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万見
- PDB-3tw2: High resolution structure of human histidine triad nucleotide-bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tw2
タイトルHigh resolution structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1)/AMP complex in a monoclinic space group
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 1
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cytoskeleton / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Dolot, R.M. / Wlodarczyk, A. / Ozga, M. / Krakowiak, A. / Nawrot, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: A new crystal form of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) in complex with adenosine 5'-monophosphate at 1.38 A resolution.
著者: Dolot, R. / Ozga, M. / Wlodarczyk, A. / Krakowiak, A. / Nawrot, B.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9953
ポリマ－27,6482
非ポリマー3471
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.421, 46.449, 64.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-364-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1


分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 19% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月8日
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→25.58 Å / Num. all: 45932 / Num. obs: 45932 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.38→1.45 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5760 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KPF

1kpf


解像度: 1.38→25.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.965 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16148 2320 5.1 %RANDOM
Rwork0.12073 ---
all0.12277 46364 --
obs0.12277 43580 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→25.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 23 409 2199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9772950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7935293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03524.25387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0515385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1961510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2191.51343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90622214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0273805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2084.5736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.4432148
LS精密化 シェル解像度: 1.384→1.42 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 150 -
Rwork0.198 2918 -
obs--89.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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