PDB-3tt2: Crystal Structure of GCN5-related N-Acetyltransferase from Sphaer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tt2

タイトル

Crystal Structure of GCN5-related N-Acetyltransferase from Sphaerobacter thermophilus

要素

GCN5-related N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Kim, Y. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of GCN5-related N-Acetyltransferase from Sphaerobacter thermophilus
著者: Kim, Y. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tt2.cif.gz	139.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tt2.ent.gz	117.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tt2_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tt2_full_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示
XML形式データ	3tt2_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	3tt2_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1sg6-2 6vtg-3 6vtd-d 5cov-d 6csj-5 2wpw-1 4a99-1 3ubt-1 2wpx-2 4au4-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100755

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GCN5-related N-acetyltransferase

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.611, 85.515, 98.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GCN5-related N-acetyltransferase 分子量: 37108.902 Da / 分子数: 1 / 断片: GNAT / 変異: full-legth / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア) 株: DSM 20745 / 遺伝子: Sthe_1008 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: D1C2H7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M magnesium sulphate, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→50 Å / Num. all: 11422 / Num. obs: 11422 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 60.55 Å² / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.73→2.79 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 552 / R_sym value: 0.723 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.73→32.31 Å / SU ML: 0.47 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1123	9.99 %	random
R_work	0.197	-	-	-
all	0.202	11237	-	-
obs	0.202	11237	98.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.985 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.0783 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.1528 Å²	-0 Å²
3-	-	-	10.9255 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→32.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2490	0	84	20	2594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2657
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.254	3616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.529	985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	465

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.7311-2.8553	0.369	126	0.2714	1165	1291	92
2.8553-3.0057	0.2919	136	0.2641	1208	1344	97
3.0057-3.1939	0.3242	138	0.2319	1248	1386	99
3.1939-3.4402	0.2564	141	0.2125	1264	1405	99
3.4402-3.786	0.2773	142	0.1877	1274	1416	100
3.786-4.3327	0.2351	142	0.1656	1280	1422	100
4.3327-5.4545	0.2032	146	0.1619	1304	1450	100
5.4545-32.3073	0.2367	152	0.2097	1371	1523	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0279	-0.1782	0.0432	6.1916	-2.0997	6.6914	0.0283	-0.5845	-0.0154	0.3388	0.2112	0.8126	-0.5389	-1.251	-0.2251	0.6437	0.1047	0.0004	0.9422	0.0932	0.5336	22.8913	54.5387	81.7824
2	2.1867	-0.0008	0.7604	3.0003	0.8313	4.4977	-0.1986	-0.0254	0.0169	0.3207	0.0221	-0.2328	-0.0268	0.4006	0.2624	0.3161	-0.0478	0.0551	0.4759	0.0936	0.4872	32.3891	56.1717	59.0048
3	9.1687	3.2774	-1.0239	3.8206	0.7959	2.203	0.3945	-0.9427	-0.1659	0.9727	-0.4709	0.0735	0.1413	0.2657	0.6434	0.9863	0.169	0.1279	0.8656	0.2654	0.9336	33.1813	41.6349	60.6804
4	0.7451	0.3749	0.2387	1.3373	-0.4919	4.4734	0.0054	-0.4037	-0.1669	0.1276	-0.0484	-0.3161	-0.1029	0.2545	0.0454	0.3655	0.0043	-0.0063	0.4479	0.0167	0.4738	32.1115	56.4643	56.7865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:132)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 133:191)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 192:216)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 217:323)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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