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- PDB-3tt0: Co-structure of Fibroblast Growth Factor Receptor 1 kinase domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tt0
タイトルCo-structure of Fibroblast Growth Factor Receptor 1 kinase domain with 3-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxy-phenyl)-1-{6-[4-(4-ethyl-piperazin-1-yl)-phenylamino]-pyrimidin-4-yl}-1-methyl-urea (BGJ398)
要素Basic fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase domain / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / auditory receptor cell development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / chordate embryonic development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / regulation of postsynaptic density assembly / FGFR1b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / skeletal system morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / middle ear morphogenesis / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / inner ear morphogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / midbrain development / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of stem cell proliferation / fibroblast growth factor binding / regulation of cell differentiation / PI3K Cascade / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / chondrocyte differentiation / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / cell maturation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of neuron differentiation / SH2 domain binding / Signal transduction by L1 / stem cell proliferation / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / stem cell differentiation / sensory perception of sound / Negative regulation of FGFR1 signaling / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron projection development / neuron migration / neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-07J / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bussiere, D.E. / Murray, J.M. / Shu, W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Discovery of 3-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxy-phenyl)-1-{6-[4-(4-ethyl-piperazin-1-yl)-phenylamino]-pyrimidin-4-yl}-1-methyl-urea (NVP-BGJ398), a potent and selective inhibitor of the ...タイトル: Discovery of 3-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxy-phenyl)-1-{6-[4-(4-ethyl-piperazin-1-yl)-phenylamino]-pyrimidin-4-yl}-1-methyl-urea (NVP-BGJ398), a potent and selective inhibitor of the fibroblast growth factor receptor family of receptor tyrosine kinase.
著者: Guagnano, V. / Furet, P. / Spanka, C. / Bordas, V. / Le Douget, M. / Stamm, C. / Brueggen, J. / Jensen, M.R. / Schnell, C. / Schmid, H. / Wartmann, M. / Berghausen, J. / Drueckes, P. / ...著者: Guagnano, V. / Furet, P. / Spanka, C. / Bordas, V. / Le Douget, M. / Stamm, C. / Brueggen, J. / Jensen, M.R. / Schnell, C. / Schmid, H. / Wartmann, M. / Berghausen, J. / Drueckes, P. / Zimmerlin, A. / Bussiere, D. / Murray, J. / Graus Porta, D.
履歴
登録2011年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
B: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,37811
ポリマ－88,5962
非ポリマー1,7819
水7,440413
1
A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1475
ポリマ－44,2981
非ポリマー8494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2316
ポリマ－44,2981
非ポリマー9335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.110, 50.600, 66.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-220-

HOH

21A-371-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain B and not (resid 461:466 or resid 470 or...
211(chain A and not (resid 461:466 or resid 470 or...

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要素

#1: タンパク質 Basic fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 44298.145 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, UNP residues 456-769 / 変異: C584S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, FGFBR, FLG, FLT2 / 細胞株 (発現宿主): TN5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-07J / 3-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)-1-(6-{[4-(4-ethylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)-1-methylurea / BGJ398 / BGJ-398


