PDB-3to3: Crystal Structure of Petrobactin Biosynthesis Protein AsbB from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3to3

タイトル

Crystal Structure of Petrobactin Biosynthesis Protein AsbB from Bacillus anthracis str. Sterne

要素

Petrobactin biosynthesis protein AsbB

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure / adenylation / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / siderophore biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.382 Å

データ登録者

Kim, Y. / Eschenfeldt, W. / Stols, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Functional and Structural Analysis of the Siderophore Synthetase AsbB through Reconstitution of the Petrobactin Biosynthetic Pathway from Bacillus anthracis.
著者: Nusca, T.D. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Lee, J.Y. / Eschenfeldt, W. / Stols, L. / Schofield, M.M. / Scaglione, J.B. / Dixon, S.D. / Oves-Costales, D. / Challis, G.L. / Hanna, P.C. / Pfleger, B. ...

履歴

登録	2011年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3to3.cif.gz	520 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3to3.ent.gz	442.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3to3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3to3_validation.pdf.gz	749 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3to3_full_validation.pdf.gz	770.3 KB	表示
XML形式データ	3to3_validation.xml.gz	47.3 KB	表示
CIF形式データ	3to3_validation.cif.gz	66.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3to3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3to3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4i6g-d 1h3b-3 5ol2-1 1h3c-1 5ol2-2 2x0q-1 1ump-1 1h3c-3 3oab-d 6p63-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC102168

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Petrobactin biosynthesis protein AsbB

B: Petrobactin biosynthesis protein AsbB

ヘテロ分子

148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.259, 155.923, 156.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

as in the asymmetric unit

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Petrobactin biosynthesis protein AsbB 分子量: 73499.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: asbB, BA_1982, GBAA_1982 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81RQ8

-
非ポリマー , 5種, 331分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.382→50 Å / Num. all: 62971 / Num. obs: 62971 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 50.83 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3081 / R_sym value: 0.631 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.382→49.627 Å / SU ML: 0.66 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	3178	5.06 %	random
R_work	0.172	-	-	-
all	0.174	62858	-	-
obs	0.174	62858	98.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.108 Å² / k_sol: 0.301 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.5069 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.1772 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.3297 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.382→49.627 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9881	0	42	324	10247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	10356
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.485	14023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.219	3930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.117	1491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1806

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.3819-2.4175	0.3069	109	0.249	1955	2064	77
2.4175-2.4552	0.2875	152	0.2262	2572	2724	100
2.4552-2.4955	0.2983	139	0.2278	2595	2734	100
2.4955-2.5385	0.3253	153	0.2202	2549	2702	100
2.5385-2.5847	0.2747	139	0.2189	2620	2759	100
2.5847-2.6344	0.2774	142	0.2006	2586	2728	100
2.6344-2.6881	0.2628	129	0.1943	2629	2758	100
2.6881-2.7466	0.2346	129	0.196	2562	2691	100
2.7466-2.8105	0.3003	149	0.1931	2612	2761	100
2.8105-2.8808	0.2914	143	0.2037	2578	2721	100
2.8808-2.9586	0.2793	117	0.2138	2643	2760	100
2.9586-3.0457	0.278	155	0.2022	2583	2738	100
3.0457-3.144	0.2662	139	0.1945	2601	2740	100
3.144-3.2563	0.2988	156	0.2057	2629	2785	100
3.2563-3.3867	0.2572	122	0.1933	2635	2757	100
3.3867-3.5408	0.2374	158	0.1753	2606	2764	100
3.5408-3.7274	0.1924	130	0.1597	2612	2742	100
3.7274-3.9608	0.2083	131	0.1462	2656	2787	100
3.9608-4.2665	0.1846	147	0.1391	2641	2788	100
4.2665-4.6955	0.1607	135	0.1204	2671	2806	100
4.6955-5.3743	0.1814	121	0.1319	2689	2810	100
5.3743-6.7683	0.2283	141	0.1875	2699	2840	100
6.7683-49.6381	0.2004	142	0.1769	2757	2879	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4649	0.3511	0.1282	3.451	1.16	1.334	-0.0025	-0.0527	0.0089	0.2048	0.0997	-0.1592	-0.0752	0.1375	-0.1118	0.2525	0.0041	0.0712	0.2799	0.0334	0.2724	22.3804	-5.3382	18.6676
2	0.263	0.7586	-0.1759	4.0692	0.2477	1.29	-0.0765	0.0564	-0.0352	-0.5865	0.0958	0.0563	-0.0654	0.0532	-0.0121	0.4285	-0.0382	0.0876	0.3576	0.0003	0.2972	27.5762	2.8526	0.5901
3	1.5758	-0.3231	-1.4489	2.3225	-1.5043	5.4254	-0.0924	0.142	0.2631	-0.2954	0.2061	-0.0166	-0.5267	0.0121	-0.0666	0.5	-0.1083	0.0227	0.2579	-0.0185	0.3507	26.5326	21.719	7.4562
4	4.1814	0.0614	0.4443	2.092	0.1042	2.049	-0.0718	-0.002	-0.0535	-0.0528	-0.0148	-0.1097	0.0141	0.1589	0.0556	0.2831	-0.0393	0.0427	0.1741	-0.0097	0.1986	-2.6349	-28.5484	14.5542
5	3.742	1.4576	-1.4918	2.1586	-1.1397	2.1252	0.1313	-0.1762	0.0178	0.2059	-0.157	-0.1314	-0.0735	0.0116	-0.009	0.3123	-0.0373	-0.0408	0.2768	-0.01	0.2427	9.7762	-21.0658	45.6354
6	2.5479	1.2293	0.9762	2.2345	0.9152	2.8072	0.0542	-0.3676	0.169	0.2147	-0.1918	0.0366	-0.1598	-0.1836	0.117	0.286	-0.053	0.0487	0.2755	0.0274	0.2555	-10.4613	-31.2396	41.2386
7	3.5572	0.3111	-2.5724	1.0283	-1.2586	4.5631	0.1873	-0.0817	0.2864	0.1948	0.0452	0.6188	-0.0237	-0.3955	-0.215	0.2744	-0.035	0.004	0.4222	-0.0215	0.4648	-24.0074	-32.2458	33.2199

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:286)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 287:513)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 514:600)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 0:183)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 184:366)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 367:519)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 520:600)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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