23.812	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.573	15	835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.084	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.453	1.5	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.088	1.5	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.86	2	4718
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.452	3	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.366	4.5	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.457	86	-
R_work	0.292	1345	-
obs	-	-	98.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3724	-0.4052	1.2046	1.561	-0.1862	2.9269	-0.0444	0.218	-0.545	0.0069	0.0994	0.2276	0.204	-0.305	-0.055	0.1511	-0.0239	0.005	0.2229	-0.071	0.2161	-22.0052	-3.4665	-31.9472
2	5.3283	-0.1679	0.7463	1.5389	-0.6661	3.4884	-0.1113	0.2758	0.2857	0.1115	0.0137	0.1338	-0.3565	0.0281	0.0976	0.2531	-0.0029	-0.0251	0.0935	-0.0523	0.1051	-15.7357	7.068	-27.0653
3	5.4784	0.9881	0.3287	1.441	-0.7279	2.8731	-0.0749	-0.4504	-0.374	0.2181	0.1395	0.18	-0.0944	-0.6039	-0.0646	0.2785	0.0685	0.0148	0.2745	-0.0098	0.1467	-19.7064	-0.0494	-16.7032
4	11.2404	-6.1818	-4.4879	4.0134	0.6337	15.0995	-0.3625	-0.2698	1.8685	0.6142	0.4973	-1.0674	-0.5661	0.6715	-0.1348	0.674	-0.0694	-0.2073	0.2555	-0.0682	0.5564	-8.7908	15.4104	-24.6091
5	6.6371	-1.6157	-0.9581	1.3863	-0.0787	3.9842	-0.087	0.1739	0.855	-0.0589	0.0153	-0.1985	-0.384	0.3515	0.0717	0.1707	-0.0795	-0.0243	0.055	0.0552	0.2363	-13.3844	42.9438	-12.9091
6	5.7994	-0.587	-1.1998	1.2374	0.419	3.0085	-0.1822	0.32	0.1985	0.1393	0.0784	-0.1473	0.0117	0.0754	0.1038	0.1691	0.0021	-0.0091	0.0747	0.018	0.1169	-17.2675	37.8067	-10.079
7	7.5142	0.8807	-0.8692	1.1361	0.3342	3.6508	-0.0412	-1.0495	0.5845	0.2864	-0.0294	-0.2337	-0.135	0.9133	0.0706	0.269	0.0071	-0.06	0.3338	-0.0652	0.2141	-13.4744	41.3389	3.324
8	16.0312	-3.0386	-2.9638	2.1999	2.7332	6.8496	-0.5739	0.4269	-0.9425	0.3907	-0.0885	0.0747	0.9418	-0.7233	0.6624	0.5116	-0.1486	0.1793	0.0222	-0.0521	0.2348	-30.9595	25.918	-3.7499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	149 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	213 - 281
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	282 - 294
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	8 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	72 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	213 - 273
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	274 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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