PDB-3tp5: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+NVIAGL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tp5

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+NVIAGLA V23E/L36E at cryogenic temperature

要素

Thermonuclease

キーワード

HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable / pdTp / ionizable group

機能・相同性

機能・相同性情報

micrococcal nuclease / : / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Robinson, A.C. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+NVIAGLA V23E/L36E at cryogenic temperature
著者: Robinson, A.C. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B.

履歴

登録	2011年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tp5.cif.gz	73.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tp5.ent.gz	53.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/3tp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/3tp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bdcS 3sk6 3tme S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nu9-d 1t2w-2 1e0z-d 4wrd-d 1fsj-1 1t2o-3 4eqp-d 4ndx-d 4lkt-1 2afc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermonuclease

ヘテロ分子

16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.941, 60.666, 78.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thermonuclease / TNase / Micrococcal nuclease / Staphylococcal nuclease 分子量: 16182.500 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease A (UNP residues 83-231) 変異: D21N/V23E/T33V/L36E/T41I/G50F/V51N/S59A/P117G/H124L/S128A/Del44-49 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 化合物	ChemComp-THP / THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / チミジン3′,5′-ビスりん酸タイプ: DNA linking / 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 31% MPD, 25 mM potassium phosphate, calcium chloride, pdTp, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: BRUKER APEX II / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月3日 / 詳細: multi-layer optics

放射

モノクロメーター: GE111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→39.49 Å / Num. all: 11426 / Num. obs: 14426 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 40.81

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	1	0.214	460	1	100
1.83-1.87	1	0.176	848	1	100
1.87-1.91	1	0.142	793	1	99.9
1.91-1.96	1	0.114	901	1	100
1.96-2.01	1	0.092	808	1	100
2.01-2.06	1	0.075	742	1	100
2.06-2.12	1	0.051	776	1	100
2.12-2.18	1	0.045	735	1	100
2.18-2.26	1	0.038	822	1	100
2.26-2.35	1	0.032	823	1	100
2.35-2.45	1	0.028	761	1	100
2.45-2.57	1	0.023	779	1	99.9
2.57-2.72	1	0.019	776	1	100
2.72-2.9	1	0.017	748	1	100
2.9-3.13	1	0.013	727	1	100
3.13-3.46	1	0.01	744	1	100
3.46-3.99	1	0.008	722	1	99.9
3.99-5.1	1	0.008	733	1	99.9
5.1-39.49	0.99	0.007	728	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	39.49 Å
Translation	2.5 Å	39.49 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XPREP	2008/2 for Windows	データ削減
PHASER	2.2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
APEX		データ収集
APEX		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BDC

3bdc

解像度: 1.8→39.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.2117 / WR_factor R_work: 0.1823 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8496 / SU B: 5.304 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1267 / SU R_free: 0.1237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2305	723	5 %	RANDOM
R_work	0.1912	-	-	-
all	0.1931	14374	-	-
obs	0.1931	14374	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.84 Å² / B_iso mean: 19.8026 Å² / B_iso min: 8.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1036	0	33	97	1166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	2.01	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.057	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.323	25.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.819	15	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.677	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.391	1.5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.249	2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.716	3	452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.534	4.5	447

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	38	-
R_work	0.195	1002	-
all	-	1040	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8001	0.8716	-0.0408	1.4566	0.3186	1.6011	0.0375	0.039	-0.2523	-0.0651	0.1585	0.1464	0.1255	0.077	-0.196	0.0668	-0.0046	-0.0442	0.0714	-0.0101	0.0316	9.925	-22.014	-18.025
2	-1.0811	-1.0344	1.1042	0.7322	-0.4951	10.0686	0.0411	-0.0606	0.0166	-0.0517	-0.0514	-0.149	-0.3369	0.223	0.0104	0.0412	0.0083	-0.0215	0.1106	-0.0332	0.0447	19.783	-19.655	-8.682
3	0.17	-0.3056	0.4746	3.1515	0.0068	-0.723	-0.0918	0.0751	0.0596	-0.0479	0.2331	-0.0195	0.0027	0.1248	-0.1414	0.0698	0.0073	-0.0135	0.0912	-0.013	0.0503	14.396	-14.403	-18.615
4	6.3699	0.4337	-0.6282	-1.0903	-2.3918	8.5793	0.1163	0.0194	0.4826	-0.1495	-0.2025	-0.0991	-0.2026	0.5972	0.0861	0.0669	-0.0013	-0.0145	0.0706	0.0141	0.0578	16.004	-2.107	-4.763
5	0.7627	2.762	1.3326	6.8142	2.7448	1.8377	0.0529	-0.163	-0.0258	0.2085	0.0204	0.009	0.0888	-0.0865	-0.0733	0.0782	0.011	-0.0004	0.0673	0.021	0.0461	9.178	-12.686	-3.462
6	0.3722	1.0786	-0.4667	2.6299	-0.4621	2.0554	-0.0142	0.2294	-0.1539	-0.1679	-0.0117	0.1657	0.1359	0.1447	0.0258	0.0659	-0.0186	-0.0548	0.1054	0.0186	0.0165	7.864	-17.037	-22.17
7	1.7528	1.5639	-0.3704	2.5697	-0.3448	-0.2213	-0.0921	0.1239	0.0074	-0.0962	0.145	-0.0313	0.0942	-0.0498	-0.0529	0.0634	-0.0303	-0.0235	0.0885	0.0249	0.0318	12.703	-12.406	-19.469
8	-0.969	0.065	-0.5427	3.8939	0.4687	0.8307	-0.1607	0.0043	0.0214	0.1438	0.2816	0.3559	0.0674	0	-0.1208	0.0245	0.016	0.0114	0.0849	0.0567	0.1075	2.739	-8.146	-10.135
9	1.8379	-0.6151	0.0294	3.0305	0.0931	0.0801	0.0987	0.133	0.2259	-0.3776	0.1424	0.1891	-0.0845	-0.0236	-0.2411	0.0707	-0.0471	-0.0585	0.0835	0.0871	0.0472	6.304	-2.689	-22.771
10	1.5616	-0.0676	0.7424	2.6331	0.2534	4.5329	-0.2416	-0.133	0.0637	0.1338	0.4726	0.4962	-0.345	-0.3127	-0.2311	-0.0019	0.0772	0.0458	0.0655	0.0855	0.1372	-0.657	0.729	-9.012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	27 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	54 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	70 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	82 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	97 - 109
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	110 - 123
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	124 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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