PDB-3tsy: 4-Coumaroyl-CoA Ligase::Stilbene Synthase fusion protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tsy

タイトル

4-Coumaroyl-CoA Ligase::Stilbene Synthase fusion protein

要素

Fusion Protein 4-coumarate--CoA ligase 1, Resveratrol synthase

キーワード

Ligase / Transferase / Fusion protein

機能・相同性

機能・相同性情報

trihydroxystilbene synthase activity / 4-coumarate-CoA ligase activity / 4-coumarate-CoA ligase / phenylpropanoid metabolic process / CoA-ligase activity / biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

Vitis vinifera (ブドウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Yi, H. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Structural and Kinetic Analysis of the Unnatural Fusion Protein 4-Coumaroyl-CoA Ligase::Stilbene Synthase.
著者: Wang, Y. / Yi, H. / Wang, M. / Yu, O. / Jez, J.M.

履歴

登録	2011年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月28日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tsy.cif.gz	329.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tsy.ent.gz	272 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tsy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tsy_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tsy_full_validation.pdf.gz	465.1 KB	表示
XML形式データ	3tsy_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	3tsy_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xes 1z1e 3a9u 3a9v
類似構造データ	3i3v-d 501 7pck-d 3zst-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fusion Protein 4-coumarate--CoA ligase 1, Resveratrol synthase

107 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion Protein 4-coumarate--CoA ligase 1, Resveratrol synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
213 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.554, 117.554, 243.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	Fusion Protein 4-coumarate--CoA ligase 1, Resveratrol synthase / 4CL 1 / 4-coumarate--CoA ligase isoform 1 / At4CL1 / 4-coumaroyl-CoA synthase 1 分子量: 106631.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ), (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) 遺伝子: 4CL1, At1g51680, At4CL1, F19C24.11, VvSTS, STS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q42524, UniProt: Q2HY10, 4-coumarate-CoA ligase, EC: 2.3.1.95

#1: タンパク質

Fusion Protein 4-coumarate--CoA ligase 1, Resveratrol synthase / 4CL 1 / 4-coumarate--CoA ligase isoform 1 / At4CL1 / 4-coumaroyl-CoA synthase 1

分子量: 106631.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ), (組換発現)

Vitis vinifera (ブドウ)
遺伝子: 4CL1, At1g51680, At4CL1, F19C24.11, VvSTS, STS1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q42524, UniProt: Q2HY10, 4-coumarate-CoA ligase, EC: 2.3.1.95

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18.5% PEG-3350, 0.24 M potassium citrate, 10 mM sarcosine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→49.1 Å / Num. all: 31924 / Num. obs: 31913 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→49.1 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	1493	5 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.179	29888	93.8 %
all	-	31381	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.42 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.7599 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.7599 Å²	0 Å²
3-	-	-	-17.5198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6323	0	0	0	6323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	6655
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.327	8767
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.728	2372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1022
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1131

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.1991	0.2635	118	0.2307	2233	X-RAY DIFFRACTION	82
3.1991-3.3134	0.307	120	0.2333	2286	X-RAY DIFFRACTION	86
3.3134-3.4461	0.2504	127	0.2121	2420	X-RAY DIFFRACTION	89
3.4461-3.6028	0.214	131	0.1973	2498	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6028-3.7927	0.2204	136	0.1728	2573	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7927-4.0303	0.2345	138	0.1626	2606	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0303-4.3413	0.173	139	0.1469	2659	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3413-4.7778	0.1729	142	0.1336	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7778-5.4684	0.2022	143	0.1662	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4684-6.8866	0.2277	146	0.1926	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8866-49.1	0.1847	153	0.1876	2933	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1328	0.2743	-0.5155	1.371	0.2845	1.1441	-0.2288	-0.2293	0.1687	0.5834	0.1125	-0.4262	0.0479	0.1207	0.0008	0.8633	-0.0163	-0.2412	0.3491	-0.0238	0.6909	90.9795	-97.2048	-51.6786
2	1.0023	0.374	0.2725	0.938	0.3841	1.2814	-0.0463	-0.0352	0.0963	0.3638	0.0856	-0.1974	-0.023	0.1031	0.0001	0.763	-0.0247	-0.1922	0.3963	-0.0079	0.641	91.8446	-96.0527	-50.3838
3	1.2157	-0.3085	-0.8783	0.788	-0.1792	0.779	-0.1161	-0.1294	0.0429	0.937	0.0495	0.2139	-0.1581	0.0499	-0.0043	1.0385	0.0688	-0.0348	0.3986	0.0167	0.4879	76.8027	-107.7928	-40.3574
4	1.2992	-0.2376	-0.2416	0.1201	-0.2742	2.8318	-0.0504	-0.401	0.1774	0.6648	0.402	-0.1397	-0.1736	-0.1388	0.0197	0.253	0.061	0.0881	0.3565	0.0132	0.3517	53.0377	-44.5316	15.8104
5	1.041	-0.5105	0.119	0.9851	0.1739	2.7184	-0.0015	-0.0297	0.0745	0.277	0.1372	0.0087	0.4526	-0.4257	-0	0.4302	-0.0496	-0.0175	0.4629	0.0726	0.4516	48.6246	-57.6083	11.0273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resseq 45:174)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resseq 175:281)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resseq 282:482)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resseq 589:704)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resseq 705:978)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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