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- PDB-3u13: Crystal Structure of de Novo design of cystein esterase ECH13 at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u13
タイトルCrystal Structure of de Novo design of cystein esterase ECH13 at the resolution 1.6A, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR51
要素artificial protein OR51
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / ECH13
機能・相同性
機能・相同性情報


Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Kohan, E. / Richter, F. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Kohan, E. / Richter, F. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Computational design of catalytic dyads and oxyanion holes for ester hydrolysis.
著者: Richter, F. / Blomberg, R. / Khare, S.D. / Kiss, G. / Kuzin, A.P. / Smith, A.J. / Gallaher, J. / Pianowski, Z. / Helgeson, R.C. / Grjasnow, A. / Xiao, R. / Seetharaman, J. / Su, M. / ...著者: Richter, F. / Blomberg, R. / Khare, S.D. / Kiss, G. / Kuzin, A.P. / Smith, A.J. / Gallaher, J. / Pianowski, Z. / Helgeson, R.C. / Grjasnow, A. / Xiao, R. / Seetharaman, J. / Su, M. / Vorobiev, S. / Lew, S. / Forouhar, F. / Kornhaber, G.J. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Houk, K.N. / Hilvert, D. / Baker, D.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: artificial protein OR51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5376
ポリマ－24,1941
非ポリマー3435
水4,468248
1
A: artificial protein OR51
ヘテロ分子

A: artificial protein OR51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,07512
ポリマ－48,3882
非ポリマー68710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area3330 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.436, 73.436, 105.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

21A-441-

HOH

詳細authors indicate the biological unit as a trimer of 61.03 kD at 96.3%

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 artificial protein OR51 / 5' / 3'-nucleotidase / mitochondrial / Deoxy-5'-nucleotidase 2 / dNT-2


分子量: 24193.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b+ / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 253分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:0.1M NaHPO4, 0.1M MES, PEG 20K 12%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277KK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月12日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 72527 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 48.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1Q92

1q92


解像度: 1.6→29.039 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 1932 5 %
Rwork0.1802 --
obs0.1808 38618 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.229 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.708 Å2-0 Å20 Å2
2---0.708 Å2-0 Å2
3---1.4161 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1585 0 19 248 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2142295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.839645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5995-1.63950.24021400.24422557X-RAY DIFFRACTION100
1.6395-1.68380.24411350.21912570X-RAY DIFFRACTION100
1.6838-1.73330.20951450.19632572X-RAY DIFFRACTION100
1.7333-1.78930.24951310.18432590X-RAY DIFFRACTION100
1.7893-1.85320.21021180.17772585X-RAY DIFFRACTION100
1.8532-1.92740.18821570.16462575X-RAY DIFFRACTION100
1.9274-2.01510.19371550.16932568X-RAY DIFFRACTION100
2.0151-2.12130.16841390.16542601X-RAY DIFFRACTION100
2.1213-2.25420.17971200.16952630X-RAY DIFFRACTION100
2.2542-2.42810.21861380.17272618X-RAY DIFFRACTION100
2.4281-2.67230.19141340.18572648X-RAY DIFFRACTION100
2.6723-3.05870.21181330.18172665X-RAY DIFFRACTION100
3.0587-3.85220.17041490.16562678X-RAY DIFFRACTION100
3.8522-29.04340.18411380.19182829X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.7591 Å / Origin y: 20.2865 Å / Origin z: 18.8419 Å
111213212223313233
T0.1015 Å2-0.0142 Å20.0298 Å2-0.1158 Å2-0.0029 Å2--0.0887 Å2
L2.2193 °2-0.172 °2-0.4426 °2-1.6243 °2-0.3777 °2--1.1478 °2
S0.0379 Å °-0.0624 Å °0.0949 Å °0.0156 Å °-0.013 Å °-0.1523 Å °-0.1052 Å °0.0698 Å °-0.0227 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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