PDB-3u0g: Crystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u0g

タイトル

Crystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase from burkholderia pseudomallei

要素

Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / PyridoxaL 5'-Phosphate Dependent Enzymes class IV / branched chain amino transferase / PyridoxaL 5'-Phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase from burkholderia pseudomallei
著者: Staker, B.L. / Gardberg, A. / Sankaran, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2011年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u0g.cif.gz	711.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u0g.ent.gz	595 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wrvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ej0-d 1wrv-2 5ce8-1 2ej2-d 6nst-d 2eiy-1 2ej3-1 4whx-d 5mr0-d 4gnz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.10478.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

B: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

C: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

D: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

E: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

F: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

ヘテロ分子

219 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

B: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

D: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

F: Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.970, 139.270, 290.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-332- HOH
2	1	A-602- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
1	2	B
1	3	C
1	4	D
1	5	E
1	6	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	0 - 999
1	1	2	5	B	0 - 999
1	1	3	5	C	0 - 999
1	1	4	5	D	0 - 999
1	1	5	5	E	0 - 999
1	1	6	5	F	0 - 999

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Putative branched-chain amino acid aminotransferase IlvE 分子量: 36321.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710B / 遺伝子: ilvE, BPSL0793 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q63WU8, UniProt: Q3JVJ9*PLUS, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 20% PEG 8000, 100MM CHES, PROTEIN CONCENTRATION 23.1 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 9.50

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9765	1

反射

解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 126128 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.076

