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- PDB-3to8: Crystal structure of the two C-terminal RRM domains of heterogene... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3to8
タイトルCrystal structure of the two C-terminal RRM domains of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L (hnRNP L)
要素Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA recognition motifs / Splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein granule / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / 転写後修飾 / pre-mRNA intronic binding / mRNA Splicing - Major Pathway / 転写後修飾 / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex ...ribonucleoprotein granule / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / 転写後修飾 / pre-mRNA intronic binding / mRNA Splicing - Major Pathway / 転写後修飾 / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / クロマチン / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ ...hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Zhang, W.J. / Zeng, F.X. / Liu, Y.W. / Zhao, Y. / Niu, L.W. / Teng, M.K. / Li, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the two C-terminal RRM domains of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L (hnRNP L)
著者: Zhang, W.J. / Zeng, F.X. / Liu, Y.W. / Zhao, Y. / Niu, L.W. / Teng, M.K. / Li, X.
履歴
登録2011年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0005
ポリマ－24,6141
非ポリマー3864
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.569, 56.545, 88.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L / hnRNP L


分子量: 24613.797 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL RRM DOMAIN, UNP residues 380-589 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPL, HNRPL, P/OKcl.14 / プラスミド: Modified PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P14866
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細LIGAND PEG IN THIS ENTRY IS A PART OF PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE WHICH WAS USED IN CRYSTALLIZATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% v/v Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.05M Ammonium sulfate, 0.05M BIS-TRIS pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 17155 / Num. obs: 17147 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 23.816
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / Num. unique all: 830 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ADC

2adc


解像度: 1.82→47.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.623 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24274 865 5.1 %RANDOM
Rwork0.18963 ---
all0.19262 16253 --
obs0.19239 16234 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.016 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 24 71 1659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9482268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5485221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13124.44472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38215246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.411155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5691.51068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00721711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5653601
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4894.5553
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 62 -
Rwork0.199 1137 -
obs--98.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.1439 Å / Origin y: 10.7082 Å / Origin z: -18.9336 Å
111213212223313233
T0.0039 Å2-0.0035 Å20.0054 Å2-0.0079 Å2-0.0024 Å2--0.0616 Å2
L1.3824 °2-0.2209 °2-0.113 °2-1.865 °2-0.1913 °2--2.1863 °2
S0.0252 Å °0.0361 Å °-0.0024 Å °-0.0331 Å °-0.0148 Å °-0.0087 Å °0.0131 Å °-0.0476 Å °-0.0104 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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