PDB-3ty6: ATP-dependent Protease HslV from Bacillus anthracis str. Ames

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ty6

タイトル

ATP-dependent Protease HslV from Bacillus anthracis str. Ames

要素

ATP-dependent protease subunit HslV

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta-beta-alpha sandwich / peotease / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

HslU-HslV peptidase / HslUV protease complex / proteasome core complex / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.498 Å

データ登録者

Kim, Y. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: ATP-dependent Protease HslV from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Kim, Y. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	2z3bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z3a-d 4hnz-d 2z3b-2 6kui-1 2z3b-1 4ho7-1 1m4y-1 1g3k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01137

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (7) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ATP-dependent protease subunit HslV

B: ATP-dependent protease subunit HslV

C: ATP-dependent protease subunit HslV

D: ATP-dependent protease subunit HslV

E: ATP-dependent protease subunit HslV

F: ATP-dependent protease subunit HslV

ヘテロ分子

119 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent protease subunit HslV

B: ATP-dependent protease subunit HslV

C: ATP-dependent protease subunit HslV

D: ATP-dependent protease subunit HslV

E: ATP-dependent protease subunit HslV

F: ATP-dependent protease subunit HslV

ヘテロ分子

A: ATP-dependent protease subunit HslV

B: ATP-dependent protease subunit HslV

C: ATP-dependent protease subunit HslV

D: ATP-dependent protease subunit HslV

E: ATP-dependent protease subunit HslV

F: ATP-dependent protease subunit HslV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
238 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.255, 127.543, 90.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ATP-dependent protease subunit HslV 分子量: 19744.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS3681, BA_3968, GBAA_3968, hslV / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81WK5, HslU-HslV peptidase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2.5 M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 41877 / Num. obs: 41877 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 73.67 Å² / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2038 / R_sym value: 0.744 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 2Z3B

2z3b

解像度: 2.498→41.076 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	2114	5.05 %	random
R_work	0.165	-	-	-
all	0.166	41861	-	-
obs	0.166	41861	99.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 93.909 Å² / k_sol: 0.367 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.8826 Å²	-0 Å²	-3.9106 Å²
2-	-	11.6083 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.2743 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.498→41.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8063	0	30	61	8154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.101	11031
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.404	2958
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1418

