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- PDB-3tp2: Crystal Structure of the Splicing Factor Cwc2 from yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tp2
タイトルCrystal Structure of the Splicing Factor Cwc2 from yeast
要素Pre-mRNA-splicing factor CWC2
キーワードSPLICING / RNA scaffold / Torus domain / CCCH zinc finger / RRM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Prp19 complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / positive regulation of cell cycle / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / positive regulation of RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor CWC2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schmitzova, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Cwc2 reveals a novel architecture of a multipartite RNA-binding protein.
著者: Schmitzova, J. / Rasche, N. / Dybkov, O. / Kramer, K. / Fabrizio, P. / Urlaub, H. / Luhrmann, R. / Pena, V.
履歴
登録2011年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22012年5月16日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
B: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2186
ポリマ－52,0412
非ポリマー1774
水3,171176
1
A: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1093
ポリマ－26,0211
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1093
ポリマ－26,0211
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.700, 79.700, 113.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / PRP19-associated complex protein 40


分子量: 26020.648 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-227 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CWC2, NTC40, SLC3, YDL209C, D1041 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q12046
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG5000 MME, ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection数: 296168 / Rmerge(I) obs: 0.082 / D res high: 2.3 Å / Num. obs: 43486 / % possible obs: 96
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1047.2654599.810.043
610200010010.045
56186510010.053
45421610010.05
341178710010.069
2.531486710010.182
2.452.5217710010.371
2.42.45243610010.386
2.352.4253810010.506
2.32.35105536.710.573
反射解像度: 2.2→47.264 Å / Num. obs: 27711 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35.026 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.30.4275.5124766322594.2
2.3-2.40.35829460288099.9
2.4-2.50.26910.62269132423100
2.5-30.15216.61882477945100
3-40.06332.55698566385100
4-50.04940.94248062315100
5-60.05239.51108641032100
6-100.04940.98117721163100
100.04242.53300934398.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.678 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 1077 5 %RANDOM
Rwork0.2214 ---
obs0.2231 21530 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57 Å2 / Biso mean: 28.256 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2--1.38 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3466 0 4 176 3646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9271.9454772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.875430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17923.693176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82715625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6611526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4141.52141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79623416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0631407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8524.51356
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 79 -
Rwork0.224 1495 -
all-1574 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5206-0.0350.11790.93250.14782.3978-0.0532-0.04230.0684-0.1399-0.03040.05980.12080.02960.08360.03410.0033-0.0160.06030.00730.062344.89741.12520.488
21.62540.18380.62281.22410.20472.5706-0.15450.2237-0.04150.09720.0582-0.0514-0.05960.10170.09630.0316-0.03580.01260.1052-0.02550.062715.85741.92846.234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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