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- PDB-3tso: Structure of the cancer associated Rab25 protein in complex with FIP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tso
タイトルStructure of the cancer associated Rab25 protein in complex with FIP2
要素
  • Rab11 family-interacting protein 2
  • Ras-related protein Rab-25
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Ras GTPase fold (Rab25) / vesicle trafficking / endosome
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudopodium organization / pseudopodium membrane / TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulated exocytosis / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / epithelial cell morphogenesis / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / establishment of cell polarity ...pseudopodium organization / pseudopodium membrane / TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulated exocytosis / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / epithelial cell morphogenesis / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / establishment of cell polarity / pseudopodium / exocytosis / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of GTPase activity / phagocytosis / phagocytic cup / cytoplasmic vesicle membrane / small monomeric GTPase / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane / recycling endosome / small GTPase binding / recycling endosome membrane / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein transport / G protein activity / cytoplasmic vesicle / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / GTP binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rab11-family interacting protein class I / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / Small GTPase Rab domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain ...Rab11-family interacting protein class I / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / Small GTPase Rab domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / C2 domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / PHOSPHATE ION / Ras-related protein Rab-25 / Rab11 family-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Oda, S. / Lall, P.Y. / McCaffrey, M.W. / Khan, A.R.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the cancer associated Rab25 protein in complex with FIP2
著者: Oda, S. / Lall, P.Y. / McCaffrey, M.W. / Khan, A.R.
履歴
登録2011年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-25
B: Ras-related protein Rab-25
C: Rab11 family-interacting protein 2
D: Rab11 family-interacting protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,28515
ポリマ－57,5414
非ポリマー1,74311
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.310, 64.210, 65.940
Angle α, β, γ (deg.)113.25, 107.24, 99.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-25 / CATX-8


分子量: 19931.574 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB25, CATX8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57735
#2: タンパク質 Rab11 family-interacting protein 2 / Rab11-FIP2 / NRip11


分子量: 8839.037 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 440-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11FIP2, KIAA0941 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L804

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非ポリマー , 5種, 219分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10% PEG8000, 0.1M Na/K phosphate pH 6.2, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 108856 / Num. obs: 50863 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 78.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.263 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2499 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 46358 89.6 %-
all-50863 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0.04 Å2-0.01 Å2
2--0 Å2-0.03 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3570 0 106 208 3884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.9975084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7985450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.74923.576165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72415652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8861528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2491.52234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11223627
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.35531508
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1924.51457
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 126 -
Rwork0.358 2200 -
obs--58.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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