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.4987-2.5568	0.4032	143	0.3485	2639	2782	94
2.5568-2.6206	0.343	124	0.3256	2604	2728	95
2.6206-2.6913	0.3647	122	0.3178	2689	2811	96
2.6913-2.7703	0.3471	142	0.301	2606	2748	95
2.7703-2.8595	0.352	145	0.3045	2650	2795	95
2.8595-2.9614	0.3224	146	0.2837	2662	2808	95
2.9614-3.0795	0.2963	138	0.2692	2637	2775	95
3.0795-3.2192	0.3068	135	0.2511	2630	2765	95
3.2192-3.3882	0.2543	144	0.215	2697	2841	95
3.3882-3.5993	0.2502	158	0.1919	2594	2752	94
3.5993-3.8755	0.2121	158	0.1644	2647	2805	94
3.8755-4.2622	0.1651	146	0.1371	2637	2783	94
4.2622-4.8716	0.1318	128	0.1017	2651	2779	95
4.8716-6.1098	0.1522	139	0.1205	2669	2808	95
6.1098-20.3154	0.1446	140	0.0986	2684	2824	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8364	-0.9589	0.3171	1.5162	-0.7665	6.7356	0.0436	0.3483	0.0125	-0.1479	0.1955	-0.0694	0.0974	0.0286	0.704	1.0267	-0.0628	-0.0126	0.4687	0.0895	0.2349	26.0531	-18.7067	-22.0512
2	4.8991	2.2658	-0.7024	2.021	-1.2372	2.0329	0.3176	-0.5349	-0.1601	0.1712	-0.035	-0.2687	0.2129	0.0412	-0.2437	0.8387	-0.1575	-0.1303	0.3168	-0.0966	0.1936	31.3619	-18.0438	-17.4962
3	6.9246	1.0459	-4.3631	7.5838	-4.5572	7.573	1.197	-0.8343	-0.2458	0.4931	-0.62	-0.1875	-0.9548	-0.967	-0.4517	0.9622	-0.009	-0.0585	0.7934	0.2672	0.3532	15.5844	-24.8256	-9.752
4	4.1518	0.7542	2.7107	4.612	0.6748	1.7947	-0.1882	-0.8513	0.0786	0.3606	-0.2486	-0.0951	-0.0765	-0.4713	0.4683	0.7872	-0.1231	-0.1073	0.6768	0.1085	0.2348	15.5802	-15.097	-11.2081
5	6.8566	1.3888	1.1425	8.4125	-2.7469	3.5817	0.5037	-0.565	-0.3282	0.3108	-0.6155	0.1458	0.5957	-0.4303	0.0375	0.7705	-0.1876	-0.1516	0.8022	0.1186	0.2764	6.0937	-14.0013	-16.7832
6	2.4994	-2.352	-2.257	4.37	3.8363	4.2324	0.0826	-0.2613	0.2828	-1.7789	0.9505	0.2515	-1.1239	-0.3346	-0.9	0.9976	-0.0884	-0.0836	0.6362	0.1984	0.3766	16.5606	-7.6738	-18.106
7	2.1679	-0.8875	-0.6616	1.8257	-0.0072	1.7767	0.2847	0.3832	-0.1124	-0.5685	-0.3288	0.1687	-0.04	-0.1119	-0.0153	0.8534	-0.077	-0.1929	0.6625	0.1697	0.2963	14.7204	-19.5314	-24.9716
8	7.8719	1.5156	-0.6982	6.5676	0.2004	8.4253	-0.2932	0.0063	-0.8483	0.1562	0.4323	0.051	1.0442	0.2797	-0.2318	0.8108	0.0271	-0.0323	0.4402	-0.0203	0.1703	27.6616	-28.7161	-29.7091
9	8.6189	5.644	-6.2188	5.7659	-4.8277	5.0097	0.762	-0.2687	0.2098	0.1781	-0.4637	0.4815	0.0183	0.6391	0.0119	0.8994	-0.1201	-0.1874	0.5035	0.2011	0.4681	31.5361	-22.7543	-19.8224
10	7.9423	0.8378	4.8011	3.357	-0.8946	5.9971	-0.0408	0.4391	-0.0106	0.3241	0.2261	-0.144	-0.685	1.2268	-0.0891	0.8813	-0.1852	-0.0744	0.6323	-0.0582	0.2264	3.231	-8.0065	-40.1783
11	2.4734	1.2664	-1.8051	2.8942	-0.5891	1.3668	-0.2866	-0.4257	-0.6178	-0.1487	0.4996	0.3394	0.6325	-0.4155	0.1086	0.7326	-0.1017	-0.106	0.3905	0.1979	0.205	0.7986	-12.1084	-40.7033
12	6.6343	0.3926	-3.9827	1.7859	-0.1186	2.5756	0.2416	-0.0742	0.2589	-0.336	0.1005	0.0201	-0.1692	-0.3012	-0.2755	0.8291	0.0788	-0.0051	0.4414	0.1669	0.2276	11.876	-15.662	-34.5942
13	2.9791	3.4457	2.137	5.4965	0.5624	3.9454	-0.3867	-0.9142	-0.8133	1.5078	0.5925	0.781	2.4937	-1.1368	0.0076	1.5143	0.0141	0.4327	0.8281	0.1713	0.9446	-11.0539	-10.9886	-30.4974
14	7.3835	0.6944	5.0415	3.1558	-0.7188	7.2358	0.0251	-1.5722	-0.1408	0.4446	0.2715	0.3604	-0.7324	-1.2604	-0.1334	0.777	-0.0974	-0.0457	0.8367	0.1776	0.2407	-4.1097	-4.7901	-26.9073
15	5.7925	5.8129	1.0999	7.5281	2.8916	5.1392	0.9	0.2052	2.8335	1.6233	-0.3831	0.6724	1.1723	-0.1851	-0.4501	1.0613	0.3005	0.1403	0.8114	0.0398	0.8068	-8.8656	5.3635	-28.6523
16	8.6389	-2.2528	1.2836	1.3749	-1.2706	2.732	0.03	0.0891	1.0067	0.4606	0.1943	0.1663	0.2896	-0.3207	-0.1795	0.6898	-0.0864	-0.0135	0.4325	0.1573	0.4344	-1.4753	0.6355	-32.578
17	5.569	-2.0751	2.7699	3.4588	2.0094	6.281	-0.6861	0.013	0.3634	-0.1585	1.146	0.3964	-0.5382	-0.4185	-0.0375	0.7089	-0.1754	-0.035	0.6135	0.2323	0.4846	-1.7084	1.9582	-40.8435
18	5.8925	-1.9708	0.0256	5.8317	1.16	6.4723	-0.2957	0.8861	0.1754	-0.9971	-0.1935	0.6573	0.3758	-0.4669	0.6819	0.6144	-0.1587	-0.1034	0.4453	0.0882	0.271	-2.3124	-6.8301	-54.0236
19	2.0001	3.6684	5.2309	5.8686	2.2791	8.496	-0.7614	0.4735	-1.5272	0.1304	0.9853	-0.0999	1.9773	0.0368	-0.164	0.9861	-0.011	0.0064	0.3979	0.0401	0.367	1.6021	-13.9426	-49.1511
20	5.1685	1.322	-3.7868	2.7205	1.0186	4.429	-0.8892	-0.1253	-0.8544	0.2275	0.8938	0.5307	0.9897	-0.3789	1.231	0.9313	-0.1039	-0.0238	0.6396	0.343	0.4872	3.3604	-14.9911	-41.9117
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22	7.1696	-4.2325	-6.1901	7.0443	2.1149	5.8654	-1.432	0.5131	0.8672	-0.208	0.535	0.2503	1.5389	-0.3106	0.1873	1.3654	-0.1652	-0.3997	0.4786	0.0148	0.6474	-0.4394	9.4584	-45.7892
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51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'D' and (resseq 73:90)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'D' and (resseq 91:104)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'D' and (resseq 105:131)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'D' and (resseq 132:151)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'D' and (resseq 152:166)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'D' and (resseq 167:179)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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