PDB-3tv9: Crystal Structure of Putative Peptide Maturation Protein from Shi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tv9

タイトル

Crystal Structure of Putative Peptide Maturation Protein from Shigella flexneri

要素

Putative peptide maturation protein

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

metallopeptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.497 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Peptide Maturation Protein from
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tv9.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tv9.ent.gz	148.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tv9_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tv9_full_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示
XML形式データ	3tv9_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	3tv9_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qtd-2 2jg4-2 3qtd-1 4dtt-1 4ifh-3 2g47-1 4dtt-2 4nxo-2 4gs8-1 3n56-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00111

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative peptide maturation protein

ヘテロ分子

50.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative peptide maturation protein

ヘテロ分子

A: Putative peptide maturation protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.133, 61.120, 65.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-462- HOH

詳細

dimer is generated by x,y,z and -x+1,-y+1,z

#1: タンパク質	Putative peptide maturation protein 分子量: 49935.348 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 15-447 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 株: 2457T / 遺伝子: pmbA, S4517 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q7UAN7, UniProt: A0A0H2W186*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 2.0 M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月31日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 16534 / Num. obs: 16534 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 39.75 Å² / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.62 / Num. unique all: 801 / R_sym value: 0.569 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.497→43.125 Å / SU ML: 0.68 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.63 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	1592	9.92 %	random
R_work	0.19	-	-	-
all	0.196	16043	-	-
obs	0.196	16043	96.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.096 Å² / k_sol: 0.389 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.6549 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.0375 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6175 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.497→43.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3306	0	27	80	3413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.226	4600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.425	1229
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	596

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.4969-2.5774	0.3569	122	0.2522	1205	1327	91
2.5774-2.6696	0.3221	145	0.2326	1248	1353	94
2.6696-2.7764	0.338	130	0.2291	1282	1412	95
2.7764-2.9028	0.3116	147	0.2229	1267	1414	96
2.9028-3.0558	0.2737	144	0.2271	1299	1443	97
3.0558-3.2472	0.2921	142	0.2076	1296	1438	97
3.2472-3.4978	0.264	148	0.1933	1327	1475	99
3.4978-3.8496	0.1917	162	0.1635	1343	1505	99
3.8496-4.4061	0.1904	141	0.1377	1348	1489	99
4.4061-5.5494	0.2016	149	0.1559	1383	1532	100
5.5494-43.131	0.2762	162	0.2142	1453	1615	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2826	-1.0965	-0.0706	4.3888	2.4001	4.7652	-0.1912	-0.0894	-0.1204	0.2542	0.0337	-0.1304	0.1985	-0.2076	0.2225	0.2019	0.0221	0.0451	0.254	0.0378	0.2294	47.7783	33.8009	32.0144
2	1.6284	-0.6196	0.4058	4.3792	0.7986	1.6944	-0.0613	-0.0673	0.0379	-0.0244	0.0949	-0.3716	-0.0815	0.0668	-0.0345	0.2916	0.0225	-0.0009	0.1916	-0.0167	0.2304	54.7503	39.6105	25.9854
3	1.5421	-0.8291	-0.7436	4.451	1.448	1.9036	-0.0287	-0.0186	-0.1626	0.2606	-0.0248	0.0478	0.5368	-0.1087	-0.0558	0.2394	-0.0133	-0.0922	0.2385	0.0334	0.2449	43.8115	16.3036	14.7606
4	1.3384	-0.9528	-0.3371	5.177	4.1257	3.4334	0.1125	0.033	-0.0022	-0.1232	-0.2321	0.0205	-0.1667	-0.2052	0.0245	0.3795	0.0168	0.0143	0.2619	0.0575	0.2076	44.4855	26.1408	20.4877
5	2.2671	-0.7239	0.0725	2.4826	0.9446	6.8008	0.1093	0.0128	-0.0651	-0.3619	-0.1505	-0.0125	0.2746	0.2164	0.025	0.3529	-0.0076	0.0468	0.1915	-0.0057	0.3104	46.1166	13.4283	2.2758
6	0.5998	-0.0203	-0.7483	2.1946	0.7476	4.2124	-0.0706	-0.0264	-0.0002	-0.1577	-0.0186	-0.1252	-0.0115	0.2713	0.0652	0.1726	0.0164	-0.0274	0.1969	0.0384	0.2165	39.1854	36.9409	-0.3034
7	0.9763	0.677	0.7135	3.0493	0.4777	2.8231	-0.0172	0.1048	-0.011	0.0739	0.09	0.0562	0.0656	-0.0542	-0.0034	0.1884	0.0421	-0.0076	0.2308	0.0282	0.2416	34.0137	39.1771	5.6117
8	1.2963	-1.7839	-0.4199	4.8878	1.4677	5.5066	-0.1811	-0.0031	-0.0424	-0.3025	0.4174	-1.1955	0.0588	0.5947	-0.2007	0.2924	-0.0262	0.0585	0.3322	-0.0379	0.2595	47.3224	30.9662	-10.0149
9	1.608	-1.61	-1.9565	3.6376	0.8257	2.9772	0.2369	0.1295	0.1021	-0.2067	-0.1032	-0.4	-0.2549	0.1713	-0.119	0.3537	-0.0382	0.0267	0.3175	0.0242	0.2716	39.787	29.8747	-9.5985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 10:50)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 51:113)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 114:159)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 160:195)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 196:233)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 234:308)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 309:368)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 369:398)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 399:447)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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