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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tsw | ||||||
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タイトル | crystal structure of the PDZ3-SH3-GUK core module of Human ZO-1 | ||||||
![]() | Tight junction protein ZO-1 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / PDZ3-SH3-GUK domains / scaffolding / JAM / tight junction | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of blood-brain barrier permeability / adherens junction maintenance / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of endothelial intestinal barrier / protein localization to cell-cell junction / regulation of cell junction assembly / protein localization to adherens junction / Regulation of gap junction activity ...positive regulation of blood-brain barrier permeability / adherens junction maintenance / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of endothelial intestinal barrier / protein localization to cell-cell junction / regulation of cell junction assembly / protein localization to adherens junction / Regulation of gap junction activity / protein localization to bicellular tight junction / gap junction / cell-cell junction organization / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / tight junction / actomyosin structure organization / podosome / Signaling by Hippo / regulation of bicellular tight junction assembly / cell-cell junction assembly / negative regulation of stress fiber assembly / apical junction complex / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of sprouting angiogenesis / regulation of cytoskeleton organization / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / cell projection / adherens junction / cell-cell adhesion / apical part of cell / cell junction / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / calmodulin binding / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nomme, J. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Src Homology 3 Domain Is Required for Junctional Adhesion Molecule Binding to the Third PDZ Domain of the Scaffolding Protein ZO-1. 著者: Nomme, J. / Fanning, A.S. / Caffrey, M. / Lye, M.F. / Anderson, J.M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 225.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 486.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 530.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44660.914 Da / 分子数: 4 / 断片: PDZ3-SH3-GUK (UNP Residues 417-803) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.2M AmSO4, 0.1M NaAc pH 5.0, 60mM NaF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.83→87.17 Å / Num. all: 47918 / Num. obs: 47918 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17.08 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.83→3 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 6860 / % possible all: 86.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3LH5 解像度: 2.847→87.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 8.787 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.427 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.847→87.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.847→2.921 Å / Total num. of bins used: 20
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