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WRV

1wrv

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 8.373 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22964	8508	5 %	RANDOM
R_work	0.19173	-	-	-
obs	0.1936	126128	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.994 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13866	0	54	672	14592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	14234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	1.937	19296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.999	3	22918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.56	5	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.663	23.437	643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.509	15	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.722	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1692	medium positional	0.16	0.5
2	B	1692	medium positional	0.16	0.5
3	C	1692	medium positional	0.19	0.5
4	D	1692	medium positional	0.17	0.5
5	E	1692	medium positional	0.19	0.5
6	F	1692	medium positional	0.22	0.5
1	A	1946	loose positional	0.34	5
2	B	1946	loose positional	0.32	5
3	C	1946	loose positional	0.32	5
4	D	1946	loose positional	0.37	5
5	E	1946	loose positional	0.37	5
6	F	1946	loose positional	0.37	5
1	A	1692	medium thermal	2.2	2
2	B	1692	medium thermal	2.77	2
3	C	1692	medium thermal	2.97	2
4	D	1692	medium thermal	3.24	2
5	E	1692	medium thermal	3.6	2
6	F	1692	medium thermal	4.96	2
1	A	1946	loose thermal	2.53	10
2	B	1946	loose thermal	2.88	10
3	C	1946	loose thermal	3.06	10
4	D	1946	loose thermal	3.37	10
5	E	1946	loose thermal	3.8	10
6	F	1946	loose thermal	5.56	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	604	-
R_work	0.32	11336	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1041	0.2729	-0.6974	2.0135	1.4475	7.364	0.1542	-0.0311	-0.2465	-0.1062	-0.1581	0.0022	0.279	-0.1784	0.0038	0.0478	-0.0069	-0.0475	0.3568	0.0036	0.1699	2.6264	10.4652	80.0197
2	1.5126	0.2571	0.3427	1.4611	-0.0722	1.9893	0.1115	-0.1033	-0.1685	0.0223	-0.0414	0.1211	0.2331	-0.6036	-0.0701	0.0339	-0.0638	-0.0166	0.2792	0.0139	0.1356	6.0609	10.062	93.2852
3	2.9707	1.5942	0.1104	5.4271	0.4515	3.7974	0.1231	0.0172	-0.0009	0.0461	0.0379	-0.2965	-0.044	-0.398	-0.1611	0.013	0.0119	-0.0251	0.276	0.0084	0.1348	10.3067	15.7536	88.153
4	0.7494	-0.5831	0.147	0.4627	-0.032	1.5384	0.0786	0.0391	-0.1363	-0.0284	-0.0474	0.087	0.3193	-0.2998	-0.0312	0.163	-0.0612	-0.0214	0.0922	0.0159	0.1976	28.1123	5.3795	96.3614
5	5.0124	0.5951	-1.5209	2.1133	-1.0056	1.8176	0.1327	-0.3475	0.1086	0.0622	0.0182	-0.0879	0.3479	-0.2334	-0.1509	0.2268	-0.1546	-0.0495	0.1304	0.0339	0.235	21.4665	-1.8587	108.3632
6	3.5857	0.241	0.3882	0.2655	-0.4119	2.1259	0.1564	-0.0512	-0.3838	-0.0343	-0.0092	0.0636	0.5984	-0.3135	-0.1472	0.3278	-0.165	-0.0412	0.0959	0.0288	0.2917	20.5784	-7.9879	103.8232
7	6.3231	-0.7854	-1.1222	3.1754	-1.0607	4.0869	-0.0728	0.3716	0.1872	-0.0747	0.0074	0.3141	-0.3456	-0.478	0.0653	0.0814	0.1016	-0.0455	0.2949	0.0535	0.1142	12.9062	27.7486	71.9525
8	1.601	-0.2127	0.6092	1.1943	-0.3601	2.014	-0.0066	0.3396	0.1942	-0.0694	-0.1221	-0.0554	-0.3115	0.0767	0.1287	0.1007	0.0193	-0.0155	0.1563	0.0502	0.1178	26.2634	28.0114	76.5563
9	1.1487	0.2969	0.8369	2.8293	0.7645	2.6838	0.0556	0.1401	-0.0499	-0.0342	-0.0988	0.2156	0.0304	-0.2148	0.0432	0.0125	0.0355	0.0127	0.211	0.0323	0.1334	20.5152	21.005	81.3886
10	0.4626	-0.2412	0.1502	0.2369	0.3622	2.5485	-0.0137	0.1157	0.0701	-0.03	-0.0762	-0.025	-0.3536	-0.2138	0.0899	0.1826	-0.0051	-0.0163	0.1067	0.0253	0.1894	27.5751	28.4204	99.2793
11	0.7803	-0.4585	-0.1985	2.1481	-0.401	5.5803	-0.122	0.1886	0.2094	0.0648	-0.1586	-0.0538	-0.3449	0.5835	0.2806	0.243	-0.1417	-0.0748	0.1588	0.1261	0.235	41.29	38.3409	93.3487
12	1.6187	-0.4009	0.138	0.7966	-0.8764	5.0506	-0.1374	0.2166	0.3294	0.1082	-0.0425	-0.1324	-0.8862	0.112	0.1799	0.4024	-0.1332	-0.0746	0.0729	0.0733	0.2903	35.4637	43.6692	93.6579
13	6.9424	0.8951	-0.5123	5.0678	-2.5898	1.3739	0.0743	-0.6398	-0.1226	-0.3638	-0.5004	-0.7652	0.3675	0.3907	0.4261	0.7064	0.4866	0.093	0.499	0.1515	0.4983	64.8895	-20.4635	115.8456
14	1.0305	0.2985	-0.3066	1.2256	-0.353	2.5445	-0.0081	-0.0145	-0.2397	-0.0298	-0.0117	-0.0851	0.7063	0.3562	0.0199	0.3066	0.1727	0.0072	0.1208	0.0432	0.1616	51.9007	-16.2236	114.9298
15	1.881	0.9125	-1.0382	2.5305	0.0833	4.7596	-0.1051	0.1546	-0.0914	-0.2865	0.0422	-0.2161	0.5507	0.7564	0.0629	0.1982	0.1851	0.0256	0.2523	0.0138	0.2584	57.6229	-11.6571	109.0822
16	1.4274	0.0953	0.3422	0.4914	0.3681	2.5149	-0.0437	-0.0237	-0.0966	0.1114	0.0311	0.0038	0.222	0.5251	0.0127	0.1259	0.0197	-0.0031	0.1344	0.0414	0.1245	48.5935	5.6436	120.6896
17	0.6718	0.2545	0.7922	4.1592	-1.1719	3.9115	0.0553	-0.0143	0.083	-0.1975	0.0895	0.3503	0.0876	0.0599	-0.1449	0.1698	-0.0173	0.0179	0.063	0.0767	0.1573	35.4656	-1.6451	126.2182
18	0.132	0.4347	0.1493	3.1992	-0.4606	0.9482	0.0211	-0.0176	0.006	0.166	0.0286	0.0871	0.1699	0.0146	-0.0497	0.2261	0.0112	0.0253	0.1113	0.0432	0.1258	39.2923	-3.121	132.7475
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35	1.1147	1.1637	0.2302	3.6524	0.2447	3.2317	-0.3926	0.4934	0.087	-0.3655	0.2419	0.2089	-0.5099	0.6452	0.1507	0.356	-0.3714	-0.0791	0.4377	0.104	0.1833	56.5413	34.3432	109.6416
36	1.196	0.4627	0.3071	2.5229	0.533	2.0443	-0.2445	0.2797	0.2475	-0.1488	0.172	-0.1372	-0.736	1.0025	0.0725	0.3074	-0.3853	-0.0651	0.5154	0.0848	0.1674	62.6617	35.0375	114.2366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	107 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	134 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	200 - 229
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	230 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 24
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	25 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	107 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	143 - 201
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	202 - 234
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	235 - 307
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	2 - 22
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	23 - 106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	107 - 137
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	138 - 201
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	202 - 229
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	230 - 307
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	2 - 57
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	58 - 108
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	109 - 140
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	141 - 202
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	203 - 234
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	235 - 307
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	2 - 57
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	58 - 108
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	109 - 137
28	X-RAY DIFFRACTION	28	E	138 - 201
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	202 - 234
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	235 - 306
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	2 - 24
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	25 - 106
33	X-RAY DIFFRACTION	33	F	107 - 136
34	X-RAY DIFFRACTION	34	F	137 - 201
35	X-RAY DIFFRACTION	35	F	202 - 229
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	230 - 306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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