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- PDB-3u0h: The Structure of a Xylose Isomerase domain protein from Alicyclob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u0h
タイトルThe Structure of a Xylose Isomerase domain protein from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius.
要素Xylose isomerase domain protein
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Tim Barrel / putative xylose isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity
類似検索 - 分子機能
: / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Xylose isomerase domain protein TIM barrel
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of a Xylose Isomerase domain protein from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius.
著者: Cuff, M.E. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase domain protein
B: Xylose isomerase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1657
ポリマ－63,7922
非ポリマー3735
水4,486249
1
A: Xylose isomerase domain protein
B: Xylose isomerase domain protein
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase domain protein
B: Xylose isomerase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,33014
ポリマ－127,5834
非ポリマー74710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area8990 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area42750 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area23110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.555, 240.329, 113.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Likely AB dimer of the AU, or A2B2 tetramer x,y,z -x,y,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase domain protein


分子量: 31895.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
株: DSM 446 / 遺伝子: Aaci_2157 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: C8WQZ7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris:HCl, 1.0M Amonium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921, 0.97937
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月3日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979371
Reflection冗長度: 5 % / Av σ(I) over netI: 21.3 / 数: 165632 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.33 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32970 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.245098.210.0553.8974.7
4.956.2499.710.0622.5594.8
4.334.9599.910.0582.3114.9
3.934.3399.910.0662.2595
3.653.9310010.0691.8515
3.443.6510010.0731.4575.1
3.263.4499.910.081.2135.1
3.123.2610010.11.0655.1
33.1210010.1220.9785.1
2.9399.910.1480.9255.1
2.812.910010.1940.9085.1
2.732.8110010.2140.8985.1
2.662.7399.910.2390.875.1
2.592.6610010.3030.8345.1
2.532.5910010.3570.7965.1
2.482.5310010.3590.8065.1
2.432.4810010.4080.785.1
2.382.4310010.490.7665
2.342.3810010.5060.7415.1
2.32.3410010.5810.7765
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 32970 / Num. obs: 32970 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.33 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3450.58116210.7761100
2.34-2.385.10.50616170.7411100
2.38-2.4350.4916590.7661100
2.43-2.485.10.40816000.781100
2.48-2.535.10.35916320.8061100
2.53-2.595.10.35716060.7961100
2.59-2.665.10.30316660.8341100
2.66-2.735.10.23916150.87199.9
2.73-2.815.10.21416310.8981100
2.81-2.95.10.19416300.9081100
2.9-35.10.14816590.925199.9
3-3.125.10.12216230.9781100
3.12-3.265.10.116371.0651100
3.26-3.445.10.0816581.213199.9
3.44-3.655.10.07316441.4571100
3.65-3.9350.06916571.8511100
3.93-4.3350.06616622.259199.9
4.33-4.954.90.05816912.311199.9
4.95-6.244.80.06216912.559199.7
6.24-504.70.05517713.897198.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.25 Å / D res low: 41.44 Å / FOM : 0.156 / FOM acentric: 0.162 / FOM centric: 0.099 / 反射: 35211 / Reflection acentric: 31695 / Reflection centric: 3516
Phasing MAD set

最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 41.44 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.9610.10.100316953516
20.990.9641.249.10.230.23181292423
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
113.04-41.441.6110.50.30011982
17.74-13.041.4310.40.200557185
15.5-7.742.4610.40.2001331286
14.27-5.51.5110.20.1002422398
13.49-4.271.4510.10.1003849493
12.95-3.492.3610.10005616589
12.55-2.957.82100007706696
12.25-2.552.081000010095787
213.04-41.440.990.8756.949.40.730.6611981
27.74-13.040.910.943.846.40.750.68557185
25.5-7.740.940.940.746.90.590.441331285
24.27-5.50.980.9647.857.40.320.252420397
23.49-4.270.990.9846.754.10.20.153848491
22.95-3.491138.347.60.130.095613589
22.55-2.951135.639.30.080.064241395
22.25-2.5500000000
Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

IDB isoFract xFract yFract zOccupancyOccupancy iso
179.8484-0.74-0.195-0.1233.9860
281.8221-1.036-0.040.1154.5330
352.8958-0.581-0.258-0.1993.7270
462.6271-1.129-0.0830.2443.5330
564.3376-0.688-0.1450.0592.6990
673.9374-0.758-0.213-0.3023.0230
761.9173-0.804-0.1830.0262.6090
883.0161-1.339-0.0180.2163.3580
967.2426-0.739-0.194-0.1231.836-0.139
1070.7936-1.036-0.040.1152.564-0.142
1151.9109-0.58-0.258-0.22.119-0.181
1252.0643-1.132-0.0830.2461.836-0.111
1378.2114-0.688-0.1460.0591.363-0.123
1460.8264-0.757-0.213-0.3011.956-0.136
15122.4555-0.807-0.1820.0271.723-0.122
1648.6422-1.338-0.0180.2151.456-0.095
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
13.04-41.440.4690.6040.27320111982
7.74-13.040.550.6170.345742557185
5.5-7.740.5270.5780.28916171331286
4.27-5.50.3960.430.18928202422398
3.49-4.270.270.2910.1143423849493
2.95-3.490.160.170.0662055616589
2.55-2.950.0690.0730.0284027706696
2.25-2.550.0260.02901088210095787
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 35211
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.59-10065.20.619508
7.54-9.5962.60.82510
6.41-7.5460.40.808619
5.68-6.4155.90.811704
5.15-5.6862.40.792770
4.74-5.1560.60.827842
4.42-4.7460.70.828904
4.15-4.4264.80.822953
3.93-4.1564.90.8031019
3.74-3.9369.80.811063
3.58-3.74700.8171109
3.43-3.5869.70.8161173
3.31-3.4372.10.7941201
3.19-3.3173.90.7921253
3.09-3.1976.40.7841285
2.99-3.0980.30.7691312
2.91-2.9979.30.761389
2.83-2.9178.80.7331389
2.75-2.8382.60.7511446
2.69-2.7583.80.7741448
2.62-2.6983.60.7571534
2.56-2.62830.7441533
2.51-2.5685.40.7461580
2.46-2.5184.80.7451618
2.41-2.4687.40.7431639
2.36-2.4187.20.7741671
2.32-2.36870.7591694
2.25-2.3287.50.7433045

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→40.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2161 / WRfactor Rwork: 0.1692 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8711 / SU B: 11.468 / SU ML: 0.144 / SU R Cruickshank DPI: 0.2593 / SU Rfree: 0.2061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.206
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 1669 5.1 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
all0.1798 32850 --
obs0.1798 32850 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.44 Å2 / Biso mean: 30.6011 Å2 / Biso min: 14.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20 Å2
2--2.79 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4440 0 23 249 4712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7591.9846268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01537732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6715564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14221.892222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59515737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.051556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021002
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 114 -
Rwork0.21 2061 -
all-2175 -
obs--96.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0661-0.0071-0.02320.73660.3411.43280.0889-0.12520.09490.0595-0.0030.0106-0.2890.083-0.08590.1722-0.04110.03320.1331-0.02690.02195.314561.817844.1242
21.55150.09020.48661.79160.27981.56490.1627-0.2205-0.81160.32140.0687-0.13690.40340.0638-0.23140.21080.0131-0.13240.16380.09850.49910.520316.546541.3318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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