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- PDB-3trw: Crystal structure of racemic villin headpiece subdomain crystalli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3trw
タイトルCrystal structure of racemic villin headpiece subdomain crystallized in space group P-1
要素Villin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / racemate / quasi-racemate / D-amino acids
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin nucleation / lysophosphatidic acid binding / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament capping ...regulation of actin nucleation / lysophosphatidic acid binding / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / actin filament bundle / microvillus / positive regulation of epithelial cell migration / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / cellular response to epidermal growth factor stimulus / filopodium / response to bacterium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Gellman, S.H. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Quasiracemic crystallization as a tool to assess the accommodation of noncanonical residues in nativelike protein conformations.
著者: Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Guzei, I.A. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2011年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Villin-1
D: Villin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9472
ポリマ－7,9472
非ポリマー00
水34219
1
A: Villin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9741
ポリマ－3,9741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Villin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9741
ポリマ－3,9741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.3800, 31.7300, 36.7500
Angle α, β, γ (deg.)90.1170, 99.6140, 96.5210
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Villin-1


分子量: 3973.618 Da / 分子数: 2 / 断片: headpiece subdomain (UNP residues 792-826) / 変異: N818H / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02640
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 % / 解説: STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection数: 31416 / Rmerge(I) obs: 0.084 / D res high: 2 Å / Num. obs: 8212 / % possible obs: 96.7
Diffraction reflection shell最高解像度: 4.31 Å / 最低解像度: 5.42 Å / Num. obs: 421 / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射解像度: 2.1→27.794 Å / Num. all: 7334 / Num. obs: 7112 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.71 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0772 / Net I/σ(I): 8.66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsRsym value% possible all
2.1-2.133.743.0214352203750.29697.3
2.13-2.183.683.6715534444050.253995.9
2.18-2.233.684.1616284364260.216995.8
2.23-2.283.764.514623763780.194796.7
2.28-2.343.734.8916884284430.17996.8
2.34-2.43.765.115553764010.174997.2
2.4-2.473.736.2416803974360.14596.8
2.47-2.553.726.4815294033960.147496.6
2.55-2.633.756.7315933684120.119896.8
2.63-2.733.737.2315843704110.120897.1
2.73-2.833.788.116153644170.103497.6
2.83-2.973.759.3914813723860.108796.6
2.97-3.133.7910.4717933794620.087597.9
3.13-3.333.7211.0314623743770.079697.4
3.33-3.593.612.7216293654230.068295.8
3.59-3.963.6114.8815433684050.064897.9
3.96-4.533.6215.3415003574030.059697.3
4.53-5.693.615.5815423574160.062497.8
5.693.7216.3415573584210.059797.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å27.79 Å
Translation3 Å27.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
EMBLMD-2データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YRF

1yrf


解像度: 2.1→27.794 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.3887 / WRfactor Rwork: 0.3243 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.6649 / SU B: 12.808 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.2214 / SU Rfree: 0.2185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3518 334 4.7 %RANDOM
Rwork0.2913 ---
obs0.2942 7112 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.55 Å2 / Biso mean: 34.9553 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.13 Å2-1.07 Å2-1.07 Å2
2---3.7 Å2-0.33 Å2
3----3.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.221 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数536 0 0 19 555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.979735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.716568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.90224.425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.62715113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.387153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021401
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree: 0.419 / Rfactor Rwork: 0.43 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67770.6452-1.6026.6231-3.71783.0390.151-0.1479-0.0762-0.3432-0.2131-0.0130.050.21830.06210.09140.0182-0.01780.0514-0.00260.00639.70735.6855.4935
20.5255-1.09180.7987.93322.83864.81760.0569-0.04450.0708-0.1588-0.139-0.12260.0492-0.26890.08220.0398-0.00090.00650.10030.00280.06712.02029.491124.6445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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