分子量: 560.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31Cl2N7O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALLIZED FROM RESERVOIR CONTAINING 18-28% (V:V) PEG-MME 5000, 0.2 M AMSO4, AND 0.1 M SODIUM CACODYLATE , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. all: 16744 / Num. obs: 16610 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2382 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.7_650位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→25.86 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.48 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2607 976 5.89 %5.89% of data was selected for cross-validation set
Rwork0.2041 ---
all0.2074 16751 --
obs0.2074 16572 98.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.348 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8038 Å2-0 Å2-6.4821 Å2
2--9.7907 Å2-0 Å2
3----10.9727 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4509 0 114 413 5036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1276430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5551769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004841
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1227X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A1227X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8001-2.94750.36021540.29472177217799
2.9475-3.13190.30111380.2552198219899
3.1319-3.37320.30961250.21672239223999
3.3732-3.71180.26021320.19262202220299
3.7118-4.24690.22341510.1792225222599
4.2469-5.34290.20441350.165922602260100
5.3429-25.86140.25061410.20482295229598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4306-0.4577-0.11260.21470.10.2646-0.19181.2327-1.347-0.0130.7195-0.50.8144-0.104700.38630.06980.00910.46680.00670.5401-5.00596.043119.1065
20.00470.0142-0.0004-0.00820.00770.00670.21750.04280.52640.1732-0.03-0.3469-0.35580.0974-00.4737-0.23340.01770.92860.01140.4425-3.383820.64527.6649
30.42870.04290.16140.23990.0240.4071-0.11390.0485-0.2071-0.41440.47580.31070.54510.582600.43330.03470.0530.4622-0.02390.3991-5.63674.661510.8487
40.59080.5173-0.71551.43080.27851.2625-0.27990.2079-0.27630.30310.18610.1489-0.06960.156500.2894-0.01750.01270.150.04590.0884-16.932213.800712.2146
50.4659-0.62610.02711.83060.35850.99210.0715-0.05380.11150.0875-0.01680.3119-0.0084-0.088900.2287-0.0747-0.00150.29460.04490.2236-22.990818.87465.5247
6-0.03390.01770.0221-0.04210.1072-0.0547-0.0767-0.1262-0.03570.31290.15060.41680.2635-1.1739-00.638-0.0060.00010.7542-0.0090.5915-16.25391.0636-3.6352
70.125-0.3075-0.10970.31430.10780.1671-0.23620.3943-0.2039-0.01850.2175-0.09310.2901-0.3879-00.233-0.02890.04490.17290.03450.2873-22.432512.4507-7.6971
80.24640.04810.0441-0.0033-0.18930.14250.00430.7249-0.4697-0.4654-0.17190.2593-0.1619-0.2846-00.3264-0.10040.00440.64430.00670.3712-31.741410.5727-13.0043
90.0222-0.0649-0.11080.0194-0.08440.06430.18880.30860.6887-0.42640.57910.4204-1.0636-0.019500.16830.1361-0.04420.33350.32450.3022-25.078422.8081-12.7577
100.0257-0.030.1840.18480.07850.04310.2121-0.07320.8861-0.04170.00540.1993-1.1115-0.104600.3992-0.02790.07190.31610.15890.4035-23.662231.8108-1.6893
110.1029-0.585-0.25870.4883-0.44390.3860.26710.1563-0.6947-0.5879-0.07490.146-0.3508-0.6267-00.4719-0.0343-0.0610.45260.00270.5091-36.91933.147242.1747
12-0.00840.0068-0.0031-0.00650.0095-0.0010.07840.116-0.1467-0.29090.1171-0.1460.01990.1475-01.2427-0.1521-0.00780.480.0080.8042-30.718650.236642.0301
130.5084-0.09690.1810.44470.02280.278-0.0876-0.0063-0.0461-0.6972-0.1199-0.00190.7689-0.2821-00.1685-0.0557-0.00580.6093-0.07880.3048-39.120928.98335.706
140.240.5431-0.3360.69010.06780.6665-0.4129-0.47540.01440.27870.38320.2023-0.2944-0.6407-00.3382-0.0148-0.00420.2323-0.02220.2333-43.67840.808432.3636
150.89730.57180.08050.559-0.26280.87240.0301-0.04890.09470.20480.1137-0.0118-0.0479-0.319700.2916-0.0251-0.02220.22930.00990.3641-45.285544.055321.2703
160.00110.0190.00640.0541-0.00160.0015-0.07750.1022-0.35020.0526-0.06260.18290.2279-0.0147-0.00010.9099-0.06660.03960.56250.22830.7616-41.089330.815925.1842
170.38320.36410.23060.1473-0.01950.354-0.3351-0.0573-0.72430.42340.26620.45720.8757-0.2851-00.3541-0.0220.05610.2081-0.00970.4719-52.479634.673813.4786
180.15670.01870.02920.0249-0.10610.11710.24060.2411-0.6445-0.0576-0.15230.85530.151-0.2301-00.4535-0.04290.0440.43540.05510.6244-62.324634.3728.2739
190.18370.03130.12260.03440.0120.1166-0.10691.23390.3874-1.42330.34060.17490.09080.276900.31010.0318-0.02390.41560.06170.3525-51.121641.45074.168
200.14540.32160.10070.181-0.15320.0683-0.01030.20280.8983-0.8396-0.0201-0.4211-0.95930.2314-00.4643-0.0279-0.00980.44630.10480.3887-43.792551.26629.6067
21-0.00170.02810.00410.0617-0.00730.01360.0271-0.13230.3450.05890.24811.4518-0.0849-0.4248-00.3908-0.38690.05291.02780.10680.1049-47.823838.308733.5864
220.0012-0.00080.00240.01410.05550.0276-0.236-0.2742-0.38170.7530.05551.6090.2041-1.1126-0-0.3226-0.8872-2.362-0.791-1.4987-1.5818-17.33079.249212.6158
232.4275-4.3262-4.66367.71038.31198.96050.00290.0629-0.0342-0.0474-0.0007-0.01440.0939-0.00770.0081.21310.19930.2390.9850.13381.2814-28.84455.4118-0.9748
242.00021.99959.18062.0003-8.4794.37130.0023-0.06140.02140.0004-0.0335-0.25470.03410.1090.01671.1945-0.07450.49491.1791-0.09781.1548-36.1089.61971.2377
252.00041.99991.99999.08849.98882.00020.02670.1614-0.0051-0.0705-0.01540.12520.048-0.1088-0.00081.32580.05530.64281.2901-0.31331.6467-38.529255.057820.7507
262.0005-2.8525-0.1592.00051.30112.00030.00280.43720.0156-0.00330.0013-1.06180.568-0.9288-0.00161.53170.3802-0.26231.6601-0.21311.9678-40.087727.8515-7.357
272.00042.00062.00012.00071.99982.0002-0.8192-0.2051-1.4160.3404-0.07480.60490.54210.25050.90311.0134-0.05070.46380.48330.09311.3745-54.450355.608229.3447
281.99982.0003-1.97032.00011.99962.0005-0.1075-0.2846-0.1335-0.0454-0.46910.5813-0.0183-0.57580.59261.07-0.26590.0220.65060.39970.6958-33.192345.266617.2723
292.00091.99991.99912.00061.99962.00050.5022-1.0666-0.89861.1706-0.3851-0.3352.18990.7854-0.09850.67380.07840.11330.78290.00440.8591-65.627442.181620.1683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 461:498 )A461 - 498
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 499:507 )A499 - 507
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 508:537 )A508 - 537
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 538:581 )A538 - 581
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 582:641 )A582 - 641
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 642:661 )A642 - 661
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 662:701 )A662 - 701
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 702:725 )A702 - 725
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 726:745 )A726 - 745
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 746:765 )A746 - 765
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 461:498 )B461 - 498
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 499:507 )B499 - 507
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 508:537 )B508 - 537
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 538:577 )B538 - 577
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 594:641 )B594 - 641
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 642:645 )B642 - 645
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 663:701 )B663 - 701
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 702:725 )B702 - 725
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 726:745 )B726 - 745
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 746:763 )B746 - 763
21X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN A AND RESID 790:790 )A790
22X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN A AND RESID 2:2 )A2
23X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN B AND RESID 3:3 )B3
24X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN A AND RESID 4:4 )A4
25X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN B AND RESID 790:790 )B790
26X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN B AND RESID 2:2 )B2
27X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN B AND RESID 791:791 )B791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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